mRNA-seq (NGS) – De novo

Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione di tutti i trascritti di mRNA nelle cellule in condizioni specifiche ed è una tecnologia ampiamente utilizzata in vari ambiti di ricerca. La pipeline di sequenziamento de novo dell'mRNA di BMKCloud è progettata per analizzare librerie di sequenziamento arricchite con poli-A quando non è disponibile un genoma di riferimento. La pipeline inizia con il controllo di qualità, seguito dadi nuovoAssemblaggio dei trascritti e selezione del set unigenico. L'analisi della struttura unigenica prevede la sequenza codificante (CDS) e le ripetizioni di sequenza semplice (SSR). Successivamente, l'analisi dell'espressione differenziale individua i geni differenzialmente espressi (DEG) tra le condizioni testate, seguita dall'annotazione funzionale e dall'arricchimento dei DEG per estrarre informazioni biologiche.