Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-PacBio
Vantaggi del servizio
● Le letture lunghe rivelano la sequenza completa di 16S/18S/ITS
● Identificazione delle basi estremamente accurata con il sequenziamento in modalità PacBio CCS
● Risoluzione a livello di specie nell'annotazione OTU/ASV
● Ultimo flusso di analisi QIIME2 con diverse analisi in termini di database, annotazioni, OTU/ASV.
● Applicabile a diversi studi sulla comunità microbica
● BMK possiede una vasta esperienza con oltre 100.000 campioni/anno, riguardanti terreno, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodo di fermentazione, insetti, piante, ecc.
● BMKCloud ha facilitato l'interpretazione dei dati contenente 45 strumenti di analisi personalizzati
Specifiche del servizio
| Sequenziamentopiattaforma | Biblioteca | Dati consigliati | Tempo di consegna |
| PacBioSequel II | Campanello SMRT | Tag da 5K/10K/20K | 44 giorni lavorativi |
Analisi bioinformatiche
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Cluster OTU/Rimozione rumore (ASV)
● Annotazione OTU
● Diversità alfa
● Diversità beta
● Analisi intergruppo
● Analisi di associazione con fattori sperimentali
● Previsione dei geni funzionali
Requisiti e consegna del campione
Requisiti del campione:
PerEstratti di DNA:
| Tipo di campione | Quantità | Concentrazione | Purezza |
| Estratti di DNA | > 1 mg | ＞ 20 ng/μl | DE260/280= 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipo di campione | Procedura di campionamento consigliata |
| Suolo | Importo campione: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grandi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Campioni aliquoti in provette EP sterili o cirotubi per la prenotazione. |
| Feci | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provette EP sterili o criotubi per la prenotazione. |
| Contenuto intestinale | I campioni devono essere trattati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in provette EP. |
| Fango | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in una provetta EP sterile o in una crioprovetta per la prenotazione |
| Corpo d'acqua | Per campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., raccogliere almeno 1 litro di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire la flora microbica sulla membrana.Conservare la membrana in un tubo sterile. |
| Pelle | Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e inserirla in una provetta sterile. |
Consegna del campione consigliata
Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
1. Tasso di annotazione della profilazione della comunità microbica basata su V3+V4 (Illumina) rispetto alla profilazione basata su lunghezza intera (PacBio).
(I dati di 30 progetti selezionati casualmente sono stati applicati per le statistiche)
2. Tasso di annotazione del sequenziamento dell'amplicone a lunghezza intera a livello di specie in diversi tipi di campioni
3.Distribuzione delle specie
4.Albero filogenetico
Caso BMK
L'esposizione all'arsenico induce danni alla barriera intestinale e conseguente attivazione dell'asse intestino-fegato che porta all'infiammazione e alla piroptosi del fegato nelle anatre
Pubblicato:Scienza dell'ambiente totale,2021
Strategia di sequenziamento:
Campioni: controllo rispetto al gruppo esposto a 8 mg/kg di ATO
Resa dei dati di sequenziamento: 102.583 sequenze CCS grezze in totale
Controllo: 54.518 ± 747 CCS effettivi
Esposto all'ATO: 45.050 ± 1675 CCS effettivi
Risultati chiave
Diversità alfa:L’esposizione all’ATO ha alterato significativamente la ricchezza e la diversità microbica intestinale nelle anatre.
Analisi dei metastati:
A livello di phylum: 2 phyla batterici rilevati solo nei gruppi di controllo
A livello di genere: 6 generi sono stati trovati significativamente diversi in termini di abbondanza relativa
A livello di specie: sono state identificate 36 specie in totale, di cui 6 significativamente diverse in termini di abbondanza relativa
Riferimento
Thingholm, LB, et al."Gli individui obesi con e senza diabete di tipo 2 mostrano capacità e composizione funzionali microbiche intestinali diverse".Ospite cellulare e microbo26.2(2019).
