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Genoma fungino

Le tecnologie dei biomarcatori forniscono indagini sul genoma, genoma fine e genoma completo di funghi a seconda dell'obiettivo di ricerca specifico.Il sequenziamento, l'assemblaggio e l'annotazione funzionale del genoma possono essere ottenuti combinando il sequenziamento di nuova generazione + il sequenziamento di terza generazione per ottenere un assemblaggio del genoma di alto livello.La tecnologia Hi-C può essere impiegata anche per facilitare l'assemblaggio del genoma a livello cromosomico.

Piattaforma:PacBioSequel II

Nanoporo PromethION P48

Piattaforma Illumina NovaSeq

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Dettagli del servizio

Risultati dimostrativi

Vantaggi del servizio

● Sono disponibili molteplici strategie di sequenziamento per diversi obiettivi di ricerca

● Grande esperienza nell'assemblaggio del genoma dei funghi con oltre 10.000 genomi completi di pene assemblati.

● Team di supporto tecnico post-vendita professionale che soddisfa esigenze di ricerca più specifiche.

Specifiche del servizio

Servizio	Strategia di sequenziamento	Qualità garantita	Tempo di consegna stimato
Mappa fine dei funghi	Illumina 50X+Nanoporo 100X	Contig N50≥2 Mb	35 giorni lavorativi
Mappa fine dei funghi	PacBio HiFi 30X	Contig N50≥2 Mb	35 giorni lavorativi
Mappa completa del pene fungino	Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X	Rapporto di ancoraggio cromosomico >90%	45 giorni lavorativi

Analisi bioinformatiche

● Controllo della qualità dei dati grezzi

● Assemblaggio del genoma

● Analisi delle componenti del genoma

● Annotazione della funzione genetica

● Analisi genomica comparativa

Requisiti e consegna del campione

Requisiti del campione:

PerEstratti di DNA:

Tipo di campione	Quantità	Concentrazione	Purezza
Estratti di DNA	> 1,2 µg	＞ 20 ng/μl	DE260/280= 1,6-2,5

Per i campioni di tessuto:

Tipo di campione

Trattamento del campione consigliato

Stoccaggio e spedizione dei campioni

Fungo unicellulare

Osservare i lieviti al microscopio e raccoglierli nella loro fase esponenziale

Trasferire la coltura (contenente circa 3-4,5e9 cellule) in un eppendorf da 1,5 o 2 ml.(Mantieni il ghiaccio)

Centrifugare la provetta per 1 minuto a 14000 g per raccogliere i batteri e rimuovere con attenzione il surnatante

Sigillare la provetta e congelare i batteri in azoto liquido per almeno 1-3 ore.Conservare la provetta in frigorifero a -80 ℃.

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.

Macrofungo

Si consiglia il tessuto in fase di crescita attiva.

Sciacquare il tessuto con acqua priva di endotossine, quindi etonale al 70%.

Salvare il campione in criotubi.