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Sequenziamento dell'intero trascrittoma – Illumina

Il sequenziamento dell'intero trascrittoma offre un approccio completo alla profilazione di diverse molecole di RNA, comprendendo sia gli RNA codificanti (mRNA) che quelli non codificanti (lncRNA, circRNA e miRNA).Questa tecnica cattura l'intero trascrittoma di cellule specifiche in un dato momento, consentendo una comprensione olistica dei processi cellulari.Conosciuto anche come “sequenziamento totale dell’RNA”, mira a svelare intricate reti regolatorie a livello del trascrittoma, consentendo analisi approfondite come l’RNA endogeno competitivo (ceRNA) e l’analisi congiunta dell’RNA.Ciò segna il passo iniziale verso la caratterizzazione funzionale, in particolare nello svelare le reti regolatorie che coinvolgono le interazioni ceRNA basate su circRNA-miRNA-mRNA.


Dettagli del servizio

Bioinformatica

Risultati dimostrativi

Pubblicazioni in primo piano

Caratteristiche

● Doppia libreria per sequenziare il trascrittoma completo: deplezione dell'rRNA seguita dalla preparazione della libreria PE150 e selezione delle dimensioni seguita dalla preparazione della libreria SE50

● Analisi bioinformatica completa di mRNA, lncRNA, circRNA e miRNA in report bioinformatici separati

● Analisi congiunta di tutta l'espressione di RNA in un rapporto combinato, inclusa l'analisi delle reti di ceRNA.

Vantaggi del servizio

Analisi approfondita delle reti regolatorie: L'analisi della rete ceRNA è consentita dal sequenziamento congiunto di mRNA, lncRNA, circRNA e miRNA e da un flusso di lavoro bioinformatico esaustivo.

Annotazione completa: utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma.

Ampia competenza: con un track record di chiusura con successo di oltre 2000 progetti di trascrittoma intero in vari settori di ricerca, il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto.

Controllo qualità rigoroso: implementiamo punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni e delle librerie al sequenziamento e alla bioinformatica.Questo meticoloso monitoraggio garantisce la fornitura di risultati costantemente di alta qualità.

● Annotazione completa: utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma.

Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi.Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati

Requisiti e consegna del campione

Biblioteca

Strategia di sequenziamento

Dati consigliati

Controllo di qualità

rRNA impoverito

Illumina PE150

16 GB

Q30≥85%

Taglia selezionata

Illumina SE50

10-20 milioni di letture

 

Requisiti del campione:

Nucleotidi:

Concentrazione (ng/μl)

Quantità (μg)

Purezza

Integrità

≥ 100

≥ 1

DE260/280=1,7-2,5

DE260/230=0,5-2,5

Contaminazione limitata o assente di proteine ​​o DNA mostrata sul gel.

Piante: RIN≥6,5

Animale: RIN≥7.0

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevazione della linea di base limitata o assente

Consegna del campione consigliata

Contenitore:
Provetta da centrifuga da 2 ml (la carta stagnola non è consigliata)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2.Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.

Flusso di lavoro del servizio

Controllo qualità del campione

Progettazione dell'esperimento

consegna del campione

Consegna del campione

Esperimento pilota

Estrazione dell'RNA

Preparazione della biblioteca

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Sequenziamento

Analisi dei dati

Analisi dei dati

Servizi post vendita

Servizi post-vendita


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  • Bioinformatica

    wps_doc_16

    Panoramica sull'espressione dell'RNA

     Figura 41

    Geni differenzialmente espressi

    Immagine 42

     

     

    analisi del ceRNA

     Immagine 43MiRNA differenzialmente espressi e RNA correlati

    Immagine 44 

     Esplora i progressi della ricerca facilitati dai servizi di sequenziamento dell'intero trascrittoma di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.

     

    Dai, Y. et al.(2022) "Profili di espressione completi di mRNA, lncRNA e miRNA nella malattia di Kashin-Beck identificati mediante sequenziamento dell'RNA", Molecular Omics, 18(2), pp. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.

    Liu, N.nan et al.(2022) "Analisi completa dei trascrittomi della resistenza al freddo di Apis cerana nel monte Changbai durante il periodo di svernamento.", Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.

    Wang, XJ et al.(2022) "Priorità basata sull'integrazione multi-omica delle reti concorrenti di regolazione dell'RNA endogeno nel cancro del polmone a piccole cellule: caratteristiche molecolari e farmaci candidati", Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.

    Xu, P. et al.(2022) "L'analisi integrata dei profili di espressione lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA rivela nuove intuizioni sui potenziali meccanismi in risposta ai nematodi galligeni nelle arachidi", BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.

    Yan, Z. et al.(2022) "Il sequenziamento dell'RNA dell'intero trascrittoma evidenzia i meccanismi molecolari associati al mantenimento della qualità postraccolta nei broccoli mediante irradiazione con LED rosso", Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.

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