ריצוף DNA/RNA – מרפק ננופוריות
פרטי השירות מאפיינים
| פּלַטפוֹרמָה | גודל הספרייה | תפוקת נתונים תיאורטית (לכל תא) | דיוק בסיס יחיד | יישומים |
| ננופור | 8 קילו-בייט, 10 קילו-בייט, 20 קילו-בייט, אולטרה-ארוך, cDNA-PCR | 70-90 ג'יגה-בייט/סלולרי | 85-92% | קריאת SV, דה נובו, ריצוף באורך מלא, Iso-Seq, אנוטציה גנטית, זיהוי מתילציה של DNA |
יתרונות השירות
● ניסיון של למעלה מ-5 שנים בפלטפורמת ריצוף PacBio עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
● BMKGENE היא שותפה רשמית של Oxford Nanopore, עם הסמכת RNA/DNA כפולה.
● ישנם דגמים מרכזיים של סיקוונסרים עם ציוד מלא ותפוקת סיקוונס מספקת.
● בהתבסס על פלטפורמת Nanopore, יותר מ-10 מחקרים של Denovo על בעלי חיים וצמחים פורסמו בכתבי עת בעלי שם עולמי.
דרישות לדוגמה
| סוג הדגימה | סְכוּם | ריכוז (Qubit ®) | כֶּרֶך | טוֹהַר | אחרים |
| DNA גנומי | תלוי בדרישת הנתונים | ≥20 ננוגרם/מיקרוליטר | ≥15 מיקרוליטר | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; שיא ברור ב-260 ננומטר, ללא זיהומים | יש למדוד ריכוז באמצעות קיוביט וקיוביט/ננופור ≤ 2 |
| RNA כולל | ≥1.2 מיקרוגרם | ≥100 מיקרוגרם/מיקרוליטר | ≥15 מיקרוליטר | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5; ללא זיהומים | ערך RIN ≥7.5 |
זרימת עבודה של שירות
הכנת דגימה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
אספקת הפרויקט
הערכת איכות נתונים של דגימת DNA
טבלה 1. סטטיסטיקה על נתונים נקיים.
| BMKID | rawSeqNum | בסיס גולמי | cleanSeqNum | בסיס שלם | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
הערכת איכות נתונים של דגימת RNA
טבלה 1. סטטיסטיקה על נתונים נקיים.
| שם הקובץ | מזהה לקוח | מספר קריאה | מספר בסיס | N50 | אורך ממוצע | אורך מקסימלי | ממוצעQscore |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | שאלה 12 |
איור 1. התפלגות אורך הקריאה
איור 2. התפלגות ציוני האיכות של נתונים נקיים
איור 3. התפלגות אורך ואיכות של נתונים נקיים
