Analisi dell'associazione a livello del genoma
Flusso di lavoro
Vantaggi del servizio
●Ampia competenza e documentazione delle pubblicazioni: grazie all'esperienza accumulata in GWAS, BMKGene ha completato centinaia di progetti di specie nella ricerca GWAS sulla popolazione, ha aiutato i ricercatori a pubblicare più di 100 articoli e il fattore di impatto cumulativo ha raggiunto 500.
● Analisi bioinformatica completa: il flusso di lavoro include l'analisi dell'associazione SNP-caratteristica, fornendo un set di geni candidati e la loro corrispondente annotazione funzionale.
●Team di bioinformatica altamente qualificato e ciclo di analisi breve: grazie alla sua grande esperienza nell'analisi genomica avanzata, il team di BMKGene fornisce analisi complete in tempi rapidi.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza nella risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Specifiche e requisiti del servizio
| Tipo di sequenziamento | Scala di popolazione consigliata | Strategia di sequenziamento | Requisiti dei nucleotidi |
| Sequenziamento dell'intero genoma | 200 campioni | 10x | Concentrazione: ≥ 1 ng/µL Quantità totale ≥ 30ng Degradazione o contaminazione limitata o nulla |
| Frammento amplificato del locus specifico (SLAF) | Profondità del tag: 10x Numero di tag: < 400 Mb: si consiglia WGS < 1 Gb: 100K tag 1 GB > 2 Gb: 300K tag Massimo 500k tag | Concentrazione ≥ 5 ng/µL Quantità totale ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel di agarosio: nessuna o limitata degradazione o contaminazione
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Selezione dei materiali
Diverse varietà, sottospecie, razze locali/banche genetiche/famiglie miste/risorse selvatiche
Diverse varietà, sottospecie, razze locali
Famiglia di fratelli/sorelle/risorse selvatiche
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
- Analisi dell'associazione a livello del genoma: modello LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Annotazione funzionale dei geni candidati
Analisi dell'associazione SNP-carattere – diagramma di Manhattan
Analisi dell'associazione SNP-carattere – grafico QQ
Esplora i progressi facilitati dai servizi de GWAS di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni:
Lv, L. et al. (2023) 'Approfondimento delle basi genetiche della tolleranza all'ammoniaca nella vongola Sinonovacula constricta mediante studio di associazione genomica',Acquacoltura, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Le analisi multi-omiche di 398 accessioni di miglio coda di volpe rivelano regioni genomiche associate alla domesticazione, ai tratti metabolici e agli effetti antinfiammatori',Pianta molecolare, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Mappatura dell'associazione a livello del genoma dei fenotipi di Hulless Barely in ambienti siccitosi',Frontiere nella scienza delle piante, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, che codifica una solfotransferasi, conferisce resistenza ai ceppi G2 e G3 del virus del mosaico della soia',Pianta, cellula e ambiente, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
