Sequenziamento di piccoli RNA - Illumina
Caratteristiche
● Preparazione della libreria di selezione delle dimensioni.
● Analisi bioinformatica incentrata sulla previsione e sugli obiettivi dei miRNA.
Vantaggi del servizio
●Ampia competenza: Abbiamo elaborato oltre 300 campioni, di diverse tipologie. Mettiamo a frutto la nostra vasta esperienza in ogni progetto.
●Rigoroso controllo di qualità: Implementiamo i punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni alla preparazione delle librerie, al sequenziamento e alla bioinformatica. Il nostro monitoraggio meticoloso garantisce il raggiungimento di risultati costantemente di alta qualità.
●Analisi bioinformatica completa:Consente l'identificazione di miRNA noti e nuovi, l'identificazione di target di miRNA e la corrispondente annotazione funzionale e l'arricchimento con più database (KEGG, GO).
●Supporto post-vendita: Sappiamo quanto sia importante essere presenti, ecco perché il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Piattaforma | Dati consigliati | Controllo qualità dei dati |
| Dimensione selezionata | Illumina SE50 | Letture da 10M a 20M | Q30≥85% |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA sul gel. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione della linea di base limitata o nulla |
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Cuore o intestino: 450 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscolo: 600 mg
Ossa, capelli o pelle: 1,5 g
● Artropodi:
Insetti: 9 g
Crostacei: 450 mg
● Sangue intero: 2 tubi
● Cellule: 106 cellule
● Siero e plasma:6 ml
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (non è consigliata la carta stagnola)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Classificazione dei piccoli RNA
● Analisi dell'espressione dei miRNA e dell'espressione differenziale
● Annotazione del gene bersaglio del miRNA e del gene bersaglio del miRNA espresso in modo differenziale
● Annotazione del gene target e arricchimento della funzione del gene miRNA espresso in modo differenziale
Identificazione dei miRNA: struttura e profondità
Espressione differenziale di miRNA – clustering gerarchico
Annotazione funzionale del bersaglio dei miRNA differenzialmente espressi
Esplora i progressi della ricerca facilitati dai servizi di sequenziamento sRNA di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Chen, H. et al. (2023) 'Le infezioni virali inibiscono la biosintesi della saponina e la fotosintesi nel Panax notoginseng',Fisiologia e biochimica vegetale, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) ' La proteina FREE1 contenente il dominio FYVE della pianta si associa ai componenti del microprocessore per reprimere la biogenesi dei miRNA ',Rapporti EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Il microRNA Ame-Bantam-3p controlla lo sviluppo delle pupe larvali prendendo di mira il gene dei domini simili al fattore di crescita epidermico multiplo 8 (megf8) nell'ape mellifera, Apis mellifera',Rivista internazionale di scienze molecolari, 24(6), p. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'L'analisi integrata di MiRNA e geni associati alla qualità della carne rivela che Gga-MiR-140-5p influenza la deposizione di grasso intramuscolare nei polli',Fisiologia cellulare e biochimica, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
