רצף DNA/RNA -PacBio Sequencer
מאפיינים
שני מצבי רצף ברצף PacBio: קריאה ארוכה מתמשכת (CLR) וקריאה קונצנזוס מעגלית (CCS)
| מצב רצף | גודל הספרייה | נתונים תיאורטייםתשואה (לתא) | בסיס יחידדיוק | יישומים |
| CLR | 20Kb, 30Kb וכו'. | 80 ג'יגה-בייט עד 130 ג'יגה-בייט | משוער.85% | דה נובו, שיחות SV וכו'. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 עד 40 ג'יגה-בתים/תא (המשך II) 70 עד 110 Gb/Cell (Revio) תלוי בדוגמאות | משוער.99% | דה נובו, שיחות SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
השוואה בין הביצועים והתכונות של Revio ו-Sequel II
| תנאים | מערכת המשך II | מערכת Revio | להגביר |
| צפיפות גבוהה יותר | 8 מיליון ZMWs | 25 מיליון ZMWs | 3x |
| שלבים עצמאיים | 1 | 4 | 4x |
| זמני ריצה קצרים יותר | 30 שעות | 24 שעות | 1.25x |
| 30X HiFi גנומים אנושיים לשנה | 88 | 1,300 | 1פי 5 בסך הכל |
יתרונות השירות
● מעל 8 שנות ניסיון בפלטפורמת רצף PacBio עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
● מצויד באופן מלא בפלטפורמות PacBio Sequencing העדכניות ביותר, Revio כדי להבטיח תפוקת רצף מספקת.
● זמן אספקה מהיר יותר, תפוקת נתונים גבוהה יותר ונתונים מדויקים יותר.
● תרמו במאות פרסומים מבוססי PacBio בעלי השפעה גבוהה.
דרישות לדוגמא
| סוג דגימה | כמות | ריכוז （Qubit®） | כרך | טוֹהַר | אחרים |
| DNA גנומי | תלוי בדרישת הנתונים | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； שיא ברור ב-260 ננומטר,ללא זיהומים | יש למדוד את הריכוז באמצעות Qubit ו-Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| סך הכל RNA | ≥1.2 מיקרוגרם | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；ללא זיהומים | ערך RIN ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
זרימת עבודה של שירות
הכנה לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
משלוח פרויקט
1. תשואת נתונים פנימית
נתונים שנוצרו מ-63 תאי CCS (מ-26 מינים)
| נתונים-PacBio-CCS-15 Kb | מְמוּצָע | מקסימום | מינימום | חֲצִיוֹן |
| תשואה - קריאות משנה (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| פולימראז N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| קריאות משנה N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| אורך ממוצע-פולימראז | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| אורך ממוצע-Subreads | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| אורך ממוצע-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
נתונים שנוצרו מ-16 תאי CLR (מ-76 מינים)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | מְמוּצָע | מקסימום | מינימום | חֲצִיוֹן |
| תשואה - קריאות משנה (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| פולימראז N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| קריאות משנה N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| אורך ממוצע-פולימראז | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| אורך ממוצע-Subreads | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. נתונים QC - הדגמהסטטיסטיקה על תשואת נתונים
| לִטעוֹם | ccs קורא מספר | סה"כ בסיסי עו"ס (בפ) | ccs Reads N50 (bp) | אורך ממוצע עו"ס (בפ) | ccs הקריאה הארוכה ביותר (bp) | קריאות משנה (bp) | שיעור עותקים (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
