מבחן לכרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ריצוף תפוקה גבוהה (ATAC-seq)
תכונות השירות
● השירות דורש דגימות רקמה, במקום חומצות גרעין המופקות, כדי לשמר את האינטראקציות בין DNA לחלבון.
● שיטת ATAC כוללת פירוק רקמות, ולאחר מכן בידוד גרעינים, טיפול וטיהור Tn5, הגברת PCR, בחירת גודל וריצוף.
● ריצוף ב-Illumina NovaSeq
יתרונות השירות
●רגישות גבוהה:כמות תאי התחלה נמוכה מספיקה להכנת ספרייה וריצוף.
●טכניקה אינפורמטיבית מאודחושף בו זמנית את המיקומים הגנומיים של כרומטין פתוח ואלמנטים רגולטוריים פעילים כגון אתרי קישור לגורמי שעתוק.
●שחזור ניסיוני טובשכפולים טכניים מראים חזרתיות מצוינת.
●מומחיות נרחבתעם מאות פרויקטים של ריצוף ATAC שהושלמו בהצלחה, BMKGENE מביאה עמה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מעולה לאחר המכירה.
●אפשרות להצטרף לניתוח טרנסקריפטומיקה: מאפשר ניתוח משולב של ATAC seq עם נתוני אומיקס אחרים כגון RNA-seq.
● ניתוח ביואינפורמטי מקיף: מאפשר לא רק זיהוי של האזורים הפתוחים של הכרומטין והפונקציונליות המתאימה להם (פרומוטרים, UTs, אקסונים, אינטרונים), אלא גם ניתוח של הבדלים בין אזורים פתוחים בכרומטין בין דגימות שונות.
מפרט השירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ATAC-seq | אילומינה PE150 | > 20 מיליון קריאות בהתאם לגודל הגנום (אנושי: 50 מיליון קריאות) | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה
סוג הדגימות: רקמות, תאים חיים או קפואים, דם
● מספר סלולרי: ≥ 106תאים
● משקל רקמה: ≥ 200 מ"ג רקמה טרייה
● דם: ≥ 4 מ"ל
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי DNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים;
● קריאת שיא המבוססת על מיפוי לגנום הייחוס;
● אנוטציה של גנים על מיקום שיא;
● ניתוח מוטיבים: זיהוי אתרי קישור לגורמי שעתוק (TFBS);
● ניתוח שיא דיפרנציאלי וביאור.
1. מפת חום ב-ATAC קוראת התפלגות ב-TSS ובאזורים סמוכים (±3 kb)
2. פיזור אזור הכרומטין הפתוח ברכיבי גנום שונים
3. קריאות שיא דיפרנציאליות בין קבוצות
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף ATAC של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
פו, א.ואחרים(2023) 'הרכבת גנום מטלומרים לטלומרים של מלון מר (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) חושפת התפתחות, הרכב ומאפיינים גנטיים של הבשלת הפרי',מחקר גננות, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
גונג, ב.ואחרים(2023) 'הפעלה אפיגנטית ותעתוקית של הקינאז הפרשי FAM20C כאונקוגן בגליומה',כתב העת לגנטיקה וגנומיקה, 50(6), עמ' 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
הוא, י.ואחרים(2023) 'בוטיראט הופך עמידות לפרופטוזיס בסרטן המעי הגס על ידי גרימת דיכוי xCT תלוי c-Fos',ביולוגיה של חמצון-חיזור, 65, עמ' 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
