Assemblaggio del genoma batterico de novo
Forniamo un servizio completo di assemblaggio del genoma batterico, garantendo l'assenza di gap. Ciò è possibile integrando tecnologie di sequenziamento a lettura lunga, come Nanopore e PacBio per l'assemblaggio, e il sequenziamento a lettura corta con Illumina per la convalida dell'assemblaggio e la correzione degli errori delle letture ONT. Il nostro servizio fornisce un flusso di lavoro bioinformatico completo, dall'assemblaggio all'annotazione funzionale e all'analisi bioinformatica avanzata, per raggiungere specifici obiettivi di ricerca. Questo servizio consente lo sviluppo di genomi di riferimento precisi per vari studi genetici e genomici. Inoltre, costituisce la base per applicazioni come l'ottimizzazione dei ceppi, l'ingegneria genetica e lo sviluppo di tecnologie microbiche, garantendo dati genomici affidabili e privi di gap, cruciali per il progresso scientifico e l'innovazione biotecnologica.
Caratteristiche del servizio
● Con due possibili opzioni tra cui scegliere a seconda del grado desiderato di completezza del genoma.
● Opzione Bozza Genoma: Sequenziamento a lettura breve con Illumina NovaSeq PE150.
● Genoma completo a 0 gap.
● Sequenziamento a lettura lunga su Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio per l'assemblaggio del genoma.
● Sequenziamento a lettura breve su Illumina NovaSeq per la convalida del genoma e la correzione degli errori (Nanopore) o per generare una bozza del genoma.
Vantaggi del servizio
●Genoma Zero-Gap Garantito: Ciò è dovuto all'integrazione del sequenziamento Illumina con il sequenziamento a lettura lunga (Nanopore o PacBio).
●Flusso di lavoro bioinformatico completo:Ciò include l'assemblaggio del genoma e la previsione di molteplici elementi genomici, l'annotazione funzionale dei geni e le visualizzazioni del genoma come il grafico Circos.
●Ampia competenza: Con oltre 20.000 genomi microbici assemblati, BMKGENE vanta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi e un eccellente supporto post-vendita.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza nella risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
●Sono disponibili molteplici strategie di sequenziamento:Per diversi obiettivi di ricerca e requisiti di completezza del genoma.
Specifiche del servizio
| Servizio | Strategia di sequenziamento |
| Bozza del genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opzionale) |
Requisiti del campione:
| Concentrazione (ng/µL) | Quantità totale (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Batteri: ≥3,5x1010 cellule
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio del genoma
● Analisi dei componenti del genoma: previsione di CDS e di più elementi genomici
● Annotazione funzionale con più database generali (GO, KEGG, ecc.) e database avanzati (CARD, VFDB, ecc.)
● Visualizzazione del genoma
Forniamo il genoma in un formato fasta facilmente accessibile e il file di annotazione del genoma (gff).
Annotazione genetica – GO
Annotazione genetica – carboidrati CAZY
Visualizzazione del genoma – diagramma di Circos
Esplora i progressi facilitati dai servizi di assemblaggio del genoma batterico di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Dai, W. et al. (2023) 'Scoperta di Bacteroides uniformis F18-22 come batterio probiotico sicuro e innovativo per il trattamento della colite ulcerosa nel colon umano sano',Rivista internazionale di scienze molecolari, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Isolati di Proteus mirabilis multifarmaco-resistenti portatori di blaOXA-1 e blaNDM-1 provenienti dalla fauna selvatica in Cina: aumento del rischio per la salute pubblica',Zoologia integrativa, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'La sequenza completa del genoma dell'endofita Bacillus flexus KLBMP 4941 rivela il suo meccanismo di promozione della crescita delle piante e la base genetica per la tolleranza al sale',Rivista di biotecnologia, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'I plasmidi di resistenza a repliconi multipli di Klebsiella mediano un'ampia diffusione di geni antimicrobici',Frontiere della microbiologia, 12, pag. 754931.doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
