ריצוף mRNA באורך מלא - PacBio
תכונות
● סינתזת cDNA מ-mRNA של poly-A ולאחר מכן הכנת ספרייה
● ריצוף במצב CCS, יצירת קריאות HiFi
● ריצוף התמלילים באורך מלא
● הניתוח אינו מצריך גנום ייחוס; עם זאת, ניתן להשתמש בו
● ניתוח ביואינפורמטי מאפשר ניתוח של טרנסקריפטים של איזופורם lncRNA, איחוי גנים, פולי-אדנילציה ומבנה גנים
יתרונות השירות
●דיוק גבוהקריאות HiFi בדיוק של >99.9% (Q30), בהשוואה ל-NGS
● ניתוח שחבור חלופיריצוף של כל התעתיקים מאפשר זיהוי ואפיון של איזופורמים
●מומחיות נרחבתעם רקורד של השלמת למעלה מ-1100 פרויקטים מלאים של טרנסקריפטומים של PacBio ועיבוד של למעלה מ-2300 דגימות, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט.
●תמיכה לאחר המכירההמחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| ספריית CCS של mRNA מועשרת בפוליא | PacBio המשך II PacBio Revio | 20/40 ג'יגה-בייט 5/10 מיליון CCS | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
● צמחים:
שורש, גבעול או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פרי: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעיים: 300 מ"ג
קרביים או מוח: 240 מ"ג
שריר: 450 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 6 גרם
סרטנאים: 300 מ"ג
● דם מלאצינור אחד
● תאים: 106 תאים
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | עבור צמחים: RIN≥7.5; עבור בעלי חיים: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
משלוח דוגמיות מומלץ
מְכוֹלָה: צינור צנטריפוגה של 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי RNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● ניתוח פוליאדנילציה חלופי (APA)
● ניתוח תמליל היתוך
● ניתוח שחבור חלופי
● ניתוח BUSCO (Universal Single-Copy Orthologs) בהשוואה
● ניתוח תמלילים חדשני: ניבוי רצפי קידוד (CDS) וביאור פונקציונלי
● ניתוח lncRNA: ניבוי lncRNA ומטרות
● זיהוי מיקרו-לוויינים (SSR)
ניתוח BUSCO
ניתוח שחבור חלופי
ניתוח פוליאדנילציה חלופי (APA)
ביאור פונקציונלי של תמלילי רומן
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף mRNA באורך מלא של Nanopore של BMKGene בפרסום מומלץ זה.
Ma, Y. et al. (2023) 'ניתוח השוואתי של שיטות ריצוף RNA של PacBio ו-ONT לזיהוי ארס של Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), עמ' 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
צ'או, ק. ואחרים (2019) 'הדינמיקה ההתפתחותית של הטרנסקריפטום של גזע ה-Populus', כתב העת לביוטכנולוגיה של צמחים, 17(1), עמ' 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
דנג, ה. ואחרים (2022) 'שינויים דינמיים בתכולת חומצה אסקורבית במהלך התפתחות והבשלת פרי של אקטינידיה לטיפוליה (יבול פרי עשיר באסקורבט) והמנגנונים המולקולריים הנלווים', כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 23(10), עמ' 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
הואה, ש. ואחרים (2022) 'ניבוי יעיל של גנים של מסלול ביוסינתטי המעורבים בפוליפילינים ביו-אקטיביים בפוליפילה של פריז', ביולוגיה של תקשורת 2022 5:1, 5(1), עמ' 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ליו, מ. ואחרים (2023) 'ניתוח משולב של PacBio Iso-Seq ו-Illumina RNA-Seq של גנים של טרנסקריפטום Tuta absoluta (Meyrick) וציטוכרום P450', חרקים, 14(4), עמ' 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ואחרים (2019) 'סקר של מורכבות טרנסקריפטום באמצעות ניתוח בזמן אמת של מולקולה בודדת של PacBio בשילוב עם ריצוף RNA של Illumina להבנה טובה יותר של ביוסינתזה של חומצה ריצינולאית ב-Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), עמ' 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
