אספת הגנום החיידקי דה נובו
אנו מספקים שירות הרכבת גנום חיידקי מלא, המבטיח 0 פערים. זה אפשרי על ידי שילוב טכנולוגיות ריצוף קריאה ארוכה, כגון Nanopore ו-PacBio להרכבה וריצוף קריאה קצרה עם Illumina לאימות הרכבה ותיקון שגיאות של קריאות ONT. השירות שלנו מספק את תהליך העבודה הביואינפורמטי המלא, החל מהרכבה, ביאור פונקציונלי וניתוח ביואינפורמטי מתקדם, תוך עמידה ביעדי מחקר ספציפיים. שירות זה מאפשר פיתוח של גנומים מדויקים להתייחסות למחקרים גנטיים וגנומיים שונים. בנוסף, הוא מהווה את הבסיס ליישומים כגון אופטימיזציית זנים, הנדסה גנטית ופיתוח טכנולוגיה מיקרוביאלית, ומבטיח נתונים גנומיים אמינים וללא פערים החיוניים לקידום תובנות מדעיות וחדשנות ביוטכנולוגית.
תכונות השירות
● עם שתי אפשרויות אפשריות לבחירה בהתאם למידת שלמות הגנום הרצויה.
● אפשרות טיוטת גנום: ריצוף קצר קריאה עם Illumina NovaSeq PE150.
● גנום שלם ללא פער 0.
● ריצוף ארוך טווח על גבי Nanopore PromethION 48 או PacBio Revio להרכבת הגנום.
● ריצוף קצר-קריאה ב-Illumina NovaSeq לצורך אימות גנום ותיקון שגיאות (Nanopore) או ליצירת טיוטת גנום.
יתרונות השירות
●גנום ללא פערים מובטחזאת בשל שילוב של ריצוף Illumina עם ריצוף Long Read (Nanopore או PacBio).
●תהליך עבודה מלא של ביואינפורמטיקה:זה כולל הרכבת גנום וחיזוי של אלמנטים גנומיים מרובים, ביאור גנים פונקציונליים והדמיות גנום כגון עלילת Circos.
●מומחיות נרחבתעם למעלה מ-20,000 גנומים מיקרוביאליים שנאספו, BMKGENE מביאה עמה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מעולה לאחר המכירה.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
●אסטרטגיות ריצוף מרובות זמינות:עבור מטרות מחקר שונות ודרישות שלמות הגנום.
מפרט השירות
| שֵׁרוּת | אסטרטגיית ריצוף |
| טיוטת גנום | אילומינה PE150 100x |
| 0 גנום פער | ננופור 100x + אילומינה PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (אופציונלי) |
דרישות לדוגמה:
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | נפח (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ננופור | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| אילומינה | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· חיידקים: ≥3.5x1010 תאים
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתוני ריצוף
● הרכבת הגנום
● ניתוח רכיבי גנום: ניבוי של CDS ואלמנטים גנומיים מרובים
● ביאור פונקציונלי עם מספר מסדי נתונים כלליים (GO, KEGG וכו') ומסדי נתונים מתקדמים (CARD, VFDB וכו')
● ויזואליזציה של גנום
אנו מספקים את הגנום בפורמט FASTA נגיש בקלות ואת קובץ ביאור הגנום (gff).
ביאור גנים – GO
ביאור גנים - פחמימות קאזי
ויזואליזציה של גנום – עלילת סירקוס
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי הרכבת הגנום החיידקי של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
דאי, וו. ואחרים (2023) 'גילוי Bacteroides uniformis F18-22 כחיידק פרוביוטי בטוח וחדשני לטיפול בקוליטיס כיבית במעי הגס האנושי הבריא',כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 24(19), עמ' 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'בידודי Proteus mirabilis עמידים לתרופות מרובות הנושאים blaOXA-1 ו-blaNDM-1 מחיות בר בסין: סיכון מוגבר לבריאות הציבור',זואולוגיה אינטגרטיבית, 16(6), עמ' 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT ואחרים (2017) 'רצף גנום מלא של האנדופיט Bacillus flexus KLBMP 4941 חושף את מנגנון קידום צמיחת הצמח ואת הבסיס הגנטי לסבילות למלח',כתב העת לביוטכנולוגיה, 260, עמ' 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'פלסמידים עמידים לרפליקונים מרובים של קלבסיאלה מתווכים הפצה נרחבת של גנים אנטי-מיקרוביאליים',גבולות במיקרוביולוגיה, 12, עמ'. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
