Assemblaggio del genoma basato su Hi-C
Hi-C è un metodo progettato per catturare la configurazione cromosomica combinando interazioni basate sulla prossimità e sequenziamento ad alto rendimento. Si ritiene che l'intensità di queste interazioni sia negativamente correlata alla distanza fisica sui cromosomi. Pertanto, i dati Hi-C vengono utilizzati per guidare il clustering, l'ordinamento e l'orientamento delle sequenze assemblate in una bozza di genoma e per ancorarle a un certo numero di cromosomi. Questa tecnologia consente l'assemblaggio del genoma a livello cromosomico in assenza di una mappa genetica basata sulla popolazione. Ogni singolo genoma necessita di un Hi-C.
Caratteristiche del servizio
● Sequenziamento su Illumina NovaSeq con PE150.
● Il servizio richiede campioni di tessuto, invece di acidi nucleici estratti, per reticolare con formaldeide e conservare le interazioni DNA-proteine.
● L'esperimento Hi-C prevede la restrizione e la riparazione delle estremità adesive con biotina, seguita dalla circolarizzazione delle estremità smussate risultanti, preservando le interazioni. Il DNA viene quindi estratto con sfere di streptavidina e purificato per la successiva preparazione della libreria.
Vantaggi del servizio
Panoramica di Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienza, 2009)
●Eliminare la necessità di dati genetici sulla popolazione:Hi-C sostituisce le informazioni essenziali richieste per l'ancoraggio contig.
●Alta densità di marcatori:portando ad un elevato rapporto di ancoraggio contig, superiore al 90%.
●Ampia competenza e documentazione delle pubblicazioni:BMKGene vanta una vasta esperienza con oltre 2000 casi di assemblaggio del genoma Hi-C da 1000 specie diverse e vari brevetti. Oltre 200 casi pubblicati hanno un fattore di impatto cumulativo di oltre 2000.
●Team di bioinformatica altamente qualificato:Grazie ai brevetti interni e ai diritti d'autore del software per gli esperimenti Hi-C e l'analisi dei dati, il software di visualizzazione dei dati sviluppato internamente consente lo spostamento manuale dei blocchi, l'inversione, la revoca e la ripetizione.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza nella risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
●Annotazione completa: utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni con le variazioni identificate ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti su più progetti di ricerca.
Specifiche del servizio
| Preparazione della biblioteca | Strategia di sequenziamento | Output dati consigliato | Controllo di qualità |
| Libreria Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisiti campione
| Tessuto | Quantità richiesta |
| visceri animali | ≥ 2 g |
| Muscolo animale | |
| Sangue di mammifero | ≥ 2 mL |
| Sangue di pollame/pesce | |
| Pianta - Foglia fresca | ≥ 3 g |
| cellule coltivate | ≥ 1x107 |
| Insetto | ≥ 2 g |
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
1) Controllo qualità dei dati grezzi
2) Controllo qualità della libreria Hi-C: stima delle interazioni Hi-C valide
3) Assemblaggio Hi-C: raggruppamento dei contig in gruppi, seguito dall'ordinamento dei contig all'interno di ciascun gruppo e dall'assegnazione dell'orientamento dei contig
4) Valutazione Hi-C
Hi-C Library QC – stima delle coppie di interazione valide Hi-C
Hi-C Assembly – statistiche
Valutazione post-assemblaggio: mappa termica dell'intensità del segnale tra i contenitori
Esplora i progressi facilitati dai servizi di assemblaggio Hi-C di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Tian, T. et al. (2023) 'Assemblaggio del genoma e dissezione genetica di un importante germoplasma di mais resistente alla siccità', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Un assemblaggio su scala cromosomica del genoma dell'ape asiatica Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Svelare l'evoluzione della biosintesi degli alcaloidi tropanici analizzando due genomi nella famiglia delle Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'I genomi del baniano e della vespa impollinatrice forniscono informazioni sulla coevoluzione fico-vespa', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
