Sequenziatore DNA/RNA -PacBio Sequencer
Caratteristiche
Due modalità di sequenziamento sul sequenziatore PacBio: lettura lunga continua (CLR) e lettura consenso circolare (CCS)
| Modalità di sequenziamento | Dimensioni della libreria | Dati teoriciResa (per cella) | Base singolaPrecisione | Applicazioni |
| CLR | 20Kb, 30Kb, ecc. | Da 80 GB a 130 GB | ca.85% | Di nuovo, chiamate SV, ecc. |
| CCS | 15-20 Kb | Da 14 a 40 Gb/cella (Sequel II) Da 70 a 110 Gb/cella (Revio) Dipende dai campioni | ca.99% | Di nuovo, Chiamate SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Confronto tra prestazioni e caratteristiche di Revio e Sequel II
| Termini | Sistema Sequel II | Sistema Revio | Aumento |
| Maggiore densità | 8 milioni di ZMW | 25 milioni di ZMW | 3x |
| Stadi indipendenti | 1 | 4 | 4x |
| Tempi di esecuzione più brevi | 30 ore | 24 ore | 1,25x |
| 30X genomi umani HiFi/anno | 88 | 1.300 | 15 volte in totale |
Vantaggi del servizio
● Oltre 8 anni di esperienza sulla piattaforma di sequenziamento PacBio con migliaia di progetti chiusi con varie specie.
● Completamente equipaggiato con le più recenti piattaforme di sequenziamento PacBio, Revio per garantire una produttività di sequenziamento sufficiente.
● Tempi di consegna più rapidi, maggiore resa dei dati e dati più accurati.
● Ha contribuito a centinaia di pubblicazioni ad alto impatto basate su PacBio.
Requisiti del campione
| Tipo di campione | Quantità | Concentrazione （Qubit®） | Volume | Purezza | Altri |
| DNA genomico | Dipende dai requisiti dei dati | ≥50 ng/μl | ≥15μl | DE260/280=1,7-2,2; diametro esterno260/230=1,8-2,5; Picco chiaro a 260 nm,nessuna contaminazione | La concentrazione deve essere misurata da Qubit e Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| RNA totale | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | DE260/280=1,7-2,5; DE260/230=0,5-2,5;nessuna contaminazione | Valore RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Flusso di lavoro del servizio
preparazione del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Consegna del progetto
1. Resa dati interna
Dati generati da 63 cellule CCS (da 26 specie)
| DATI-PacBio-CCS-15 Kb | Media | Massimo | minimo | Mediano |
| Rendimento - sottoletture (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Resi - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerasi N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Sottoletture N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Polimerasi di lunghezza media | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Sottoletture di lunghezza media | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Durata media-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Dati generati da 16 celle CLR (da 76 specie)
| DATI-PacBio-CLR-30Kb | Media | Massimo | minimo | Mediano |
| Rendimento - sottoletture (Gb) | 142.20 | 291,40 | 50,55 | 142.49 |
| Polimerasi N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Sottoletture N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Polimerasi di lunghezza media | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Sottoletture di lunghezza media | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.QC dei dati – DimostrazioneStatistiche sulla resa dei dati
| Campione | ccs Legge il num | Basi CC totali (bp) | cc Letture N50 (bp) | ccs Lunghezza media (bp) | ccs Lettura più lunga (bp) | sottoletture Basi (bp) | Tasso CC (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
