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Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS - PacBio

Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS - Immagine in evidenza di PacBio

I geni 16S e 18S rRNA, insieme alla regione ITS (Internal Transcribed Spacer), fungono da marcatori molecolari fondamentali per l'identificazione genetica grazie alla combinazione di regioni altamente conservate e ipervariabili, che li rendono strumenti preziosi per la caratterizzazione di organismi procarioti ed eucarioti. L'amplificazione e il sequenziamento di queste regioni offrono un approccio senza necessità di isolamento per studiare la composizione e la diversità microbica in diversi ecosistemi. Sebbene il sequenziamento Illumina si concentri in genere su brevi regioni ipervariabili come V3-V4 del 16S e ITS1, è stato dimostrato che è possibile ottenere un'annotazione tassonomica superiore sequenziando l'intera lunghezza di 16S, 18S e ITS. Questo approccio completo si traduce in percentuali più elevate di sequenze classificate correttamente, raggiungendo un livello di risoluzione che si estende fino all'identificazione delle specie. La piattaforma di sequenziamento Single-Molecule Real-Time (SMRT) di PacBio si distingue per la capacità di fornire letture lunghe (HiFi) ad alta precisione che coprono gli ampliconi a lunghezza intera, rivaleggiando con la precisione del sequenziamento Illumina. Questa capacità consente ai ricercatori di ottenere un vantaggio ineguagliabile: una visione panoramica del panorama genetico. L'ampia copertura aumenta significativamente la risoluzione nell'annotazione delle specie, in particolare all'interno delle comunità batteriche o fungine, consentendo una comprensione più approfondita delle complessità delle popolazioni microbiche.

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Dettagli del servizio

Bioinformatica

Risultati della demo

Pubblicazioni in evidenza

Caratteristiche del servizio

● Piattaforma di sequenziamento: PacBio Revio

● Modalità di sequenziamento: CCS (letture HiFi)

● Amplificazione della regione target seguita dal collegamento in tandem degli ampliconi prima della preparazione della libreria a campana HiFi SMRT.

Vantaggi del servizio

●Risoluzione tassonomica più elevata: Tsequenziamento di ampliconi corti,consentendo tassi di classificazione OTU più elevati a livello di specie.

●Chiamata di base estremamente precisaSequenziamento in modalità PacBio CCS (letture HiFi).

●Senza isolamentoIdentificazione rapida della composizione microbica in campioni ambientali.

●Ampiamente applicabile: Studi su diverse comunità microbiche.

●Analisi bioinformatica completa: Il pacchetto QIIME2 più recente (analisi quantitativa dell'ecologia microbica) con diverse analisi in termini di database, annotazioni e OTU/ASV.

●Vasta esperienzaCon migliaia di progetti di sequenziamento di ampliconi condotti ogni anno, BMKGENE vanta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi e un eccellente supporto post-vendita.

Specifiche di servizio

Biblioteca	Strategia di sequenziamento	Dati consigliati
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 tag K (CCS)

Requisiti del campione

Concentrazione (ng/µL)	Quantità totale (µg)	Volume (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Consegna consigliata dei campioni

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80°C per la conservazione a lungo termine. La spedizione dei campioni deve essere effettuata con ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

Consegna dei campioni

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Analisi dei dati

Servizi post-vendita

Precedente: Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS

Prossimo: Analisi della cromatina accessibile alla trasposasi mediante sequenziamento ad alto rendimento (ATAC-seq)

Include la seguente analisi:

●Controllo della qualità dei dati grezzi

●Clustering OTU/Riduzione del rumore (ASV)

●Annotazione OTU

●Analisi della diversità alfa: indici multipli, tra cui Shannon, Simpson e ACE.

●Analisi della diversità beta

●Analisi intergruppo

●Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità OUT

●Previsione del gene funzionale 16S

Istogramma della distribuzione tassonomica

albero filogenetico della distribuzione della comunità

Analisi della diversità alfa: ACE

indice

Analisi della diversità beta: PCoA

Analisi intergruppo: ANOVA

Scoprite i progressi resi possibili dai servizi di sequenziamento degli ampliconi di BMKGene con PacBio attraverso una selezione di pubblicazioni.

Gao, X. e Wang, H. (2023) 'Analisi comparativa dei profili e delle funzioni batteriche del rumine durante l'adattamento a diverse fenologie (rinverdimento vs. erba) in pecore Merino alpine con due fasi di crescita in un prato alpino', Fermentation, 9(1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Cattura della materia oscura microbica nei suoli desertici utilizzando metagenomica basata sulla culturomica e analisi ad alta risoluzione', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effetti dei sali degli acidi grassi sulle caratteristiche di fermentazione, sulla diversità batterica e sulla stabilità aerobica dell'insilato misto preparato con erba medica, paglia di riso e crusca di frumento', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'L'interazione tra biomarcatori di stress ossidativo e microbiota intestinale negli effetti antiossidanti degli estratti di Sonchus brachyotus DC. nello stress ossidativo intestinale indotto da ossazolone in pesci zebra adulti', Antioxidants 2023, Vol. 12, Pagina 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.