ØAlta esperienza: oltre 200.000 campioni sono stati elaborati in BMK coprendo diversi tipi di campioni, tra cui colture cellulari, tessuti, fluidi corporei, ecc. e oltre 7.000 progetti mRNA-Seq chiusi che coprono varie aree di ricerca.
ØSistema di controllo della qualità rigoroso: i punti di controllo della qualità principali in tutte le fasi, inclusa la preparazione del campione, la preparazione della libreria, il sequenziamento e la bioinformatica, sono sotto stretto monitoraggio per fornire risultati di alta qualità.
ØDatabase multipli disponibili per annotazioni di funzioni e studi di arricchimento per soddisfare diversi obiettivi di ricerca.
ØServizi post-vendita: servizi post-vendita validi per 3 mesi dal completamento del progetto, inclusi follow-up dei progetti, risoluzione dei problemi, domande e risposte sui risultati, ecc.
Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
Poli A arricchito | Illumina PE150 | 6 GB | Q30≥85% |
Nucleotidi:
Purezza | Integrità | Importo |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Per le piante: RIN≥6,5; Per gli animali: RIN≥7;28S/18S≥1,0;elevazione basale limitata o nulla | conc.≥30 ng/μl;Volume ≥ 10 μl;Totale ≥ 1,5 μg |
Tessuto: Peso (asciutto):≥1 g
*Per i tessuti di dimensioni inferiori a 5 mg, si consiglia di inviare un campione di tessuto congelato (in azoto liquido).
Sospensione cellulare:Conteggio cellule = 3×106- 1×107
*Si consiglia di spedire il lisato cellulare congelato.Nel caso in cui la conta cellulare sia inferiore a 5×105, si consiglia di congelare il flash in azoto liquido, che è preferibile per la microestrazione.
Campioni di sangue:Volume≥1 ml
Microrganismo:Massa ≥ 1 g
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (non si consiglia la carta stagnola)
Esempio di etichettatura: Gruppo+replica es. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Spedizione:
Bioinformatica
eucariotico Flusso di lavoro di analisi del sequenziamento dell'mRNA
Bioinformatica
ØControllo della qualità dei dati grezzi
ØAllineamento del genoma di riferimento
ØAnalisi della struttura della trascrizione
ØQuantificazione dell'espressione
ØAnalisi dell'espressione differenziale
ØAnnotazione e arricchimento di funzioni
1.Curva di saturazione dei dati dell'mRNA
2.Analisi dell'espressione differenziale-Vulcano plot
3.Annotazione KEGG sui DEG
4.Classifica GO su DEG