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Sequenziamento dell'RNA procariotico

Il sequenziamento dell'RNA procariotico utilizza il sequenziamento di nuova generazione (NGS) per rivelare la presenza e la quantità di RNA in un dato momento, analizzando il cambiamento del trascrittoma cellulare.Il sequenziamento dell'RNA procariotico della nostra azienda mira specificamente ai procarioti con genomi di riferimento, fornendo profilazione del trascrittoma, analisi della struttura genetica, ecc. È stato ampiamente applicato alla ricerca scientifica di base, alla ricerca e allo sviluppo di farmaci e altro ancora.

Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq

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Dettagli del servizio

Specifiche del servizio

Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipo di libreria: libreria cDNA con inserto da 350 bp (dipende dalla distribuzione di picco)

Strategia di sequenziamento: Paired-End 150 bp

Quantità di dati consigliata: 2 Gb di dati grezzi/campione

Bioinformatica

(1) Controllo della qualità dei dati di sequenziamento: distribuzione dei nucleotidi, distribuzione della qualità delle basi, valutazione del rapporto rRNA;

(2) Analisi dell'allineamento della sequenza: statistiche dei risultati dell'allineamento, saturazione del sequenziamento, copertura del sequenziamento;

(3) Annotazione del genoma di riferimento (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisi dell'espressione: distribuzione dell'espressione (con due o più campioni), analisi dell'espressione tra campioni (analisi di Venn, analisi di correlazione, analisi PCA);

(5) Analisi dell'espressione differenziale (con due o più campioni);

(6) Analisi del set di geni: analisi di Venn, analisi di cluster, analisi di annotazioni di funzioni (COG, GO, KEGG), analisi di arricchimento di funzioni (GO, KEGG), grafico cordale di arricchimento di funzioni, analisi di Ipath;

(7) analisi degli sRNA: previsione degli sRNA, annotazione degli sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), previsione della struttura secondaria degli sRNA, previsione del gene bersaglio degli sRNA;

(8) Analisi della struttura della trascrizione: analisi dell'operone, previsione dei siti iniziali e finali della trascrizione, annotazione e analisi UTR, previsione della sequenza del promotore, analisi SNP/InDel (annotazione SNP/InDel, distribuzione regionale SNP/InDel, statistiche SNP).