10x גנומיקה ויזיום טרנסקריפטום מרחבי
תוכנית טכנית
תכונות
● רזולוציה: 100 מיקרומטר
● קוטר נקודה: 55 מיקרומטר
● מספר מקומות: 4992
● שטח לכידה: 6.5 x 6.5 מ"מ
● כל נקודה עם ברקוד טעונה בפריימרים המורכבים מ-4 חלקים:
זנב פולי(dT) לצורך תחילה של mRNA וסינתזת cDNA
- מזהה מולקולרי ייחודי (UMI) לתיקון הטיה בהגברה
- ברקוד מרחבי
- רצף קשירה של פריימר ריצוף קריאה חלקית 1
● צביעת H&E של חתכים
יתרונות
●שירות אחד-עצירהמשלב את כל השלבים מבוססי הניסיון והמיומנות, כולל חיתוך קריוגני, צביעה, אופטימיזציה של רקמות, קידוד בר מרחבי, הכנת ספרייה, ריצוף וביואינפורמטיקה.
● צוות טכני מיומן ביותרעם ניסיון ביותר מ-250 סוגי רקמות ומעל 100 מינים, כולל בני אדם, עכברים, יונקים, דגים וצמחים.
●עדכון בזמן אמת על כל הפרויקטעם שליטה מלאה על התקדמות הניסוי.
●ביואינפורמטיקה סטנדרטית מקיפה:החבילה כוללת 29 ניתוחים ומעל 100 נתונים באיכות גבוהה.
●ניתוח נתונים ויזואליזציה מותאמים אישיתזמין עבור בקשות מחקר שונות.
●ניתוח מפרקים אופציונלי עם ריצוף mRNA של תא בודד
מפרט טכני
| דרישות לדוגמה | סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| דגימות קריוגניות משובצות ב-OCT (קוטר אופטימלי: כ-6x6x6 מ"מ) 2 בלוקים לכל דגימה | ספריית cDNA של Visium 10X | אילומינה PE150 | 50 אלף קריאות PE לכל נקודה (60 ג'יגה-בייט) | RIN > 7 |
לפרטים נוספים על הנחיות להכנת דגימות וזרימת עבודה של השירות, אל תהססו לדבר עםמומחה BMKGENE
זרימת עבודה של שירות
בשלב הכנת הדגימה, מתבצע ניסוי ראשוני של מיצוי RNA בכמות גדולה כדי להבטיח שניתן יהיה להשיג RNA באיכות גבוהה. בשלב אופטימיזציית הרקמות, החתכים נצבעים ומוצגים באופן ויזואלי, ותנאי החדירות לשחרור mRNA מהרקמה ממוטבים. הפרוטוקול הממוטב מיושם לאחר מכן במהלך בניית הספרייה, ולאחר מכן מתבצע ריצוף וניתוח נתונים.
תהליך העבודה המלא של השירות כולל עדכונים בזמן אמת ואישורי לקוח כדי לשמור על לולאת משוב מהירה, ולהבטיח ביצוע חלק של הפרויקט.
כולל את הניתוח הבא:
בקרת איכות נתונים:
פלט נתונים וחלוקת ציוני איכות
o זיהוי גנים לכל נקודה
כיסוי רקמות
ניתוח מדגם פנימי:
עושר גנים
o אשכולות נקודתיים, כולל ניתוח ממדים מצומצמים
o ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בין אשכולות: זיהוי גני סמן
o ביאור פונקציונלי והעשרה של גני סמן
ניתוח בין-קבוצתי
o שילוב מחדש של נקודות משתי הדגימות (למשל, חולה וקבוצת ביקורת) ואיחוד מחדש של אשכולות
o זיהוי גני סמן עבור כל אשכול
o ביאור פונקציונלי והעשרה של גני סמן
ביטוי דיפרנציאלי של אותו אשכול בין קבוצות
ניתוח מדגם פנימי
קיבוץ נקודות
זיהוי גנים של סמנים ופיזור מרחבי
ניתוח בין-קבוצתי
שילוב נתונים משתי הקבוצות ומקבץ מחדש
גנים סמנים של אשכולות חדשים
גלו את ההתקדמות שמאפשר שירות הטרנסקריפטומיקה המרחבית של BMKGene על ידי 10X Visium בפרסומים המומלצים הבאים:
צ'ן, ד. ואחרים (2023) 'mthl1, הומולוג פוטנציאלי של דרוזופילה של GPCRs הידבקות ביונקים, מעורב בתגובות אנטי-גידוליות לתאים אונקוגניים שהוזרקו בזבובים',דיוני האקדמיה הלאומית למדעים של ארצות הברית של אמריקה, 120(30), עמ' e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
צ'ן, י' ואחרים (2023) 'STEEL מאפשר תיחום ברזולוציה גבוהה של נתונים טרנסקריפטומיים מרחביים-זמניים',תדריכים בביואינפורמטיקה, 24(2), עמ' 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
ליו, צ' ואחרים (2022) 'אטלס מרחבי-זמני של אורגנוגנזה בהתפתחות פרחי סחלב',מחקר חומצות גרעין, 50(17), עמ' 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
וואנג, ג'. ואחרים (2023) 'שילוב טרנסקריפטומיקה מרחבית וריצוף RNA של גרעין יחיד חושף את האסטרטגיות הטיפוליות הפוטנציאליות עבור ליומיומה של הרחם',כתב העת הבינלאומי למדעי הביולוגיה, יט(8), עמ' 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
