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Prodotti

Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS

Il sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS mira a rivelare filogenesi, tassonomia e abbondanza di specie in una comunità microbica indagando i prodotti PCR di marcatori genetici domestici che contengono sia parti altamente conversate che ipervariabili.L'introduzione di queste impronte digitali molecolari perfette da parte di Woeses et al, (1977) consente la profilazione del microbioma senza isolamento.Il sequenziamento di 16S (batteri), 18S (funghi) e dello spaziatore trascritto interno (ITS, funghi) consente l'identificazione sia di specie abbondanti che di specie rare e non identificate.Questa tecnologia è diventata uno strumento ampiamente applicato e importante per identificare la composizione microbica differenziale in vari ambienti, come la bocca umana, l'intestino, le feci, ecc.

Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq


Dettagli del servizio

Risultati dimostrativi

Argomento di studio

Vantaggi del servizio

● Identificazione rapida e senza isolamento della composizione microbica nei campioni ambientali

● Alta risoluzione nei componenti poco abbondanti nei campioni ambientali

● Ultimo flusso di analisi QIIME2 con diverse analisi in termini di database, annotazioni, OTU/ASV.

● Elevata produttività, maggiore precisione

● Applicabile a diversi studi sulla comunità microbica

● BMK possiede una vasta esperienza con oltre 100.000 campioni/anno, riguardanti terreno, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodo di fermentazione, insetti, piante, ecc.

● BMKCloud ha facilitato l'interpretazione dei dati contenente 45 strumenti di analisi personalizzati

Specifiche del servizio

Sequenziamentopiattaforma

Biblioteca

Resa dati consigliata

Tempo di consegna stimato

Piattaforma Illumina NovaSeq

PE250

Tag da 50.000/100.000/300.000

30 giorni

Analisi bioinformatiche

● Controllo della qualità dei dati grezzi

● Cluster OTU/Rimozione rumore (ASV)

● Annotazione OTU

● Diversità alfa

● Diversità beta

● Analisi intergruppo

● Analisi di associazione con fattori sperimentali

● Previsione dei geni funzionali

16S

Requisiti e consegna del campione

Requisiti del campione:

PerEstratti di DNA:

Tipo di campione

Quantità

Concentrazione

Purezza

Estratti di DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

DE260/280= 1,6-2,5

Per i campioni ambientali:

Tipo di campione

Procedura di campionamento consigliata

Suolo

Importo campione: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grandi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Campioni aliquoti in provette EP sterili o cirotubi per la prenotazione.

Feci

Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provette EP sterili o criotubi per la prenotazione.

Contenuto intestinale

I campioni devono essere trattati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in provette EP.

Fango

Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in una provetta EP sterile o in una crioprovetta per la prenotazione

Corpo d'acqua

Per campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., raccogliere almeno 1 litro di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire la flora microbica sulla membrana.Conservare la membrana in un tubo sterile.

Pelle

Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e inserirla in una provetta sterile.

Consegna del campione consigliata

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

consegna del campione

Consegna del campione

Preparazione della biblioteca

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Sequenziamento

Analisi dei dati

Analisi dei dati

Servizi post vendita

Servizi post-vendita


  • Precedente:
  • Prossimo:

  • 1.Distribuzione delle specie

    3

    2.Mappa termica: clustering della ricchezza di specie

    4

    3.Curva delle fazioni rare

    5

    4.Analisi NMDS

    6

    5.Analisi finale

    7

     

     

     

    Caso BMK

    Gli individui obesi con e senza diabete di tipo 2 mostrano capacità funzionali e composizione microbiche intestinali diverse

    Pubblicato:Ospite cellulare e microbo, 2019

    Strategia di sequenziamento:

    Non diabetici magri (n=633);Obesi non diabetici (n=494);Diabete obeso di tipo 2 (n=153);
    Regione target: 16S rDNA V1-V2
    Piattaforma: Illumina Miseq (sequenziamento di ampliconi basato su NGS)
    Un sottoinsieme di estratti di DNA è stato sottoposto a sequenziamento metagenomico su Illumina Hiseq

    Risultati chiave

    I profili microbici di queste malattie metaboliche sono stati differenziati con successo.
    Confrontando le caratteristiche microbiche generate dal sequenziamento 16S, è stato riscontrato che l'obesità è associata a cambiamenti nella composizione microbica, caratteristiche individuali, in particolare una diminuzione significativa di Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ecc. Inoltre, il T2D è stato associato ad un aumento di Escherichia/shigella .

    Riferimento

    Thingholm, LB, et al."Gli individui obesi con e senza diabete di tipo 2 mostrano capacità e composizione funzionali microbiche intestinali diverse".Ospite cellulare e microbo26.2(2019).

     

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