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Prodotti

Sequenziamento metagenomico-nanoporo

La metagenomica è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e l'abbondanza delle specie, sulla struttura della popolazione, sulla relazione filogenetica, sui geni funzionali e sulla rete di correlazione con fattori ambientali, ecc. Le piattaforme di sequenziamento dei nanopori sono state recentemente introdotte agli studi metagenomici.Le sue eccezionali prestazioni in termini di lunghezza di lettura hanno ampiamente migliorato l'analisi metagenomica a valle, in particolare l'assemblaggio del metagenoma.Sfruttando i vantaggi della lunghezza di lettura, lo studio metagenomico basato su nanopori è in grado di ottenere un assemblaggio più continuo rispetto alla metagenomica a fucile.È stato pubblicato che la metagenomica basata su nanopori ha generato con successo genomi batterici completi e chiusi da microbiomi (Moss, EL, et. al,Biotecnologia della natura, 2020)

Piattaforma:Nanoporo PromethION P48


Dettagli del servizio

Risultati dimostrativi

Caso BMK

Vantaggi del servizio

● Assemblaggio di alta qualità: migliora l'accuratezza dell'identificazione delle specie e della previsione dei geni funzionali

● Isolamento del genoma batterico chiuso

● Applicazione più potente e affidabile in aree diverse, ad esempio rilevamento di microrganismi patogeni o geni correlati alla resistenza agli antibiotici

● Analisi comparativa del metagenoma

Specifiche del servizio

 piattaforma

Sequenziamento

Dati consigliati

Tempo di consegna

Nanoporo

ONT

6 G/10 G

65 giorni lavorativi

Analisi bioinformatiche

● Controllo della qualità dei dati grezzi

● Assemblaggio del metagenoma

● Set di geni non ridondanti e annotazione

● Analisi della diversità delle specie

● Analisi della diversità delle funzioni genetiche

● Analisi intergruppo

● Analisi di associazione con fattori sperimentali

nanoporo

Requisiti e consegna del campione

Requisiti e consegna del campione

Requisiti del campione:   

PerEstratti di DNA:

Tipo di campione

Quantità

Concentrazione

Purezza

Estratti di DNA

1-1,5 mg

> 20 ng/μl

DE260/280= 1,6-2,5

Per i campioni ambientali:

Tipo di campione

Procedura di campionamento consigliata

Suolo

Importo campione: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grandi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Campioni aliquoti in provette EP sterili o cirotubi per la prenotazione.

Feci

Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provette EP sterili o criotubi per la prenotazione.

Contenuto intestinale

I campioni devono essere trattati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in provette EP.

Fango

Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in una provetta EP sterile o in una crioprovetta per la prenotazione

Corpo d'acqua

Per campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., raccogliere almeno 1 litro di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire la flora microbica sulla membrana.Conservare la membrana in un tubo sterile.

Pelle

Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e inserirla in una provetta sterile.

Consegna del campione consigliata

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

consegna del campione

Consegna del campione

Preparazione della biblioteca

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Sequenziamento

Analisi dei dati

Analisi dei dati

Servizi post vendita

Servizi post-vendita


  • Precedente:
  • Prossimo:

  • 1.Mappa termica: clustering della ricchezza di specie32. Geni funzionali annotati nelle vie metaboliche KEGG43.Rete di correlazione delle specie54.Circo di geni di resistenza agli antibiotici CARD
    6

    Caso BMK

    La metagenomica dei nanopori consente una rapida diagnosi clinica delle infezioni batteriche delle vie respiratorie inferiori

    Pubblicato:Biotecnologia della natura, 2019

    Punti salienti tecnici
    Sequenziamento: Nanopore MinION
    Bioinformatica metagenomica clinica: deplezione del DNA dell'ospite, analisi WIMP e ARMA
    Rilevamento rapido: 6 ore
    Alta sensibilità: 96,6%

    Risultati chiave

    Nel 2006, l’infezione delle vie respiratorie inferiori (LR) ha causato la morte di 3 milioni di persone a livello globale.Il metodo tipico per il rilevamento del patogeno LR1 è la coltivazione, che ha scarsa sensibilità, tempi di risposta lunghi e mancanza di indicazioni nella terapia antibiotica precoce.Una diagnosi microbica rapida e accurata è da tempo una necessità urgente.Il dottor Justin dell'Università dell'East Anglia e i suoi partner hanno sviluppato con successo un metodo metagenomico basato su nanopori per il rilevamento degli agenti patogeni.Secondo il loro flusso di lavoro, il 99,99% del DNA ospite può essere esaurito.Il rilevamento di agenti patogeni e geni resistenti agli antibiotici può essere completato in 6 ore.

    Riferimento
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).La metagenomica dei nanopori consente una rapida diagnosi clinica delle infezioni batteriche delle vie respiratorie inferiori.Biotecnologia della natura, 37(7), 1.

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