Sequenziamento mRNA a lunghezza intera - Nanopore
Caratteristiche
● Cattura dell'mRNA poli-A seguita dalla sintesi del cDNA e preparazione della libreria
● Sequenziamento delle trascrizioni complete
● Analisi bioinformatica basata sull'allineamento a un genoma di riferimento
● L'analisi bioinformatica include non solo l'espressione a livello genico e isoformale, ma anche l'analisi di lncRNA, fusioni geniche, poliadenilazione e struttura genica
Vantaggi del servizio
●Quantificazione dell'espressione a livello di isoforma: consentendo un'analisi dettagliata e accurata dell'espressione, svelando cambiamenti che potrebbero essere mascherati quando si analizza l'intera espressione genica
●Riduzione della richiesta di dati:Rispetto al sequenziamento di nuova generazione (NGS), il sequenziamento Nanopore richiede meno dati, consentendo livelli equivalenti di saturazione della quantificazione dell'espressione genica con dati più piccoli.
●Maggiore accuratezza della quantificazione dell'espressione: sia a livello genico che isoforma
●Identificazione di informazioni trascrittomiche aggiuntive: poliadenilazione alternativa, geni di fusione e lcnRNA e i loro geni bersaglio
●Ampia competenza: Il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto, avendo completato oltre 850 progetti di trascrittoma completo Nanopore e processato oltre 8.000 campioni.
●Supporto post-vendita: il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Arricchito con poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Punteggio medio di qualità: Q10 |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA sul gel. | Per le piante: RIN≥7,0; Per gli animali: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione della linea di base limitata o nulla |
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Cuore o intestino: 300 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscolo: 450 mg
Ossa, capelli o pelle: 1 g
● Artropodi:
Insetti: 6 g
Crostacei: 300 mg
● Sangue intero: 1 tubo
● Cellule: 106 cellule
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (non è consigliata la carta stagnola)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Nucleotidi:
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Flusso di lavoro del servizio
Tessuto:
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
● Elaborazione dei dati grezzi
● Identificazione della trascrizione
● Splicing alternativo
● Quantificazione dell'espressione a livello genico e a livello di isoforma
● Analisi dell'espressione differenziale
● Annotazione e arricchimento delle funzioni (DEG e DET)
Analisi di splicing alternativo
Analisi di poliadenilazione alternativa (APA)
Previsione lncRNA
Annotazione di nuovi geni
Clustering di DET
Reti proteina-proteina nei DEG
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento mRNA completo Nanopore di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Gong, B. et al. (2023) 'Attivazione epigenetica e trascrizionale della chinasi secretoria FAM20C come oncogene nel glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Il sequenziamento del trascrittoma completo dei linfociti che rispondono all'IFN-γ rivela una risposta immunitaria distorta da Th1 nella passera di mare (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analisi comparativa dei metodi di sequenziamento dell'RNA PacBio e ONT per l'identificazione del veleno di Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'L'analisi nano-seq rivela una diversa tendenza funzionale tra esosomi e microvescicole derivate da hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
