ספריות מוכנות מראש של אילומינה
תכונות
●פלטפורמות:Illumina NovaSeq 6000 ו-NovaSeq X Plus
●מצבי ריצוף:PE150 ו-PE250
●בקרת איכות של ספריות לפני ריצוף
●בקרת איכות ומסירת נתוני ריצוף:מסירת דוח בקרת איכות ונתונים גולמיים בפורמט fastq לאחר פירוק וסינון קריאות Q30
יתרונות השירות
●גמישות שירותי ריצוף:הלקוח יכול לבחור לבצע רצף לפי נתיב, תא זרימה או לפי כמות הנתונים הנדרשת (רצף נתיבים חלקי).
●ניסיון רב בפלטפורמת ריצוף Illumina:עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
●מסירת דוח בקרת איכות של ריצוף:עם מדדי איכות, דיוק נתונים וביצועים כוללים של פרויקט הריצוף.
●תהליך ריצוף בוגר:עם זמן אספקה קצר.
●בקרת איכות קפדניתאנו מיישמים דרישות בקרת איכות מחמירות כדי להבטיח אספקת תוצאות באיכות גבוהה באופן עקבי.
פלטפורמות לדוגמה
| פּלַטפוֹרמָה | תא זרימה | מצב ריצוף | יְחִידָה | תפוקה משוערת |
| נובה-סיק X | 10B (8 נתיבים) | PE150 | נתיב יחיד נתיב חלקי | 375 ג'יגה-בייט / נתיב |
| 25B (8 נתיבים) | PE150 | נתיב יחיד נתיב חלקי | 1000 ג'יגה-בייט/נתיב | |
| נובהסיק 6000 | תא זרימה SP (2 נתיבים) | PE250 | תא זרימה נתיב יחיד נתיב חלקי | 325-400 מיליון קריאות / נתיב |
| תא זרימה S4 (4 נתיבים) | PE150 | תא זרימה נתיב יחיד נתיב חלקי | ~800 ג'יגה-בייט / נתיב |
דרישות לדוגמה
| כמות נתונים (ג'יגה-בייט) | ריכוז (qPCR) PE150 | ריכוז (qPCR) PE250 | כֶּרֶך | |
| נתיב חלקי
| G ≤ 10 | ≥ 1 ננומטר | ≥ 2nM | ≥ 25 מיקרוליטר |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 ננומטר | ≥ 3nM | ≥ 25 מיקרוליטר | |
| 50 < ג'י ≤ 100 | ≥ 3 ננומטר | ≥ 4nM | ≥ 25 מיקרוליטר | |
| גרם > 100 | ≥ 4 ננומטר | ≥ 4nM | ≥ 25 מיקרוליטר | |
| נתיב יחיד | לכל נתיב | ≥ 1.5 ננומטר/מאגר ספרייה | ≥ 2 ננומטר/מאגר ספרייה | ≥ 25 µL/מאגר ספרייה |
בנוסף לריכוז ולכמות הכוללת, נדרשת גם תבנית שיא מתאימה.
הערה: ריצוף נתיבים של ספריות גיוון נמוך דורש הוספת PhiX כדי להבטיח קריאת בסיס חזקה.
אנו ממליצים להגיש ספריות שנאספו מראש כדוגמאות עבור ריצוף נתיבים. אם אתם זקוקים ל-BMKGENE שיבצע איגום ספריות, אנא עיינו בדרישות הספרייה עבור ריצוף נתיבים חלקי.
גודל הספרייה (מפת שיא)
עבור ריצוף PE150, גודל התוספת צריך להיות 300-400 bp (לא כולל מתאמים); עבור ריצוף PE250, גודל התוספת צריך להיות 150-500 bp (לא כולל מתאמים).
לספריות צריכה להיות שיא ראשי יחיד, ללא זיהום מתאם וללא דימרים של פריימרים.
אנא צרו קשר אם הדגימות שלכם אינן עומדות בדרישות חומרי המוצא.
זרימת עבודה של שירות
בקרת איכות הספרייה
ריצוף
בקרת איכות נתונים
אספקת הפרויקט
דוח בקרת איכות של הספרייה
דוח על איכות הספרייה מסופק לפני הריצוף, הערכת כמות הספרייה והפיצול.
דוח בקרת איכות ריצוף
טבלה 1. סטטיסטיקה על נתוני ריצוף.
| מזהה דוגמה | BMKID | קריאות גולמיות | נתונים גולמיים (bp) | קריאות נקיות (%) | רבעון 20 (%) | רבעון 30 (%) | GC(%) |
| ג_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| ג_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
איור 1. התפלגות איכות לאורך הקריאות בכל דגימה
איור 2. התפלגות תוכן בסיסי
איור 3. התפלגות תוכן הקריאה בנתוני ריצוף
