10x Genomics Visium Transcriptome מרחבי
מאפיינים
● רזולוציה: 100 מיקרומטר
● קוטר ספוט: 55 מיקרומטר
● מספר מקומות: 4992
● אזור לכידה: 6.5 x 6.5 מ"מ
● כל נקודה עם ברקוד עמוסה בפריימרים המורכבים מ-4 חלקים:
- זנב פולי(dT) עבור תחול mRNA וסינתזת cDNA
- מזהה מולקולרי ייחודי (UMI) לתיקון הטיית הגברה
- ברקוד מרחבי
- רצף מחייב של פריימר לרצף קריאה חלקית 1
● צביעת H&E של חתכים
יתרונות
●שירות חד פעמי: משלב את כל השלבים המבוססים על ניסיון ומיומנויות, כולל ניתוח קריו, צביעה, אופטימיזציה של רקמות, ברקוד מרחבי, הכנת ספרייה, רצף וביואינפורמטיקה.
● צוות טכני מיומן במיוחד: עם ניסיון בלמעלה מ-250 סוגי רקמות ו-100+ מינים כולל אדם, עכבר, יונק, דגים וצמחים.
●עדכון בזמן אמת על כל הפרויקט: עם שליטה מלאה בהתקדמות הניסוי.
●ביואינפורמטיקה סטנדרטית מקיפה:החבילה כוללת 29 ניתוחים ו-100+ דמויות באיכות גבוהה.
●ניתוח נתונים והדמיה מותאמים אישית: זמין עבור בקשות מחקר שונות.
●ניתוח משותף אופציונלי עם רצף mRNA חד-תא
מפרטים
| דרישות לדוגמא | סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| דגימות קריו מוטבעות ב-OCT, דגימות FFPE (קוטר אופטימלי: כ-6x6x6 מ"מ) 3 בלוקים לדוגמא | ספריית cDNA של 10X Visium | Illumina PE150 | קריאות 50K PE לכל נקודה (60Gb) | RIN>7 |
לפרטים נוספים על הדרכה לדוגמא וזרימת עבודה של שירות, אל תהסס לדבר עם אמומחה BMKGENE
זרימת עבודה של שירות
בשלב הכנת הדגימה, מבוצע ניסוי מיצוי RNA בתפזורת ראשונית כדי להבטיח שניתן להשיג RNA באיכות גבוהה.בשלב אופטימיזציית הרקמות החתכים מוכתמים ומומחזים ותנאי החדירה לשחרור mRNA מהרקמה עוברים אופטימיזציה.לאחר מכן, הפרוטוקול האופטימלי מיושם במהלך בניית הספרייה, ואחריו רצף וניתוח נתונים.
זרימת העבודה המלאה של השירות כוללת עדכונים בזמן אמת ואישורי לקוחות כדי לשמור על לולאת משוב תגובה, המבטיחה ביצוע חלק של הפרויקט.
כולל את הניתוח הבא:
בקרת איכות נתונים:
o פלט נתונים ופיזור ציוני איכות
o זיהוי גנים לכל נקודה
o כיסוי רקמות
ניתוח מדגם פנימי:
o עושר גנים
o צבירת נקודות, כולל ניתוח מימדים מופחת
o ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בין אשכולות: זיהוי גני סמן
o ביאור פונקציונלי והעשרה של גנים סמנים
ניתוח בין קבוצות
o שילוב מחדש של כתמים משתי הדגימות (למשל חולים ובקרה) ומקבץ מחדש
o זיהוי גני סמן לכל אשכול
o ביאור פונקציונלי והעשרה של גנים סמנים
o ביטוי דיפרנציאלי של אותו אשכול בין קבוצות
ניתוח מדגם פנימי
מקבץ נקודות
זיהוי גני סמן ופיזור מרחבי
ניתוח בין קבוצות
שילוב נתונים משתי הקבוצות ומקבץ מחדש
סמן גנים של אשכולות חדשים
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירות התעתיק המרחבי של BMKGene על ידי 10X Visium בפרסומים המוצגים הבאים:
חן, ד' ועוד.(2023) 'mthl1, הומלוג פוטנציאלי של תסיסנית של GPCRs הידבקות יונקים, מעורב בתגובות אנטי-גידוליות לתאים אונקוגניים שהוזרקו בזבובים', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
חן, י' ועוד.(2023) 'פלדה מאפשרת תיחום ברזולוציה גבוהה של נתונים טראנסקריפטומיים מרחבי-זמניים', Briefings in Bioinformatics, 24(2), עמ' 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'אטלס מרחבי-זמני של אורגנוגנזה בפיתוח פרחי סחלב', Nucleic Acids Research, 50(17), עמ' 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'שילוב תעתיק מרחבי ורצף RNA חד-גרעיני חושף את האסטרטגיות הטיפוליות הפוטנציאליות לליאומיומה של הרחם', International Journal of Biological Sciences, 19(8), עמ' 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
