ריצוף CircRNA - Illumina
תכונות
● דלדול rRNA ולאחר מכן הכנת ספרייה כיוונית, המאפשרת נתוני ריצוף ספציפיים לגדיל.
● תהליך עבודה ביואינפורמטי מאפשר חיזוי וכימות ביטוי של circRNA.
יתרונות השירות
●מומחיות נרחבתעיבדנו למעלה מ-20,000 דגימות, המשתרעות על פני סוגי דגימות מגוונים, ואנו מביאים את שפע המומחיות שלנו לכל פרויקט.
●בקרת איכות קפדניתאנו מיישמים נקודות בקרה מרכזיות בכל השלבים, החל מהכנת דגימות ועד להכנת ספרייה, ריצוף וביואינפורמטיקה. הניטור הקפדני שלנו מבטיח אספקת תוצאות באיכות גבוהה באופן עקבי.
●ספריות RNA מקיפות יותר:אנו משתמשים בדלדול rRNA במקום דלדול RNA ליניארי בהכנה טרום-ספרייתית שלנו, כדי להבטיח שנתוני הריצוף יכללו לא רק circRNA אלא גם mRNA ו-lncRNA, מה שמאפשר ניתוח משותף של מערכי נתונים אלה.
●ניתוח אופציונלי של רשתות RNA אנדוגני תחרותי (ceRNA)מתן תובנות מעמיקות יותר לגבי מנגנוני בקרה תאיים.
● תמיכה לאחר המכירהאנו מבינים עד כמה חשוב להיות נוכחים, ולכן המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | פּלַטפוֹרמָה | נתונים מומלצים | בקרת איכות נתונים |
| ספרייה כיוונית מדוללת של rRNA | אילומינה PE150 | 16-20 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
● צמחים:
שורש, גבעול או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פרי: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעיים: 450 מ"ג
קרביים או מוח: 240 מ"ג
שריר: 600 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1.5 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 9 גרם
סרטנאים: 450 מ"ג
● דם מלא:2 צינורות
● תאים: 106 תאים
● סרום ופלזמה6 מ"ל
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל, RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי RNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
- בקרת איכות נתונים
- יישור גנום
- זיהוי CircRNA
- ביטוי CircRNA
- ניתוח ביטוי דיפרנציאלי
ניבוי circRNA: התפלגות כרומוזומלית
circRNAs בעלי ביטוי דיפרנציאלי - תרשים געשי
circRNAs בעלי ביטוי דיפרנציאלי - אשכול היררכי
העשרה פונקציונלית של גנים מארחים של circRNA
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף circRNA של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 מווסת את היווצרות ה-circRNA והשתקת גנים בתיווך microRNA בקרצינומה הפטוצלולרית',אונקוגן2021 40:25, 40(25), עמ' 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'טרנסקריפטום מגיב ל-X oo חושף את תפקידו של ה-RNA133 המעגלי בעמידות למחלות על ידי ויסות הביטוי של OsARAB באורז',מחקר פיטופתולוגיה, 5(1), עמ' 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 מווסת את האיזון בין תעתיקים מעגליים וליניאריים בקרצינומה הפטוצלולרית'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
ג'אנג, י. ואחרים (2023) 'הערכה מקיפה של circRNAs בקרדיומיופתיה שחמתית לפני ואחרי השתלת כבד',אימונופארמקולוגיה בינלאומית, 114, עמ'. 109495. דוי: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
