Sequenziamento di piccoli RNA - Illumina
Caratteristiche
● Preparazione della libreria per la selezione delle dimensioni.
● Analisi bioinformatica incentrata sulla previsione e sui bersagli dei miRNA.
Vantaggi del servizio
●Vasta esperienzaAbbiamo analizzato oltre 300 campioni, di diverse tipologie. Mettiamo a disposizione la nostra vasta esperienza per ogni progetto.
●Controllo di qualità rigorosoImplementiamo punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione del campione alla preparazione della libreria, al sequenziamento e alla bioinformatica. Il nostro monitoraggio meticoloso garantisce la fornitura di risultati di alta qualità in modo costante.
●Analisi bioinformatica completa:Consente l'identificazione di miRNA sia noti che nuovi, l'identificazione dei bersagli dei miRNA e la corrispondente annotazione funzionale e l'arricchimento con molteplici database (KEGG, GO).
●Assistenza post-venditaComprendiamo quanto sia importante essere presenti, per questo il nostro impegno va oltre il completamento del progetto con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up sul progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per chiarire qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Requisiti e modalità di consegna del campione
| Biblioteca | Piattaforma | Dati consigliati | Controllo qualità dei dati |
| Taglia selezionata | Illumina SE50 | 10-20 milioni di letture | Q30≥85% |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Sul gel si osserva una contaminazione proteica o del DNA limitata o assente. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione di base limitata o assente |
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Cuore o intestino: 450 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscoli: 600 mg
Ossa, capelli o pelle: 1,5 g
● Artropodi:
Insetti: 9 g
Crostacei: 450 mg
● Sangue intero: 2 tubi
● Cellule: 106 case
● Siero e plasma:6 ml
Consegna consigliata dei campioni
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (si sconsiglia l'uso di fogli di alluminio).
Etichettatura del campione: Gruppo + replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere imballati in sacchetti e interrati nel ghiaccio secco.
2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna dei campioni
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Classificazione dei piccoli RNA
● Analisi dell'espressione dei miRNA e dell'espressione differenziale
● Annotazione dei geni bersaglio dei miRNA e dei geni bersaglio dei miRNA espressi in modo differenziale
● Annotazione del gene bersaglio e arricchimento della funzione del gene miRNA espresso in modo differenziale
Identificazione dei miRNA: struttura e profondità
Espressione differenziale dei miRNA – clustering gerarchico
Annotazione funzionale dei bersagli dei miRNA espressi in modo differenziale
Scopri i progressi della ricerca resi possibili dai servizi di sequenziamento dell'sRNA di BMKGene attraverso una selezione di pubblicazioni.
Chen, H. et al. (2023) 'Le infezioni virali inibiscono la biosintesi delle saponine e la fotosintesi in Panax notoginseng',Fisiologia e biochimica vegetale, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) ' La proteina FREE1 contenente il dominio FYVE delle piante si associa ai componenti del microprocessore per reprimere la biogenesi dei miRNA ',rapporti EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Il microRNA Ame-Bantam-3p controlla lo sviluppo larvale pupale prendendo di mira il gene Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8 (megf8) nell'ape mellifera, Apis mellifera',Rivista internazionale di scienze molecolari, 24(6), p. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Analisi integrata di miRNA e geni associati alla qualità della carne rivela che Gga-MiR-140-5p influenza la deposizione di grasso intramuscolare nei polli',Fisiologia e biochimica cellulare, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
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