Analisi di associazione a livello genomico
Flusso di lavoro
Vantaggi del servizio
●Vasta esperienza e autorevolezza in ambito di pubblicazioni.Grazie all'esperienza maturata nel campo degli studi GWAS, BMKGene ha completato centinaia di progetti su diverse specie nell'ambito della ricerca GWAS a livello di popolazione, ha assistito i ricercatori nella pubblicazione di oltre 100 articoli e il fattore di impatto cumulativo ha raggiunto quota 500.
● Analisi bioinformatica completaIl flusso di lavoro include l'analisi di associazione SNP-tratto, che fornisce un insieme di geni candidati e la relativa annotazione funzionale.
●Team di bioinformatica altamente qualificato e ciclo di analisi breve.Grazie alla vasta esperienza nell'analisi genomica avanzata, il team di BMKGene fornisce analisi complete con tempi di consegna rapidi.
●Assistenza post-vendita:Il nostro impegno va oltre il completamento del progetto, offrendo un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, forniamo supporto durante lo svolgimento del progetto, assistenza per la risoluzione di eventuali problemi e sessioni di domande e risposte per chiarire qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Specifiche e requisiti del servizio
| Tipo di sequenziamento | Scala di popolazione raccomandata | Strategia di sequenziamento | Requisiti dei nucleotidi |
| Sequenziamento dell'intero genoma | 200 campioni | 10x | Concentrazione: ≥ 1 ng/µL Quantità totale ≥ 30 ng Degradazione o contaminazione limitate o assenti |
| Frammento amplificato in locus specifico (SLAF) | Profondità del tag: 10x Numero di tag: < 400 Mb: si consiglia il sequenziamento del genoma intero (WGS). < 1 GB: 100.000 tag 1 GB > 2 GB: 300.000 tag Massimo 500.000 tag | Concentrazione ≥ 5 ng/µL Quantità totale ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel di agarosio: degradazione o contaminazione assenti o limitate.
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Selezione dei materiali
Diverse varietà, sottospecie, ecotipi/banche genetiche/famiglie miste/risorse selvatiche
Diverse varietà, sottospecie, ecotipi
Famiglia di fratellastri/famiglia di fratelli germani/risorse selvatiche
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna dei campioni
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
- Analisi di associazione a livello genomico: modelli LM, LMM, EMMAX e FASTLMM.
- Annotazione funzionale dei geni candidati
Analisi di associazione SNP-tratto – Grafico di Manhattan
Analisi di associazione SNP-tratto – Grafico QQ
Scopri i progressi resi possibili dai servizi de GWAS di BMKGene attraverso una selezione di pubblicazioni:
Lv, L. et al. (2023) 'Approfondimento sulla base genetica della tolleranza all'ammoniaca nella vongola Sinonovacula constricta mediante studio di associazione a livello genomico',Acquacoltura, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisi multi-omiche di 398 accessioni di miglio a coda di volpe rivelano regioni genomiche associate alla domesticazione, tratti metabolici ed effetti antinfiammatori',Pianta molecolare, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Mappatura di associazione a livello genomico dei fenotipi di orzo senza glumelle in un ambiente arido',Frontiere nella scienza delle piante, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, che codifica una sulfotransferasi, conferisce resistenza ai ceppi G2 e G3 del virus del mosaico della soia',Pianta, cellula e ambiente, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
