גנומיקה השוואתית
יתרונות השירות
● חבילת ניתוחים מקיפה, המכילה את שמונת הניתוחים הנפוצים ביותר
● אמינות גבוהה בניתוח עם פרשנות מפורטת וקל להבנה על התוצאות
● דמויות מוכנות לפרסום מעוצבות היטב
● צוות ביואינפורמטיקה מיומן במיוחד עונה על דרישות ניתוח מותאם אישית מגוונות
● זמן אחזור קצר יותר עם דיוק גבוה יותר בניתוח
● ניסיון עשיר עם למעלה מ-90 מקרים מוצלחים עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-900
מפרט שירות
| זמן אחזור משוער | מספר מינים | ניתוחים |
| 30 ימי עבודה | 6 - 12 | התקבצות משפחתית של גנים התרחבות והתכווצות משפחת ג'ין בניית עץ פילוגנטי הערכת זמן סטייה (נדרש כיול מאובנים) זמן החדרת LTR (עבור צמחים) שכפול גנום שלם (עבור צמחים) לחץ סלקטיבי ניתוח Synteny |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● משפחת גנים
● פילוגנטיקה
● זמן סטייה
● לחץ סלקטיבי
● ניתוח Synteny
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
רקמה או DNA עבור רצף גנום והרכבה
עבור רקמות
| מִין | רִקמָה | סֶקֶר | PacBio CCS |
| בעל חיים | רקמה קרביים | 0.5 ~ 1 גרם | ≥ 3.5 גרם |
| רקמת שריר | |||
| ≥ 5.0 גרם | |||
| ≥ 5.0 מ"ל | |||
| דם יונקים | |||
| ≥ 0.5 מ"ל | |||
| דם עופות/דגים | |||
| צמח | עלה טרי | 1 ~ 2 גרם | ≥ 5.0 גרם |
| עלה כותרת/גבעול | 1 ~ 2 גרם | ≥ 10.0 גרם | |
| שורש/זרע | 1 ~ 2 גרם | ≥ 20.0 גרם | |
| תאים | תא מתורבת | - | ≥ 1 x 108 |
נתונים
קבצי רצף הגנום (.fasta) וקבצי ביאור (.gff3) של מינים קרובים
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו עם Biomarker Technologies
הערכת זמן הוספה של 1.LTR: האיור הראה התפלגות בי-מודאלית ייחודית בזמני החדרת LTR-RTs בגנום שיפון וויינג, בהשוואה למינים אחרים.השיא האחרון הופיע לפני כ-0.5 מיליון שנה.
לי גואנג וחב',גנטיקה של הטבע, 2021
2. פילוגניה וניתוח משפחת גנים על צ'יוטה (Sechium edule): על ידי ניתוח צ'יוטה ו-13 המינים האחרים הקשורים במשפחת הגנים, נמצא שהצ'איוט קשור באופן הדוק ביותר לדלעת נחש (Trichosanthes anguina).Chayote שמקורו בדלעת נחש בסביבות 27-45 Mya ושכפול גנום שלם (WGD) נצפתה בצ'יוטה ב-25±4 Mya, שהוא אירוע ה-WGD השלישי ב-cucuibitaceae.
Fu A וחב',מחקר גננות, 2021
3.ניתוח סינטניות: כמה גנים הקשורים לפיטו-הורמונים בהתפתחות הפרי נמצאו בצ'יוטה, דלעת נחשים ודלעת.המתאם בין צ'יוטה לדלעת הוא מעט גבוה יותר מזה שבין צ'יוטה לדלעת נחש.
Fu A וחב',מחקר גננות, 2021
4. ניתוח משפחת גנים: העשרת KEGG על הרחבת והתכווצות משפחת הגנים בגנום G.thurberi ו-G.davidsonii הראתה כי ביו-סינתזה של סטרואידים וגנים הקשורים לביו-סינתזת brassinosteroid הורחבו.
יאנג ז וחב',ביולוגיה של BMC, 2021
5. ניתוח שכפול גנום שלם: ניתוח הפצת 4DTV ו-Ks הראה אירוע שכפול גנום שלם.פסגות של תוך-מין הראו אירועי שכפול.פסגות של בין-מינים הראו אירועי מין.הניתוח הצביע על כך שבהשוואה לשלושת המינים האחרים הקשורים זה לזה, O. europaea עבר לאחרונה שכפול גנים בקנה מידה גדול.
Rao G et al.,מחקר גננות, 2021
תיק BMK
ורד ללא עקצוץ: תובנות גנומיות הקשורות להסתגלות ללחות
יצא לאור: סקירת המדע הלאומי, 2021
אסטרטגיית רצף:
'של בייסיללא קוצים' (ר.ויצ'ורינן) גנום:
משוער.93 X PacBio + כ.90 X Nanopore + 267 X Illumina
תוצאות מפתח
1. גנום R.wichuraiana באיכות גבוהה נבנה באמצעות טכניקות רצף ארוכות קריאה, אשר מניבות מכלול של 530.07 Mb (גודל הגנום המשוער היה כ-525.9 Mb על ידי ציטומטריית זרימה ו-525.5 על ידי סקר גנום; הטרוזיגוסיות הייתה בסביבות 1.03%).הציון המוערך של BUSCO היה 93.9%.בהשוואה ל"סומק ישן" (haploOB), האיכות והשלמות של הגנום הזה אושרו על ידי דיוק בסיס יחיד ואינדקס הרכבה LTR (LAI=20.03).גנום R.wichuraiana מכיל 32,674 גנים מקודדי חלבון.
2. אנליזה משותפת רב-אומית, המורכבת מגנומיקה השוואתית, טרנסקריפטומיקה, ניתוח QTL של אוכלוסיה גנטית, גילתה את המאפיין המכריע בין R. wichuraiana ו-Rosa chinensis.כמו כן, סביר להניח שוריאציה של ביטוי של גנים קשורים ב-QTL קשורה לדפוס קצץ.
ניתוח גנומי השוואתי בין Thornless ו-Rosa chinensis של Basye, כולל ניתוח סינתני, אשכול משפחת גנים, ניתוח התרחבות והתכווצות, גילה מספר רב של וריאציות, הקשורות לתכונות חיוניות בשושנים.ההרחבה הייחודית במשפחת הגנים NAC ו-FAR1/FRS הייתה קשורה בסבירות גבוהה לעמידות לכתם שחור.
ניתוח גנומי השוואתי בין גנומים BT ו-haploOB.
Zhong, M., et al."ורד ללא עקצוץ: תובנות גנומיות הקשורות להסתגלות ללחות"סקירת המדע הלאומי, 2021;, nwab092.
