רצף DNA/RNA - רצף ננופור
תכונות פרטי שירות
| פּלַטפוֹרמָה | גודל הספרייה | תשואת נתונים תיאורטית (לתא) | דיוק בסיס יחיד | יישומים |
| ננופור | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90GB/תא | 85-92% | שיחות SV, דה נובו, רצף באורך מלא, ISO-SEQ, ביאור גנים, איתור מתילציה של DNA |
יתרונות שירות
● ניסיון של למעלה מחמש שנים בפלטפורמת רצף פאצ'ביו עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
● BMKGENE הוא שותף רשמי של אוקספורד ננופור, עם אישור RNA/DNA של פלטפורמה כפולה.
● ישנם דגמי מיינסטרים של רצפים עם ציוד שלם ותפוקת רצף מספקת.
● בהתבסס על פלטפורמת Nanopore, יותר מעשרה מחקרי דנובו של בעלי חיים וצמחים פורסמו בכתבי עת ידועים בינלאומיים.
דרישות לדוגמא
| סוג לדוגמא | סְכוּם | ריכוז (qubit ®) | כֶּרֶך | טוֹהַר | אחרים |
| DNA גנומי | תלוי בדרישת הנתונים | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230≥1.5 ； שיא ברור ב 260 ננומטר ， אין מזהמים | יש למדוד את הריכוז על ידי qubit ו- qubit/nanopore ≤ 2 |
| סך הכל RNA | ≥1.2 מיקרוגרם | ≥100 מיקרוגרם/μL | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ； אין מזהמים | ערך RIN ≥7.5 |
זרימת עבודה של שירות
הכנת דגימה
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
משלוח פרויקט
הערכת איכות נתונים של מדגם ה- DNA
טבלה 1. נתונים סטטיסטיים על נתונים נקיים.
| BMKID | Rawseqnum | RAWSUMBASE | CleanSeqnum | CleanSumbase | Cleann50len | Cleann90len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | נקייה |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
הערכת איכות נתונים של מדגם RNA
טבלה 1. נתונים סטטיסטיים על נתונים נקיים.
| שם קובץ | לקוח | Readnum | Basenum | N50 | אורך מרושע | אורך מקסימום | Meanqscore |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
איור 1. קרא התפלגות אורך
איור 2. איור חלוקת ציון איכות של נתונים נקיים
איור 3. איור 3. חלוקת ציון אורך ואיכות של נתונים נקיים
