גנומיקה השוואתית
יתרונות השירות
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומיםעם הצטברות הנתונים, BMKGene השלימה למעלה מ-90 פרויקטים גנומיים השוואתיים, עם גורם השפעה מצטבר שהגיע ל-900.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיףחבילת הניתוחים מכילה את שמונה הניתוחים הנפוצים ביותר, ומספקת נתונים מעוצבים היטב ומוכנים לפרסום ומאפשרת פרשנות קלה של התוצאות.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומן ביותר ומחזור ניתוח קצרעם ניסיון רב בניתוח גנומיקה השוואתית, צוות BMKGene ממלא דרישות ניתוח מותאמות אישית מגוונות בזמן אספקה קצר.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו חורגת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
מפרט השירות
| זמן אספקה משוער | מספר מינים | ניתוחים |
| 30 ימי עבודה | 6 - 12 | קיבוץ משפחת גנים התרחבות והתכווצות של משפחת הגנים בניית עץ פילוגנטי הערכת זמן סטייה (נדרש כיול מאובנים) זמן הכנסת LTR (לצמחים) שכפול גנום שלם (עבור צמחים) לחץ סלקטיבי ניתוח סינתני |
ניתוחי ביואינפורמטיקה
● משפחת הגנים
● פילוגנטיקה
● זמן סטייה
● לחץ סלקטיבי
● ניתוח סינתני
דרישות לדוגמה ומשלוח
דרישות לדוגמה:
רקמה או DNA לצורך ריצוף והרכבת גנום
לרקמות
| מִין | רִקמָה | סֶקֶר | PacBio CCS |
| חַיָה | רקמה ויסצרלית | 0.5 ~ 1 גרם | ≥ 3.5 גרם |
| רקמת שריר | |||
| ≥ 5.0 גרם | |||
| ≥ 5.0 מ"ל | |||
| דם יונקים | |||
| ≥ 0.5 מ"ל | |||
| דם עופות/דגים | |||
| לִשְׁתוֹל | עלה טרי | 1 ~ 2 גרם | ≥ 5.0 גרם |
| עלה כותרת/גבעול | 1 ~ 2 גרם | ≥ 10.0 גרם | |
| שורש/זרע | 1 ~ 2 גרם | ≥ 20.0 גרם | |
| תאים | תא בתרבית | - | ≥ 1 x 108 |
נְתוּנִים
קבצי רצף גנום (.fasta) וקבצי ביאור (.gff3) של מינים קרובים
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו על ידי Biomarker Technologies
1. הערכת זמן החדרת LTR: האיור הראה התפלגות בימודלית ייחודית בזמני החדרת LTR-RT בגנום שיפון ויינינג, בהשוואה למינים אחרים. השיא האחרון הופיע לפני כ-0.5 מיליון שנה.
לי גואנג ואחרים,גנטיקה של הטבע, 2021
2. ניתוח פילוגניה ומשפחת גנים על צ'איוטה (Sechium edule): על ידי ניתוח הצ'איוטה ו-13 המינים האחרים הקשורים במשפחת הגנים, נמצא כי הצ'איוטה קשורה באופן הדוק ביותר לדלעת נחש (Trichosanthes anguina). הצ'איוטה נגזר מדלעת נחשים לפני כ-27-45 מיליון שנה, ושכפול גנום שלם (WGD) נצפתה בצ'איוטה לפני 25±4 מיליון שנה, וזהו אירוע ה-WGD השלישי במשפחת הקקאויים.
פו א ואחרים,מחקר גננות, 2021
3. ניתוח סינתני: מספר גנים הקשורים לפיטוהורמונים בהתפתחות הפרי נמצאו בצ'איוטה, דלעת נחש ודלעת. המתאם בין צ'איוטה לדלעת גבוה מעט מזה שבין צ'איוטה לדלעת נחש.
פו א ואחרים,מחקר גננות, 2021
4. ניתוח משפחות גנים: העשרת KEGG על התרחבות והתכווצות משפחות גנים בגנומים של G.thurberi ו-G.davidsonii הראתה כי גנים הקשורים לביוסינתזה של סטרואידים ולביוסינתזה של ברסינוסטרואידים הורחבו.
יאנג ז ואחרים,ביולוגיה של BMC, 2021
5. ניתוח שכפול גנום שלם: ניתוח התפלגות 4DTV ו-Ks הראה אירוע שכפול גנום שלם. שיאים של מינים תוך-מיניים הראו אירועי שכפול. שיאים של מינים בין-מינים הראו אירועי התמיינות. הניתוח הצביע על כך שבהשוואה לשלושת המינים האחרים הקרובים, O. europaea עברה שכפול גנים בקנה מידה גדול לאחרונה.
ראו ג' ואחרים,מחקר גננות, 2021
מקרה BMK
ורד ללא קוצים: תובנות גנומיות הקשורות להסתגלות ללחות
פורסם: סקירת המדע הלאומית, 2021
אסטרטגיית ריצוף:
באסיה'סחסר קוצים' (ר.ויצ'ורינן) גנום:
כ-93 יחידות PacBio + כ-90 יחידות Nanopore + 267 יחידות Illumina
תוצאות מפתח
1. גנום R.wichuraiana איכותי נבנה באמצעות טכניקות ריצוף קריאה ארוכה, שהניבו מכלול של 530.07 מגה-בייט (גודל הגנום המשוער היה כ-525.9 מגה-בייט על ידי ציטומטריית זרימה ו-525.5 על ידי סקר גנום; ההטרוזיגוטיות הייתה כ-1.03%). ציון BUSCO המשוער היה 93.9%. בהשוואה ל-"Old blush" (haploOB), האיכות והשלמות של גנום זה אושרו על ידי דיוק בסיס יחיד ומדד מכלול LTR (LAI=20.03). גנום R.wichuraiana מכיל 32,674 גנים המקודדים לחלבונים.
2. ניתוח משותף רב-אומי, הכולל גנומיקה השוואתית, טרנסקריפטומיקה וניתוח QTL של האוכלוסייה הגנטית, חשף את ההתמיינות המכרעת בין R. wichuraiana ל-Rosa chinensis. כמו כן, וריאציות ביטוי של גנים קשורים ב-QTL היו קשורות ככל הנראה לדפוסי קוצים בגזע.
ניתוח גנומי השוואתי בין זני Basye's Thornless ו-Rosa chinensis, כולל ניתוח סינטני, אשכול משפחת גנים, ניתוח התרחבות והתכווצות, גילה מספר רב של וריאציות הקשורות לתכונות מכריעות בוורדים. ההתרחבות הייחודית במשפחת הגנים NAC ו-FAR1/FRS הייתה קשורה ככל הנראה לעמידות לנקודה שחורה.
ניתוח גנומי השוואתי בין גנומים של BT ו-haploOB.
ג'ונג, מ., ואחרים. "ורד ללא קוצים: תובנות גנומיות הקשורות להסתגלות ללחות"סקירת המדע הלאומית, 2021;, nwab092.
