גנטיקה אבולוציונית
יתרונות השירות
טקאגי ואחרים,יומן הצמחים, 2013
●ניתוח ביואינפורמטי מקיף:מאפשר הערכה של גיוון גנטי, המשקפת את הפוטנציאל האבולוציוני של מינים, וחשיפת קשר פילוגנטי אמין בין מינים עם השפעה ממוזערת של אבולוציה מתכנסת ואבולוציה מקבילה.
●ניתוח מותאם אישית אופציונליכגון הערכת זמן ומהירות סטייה על סמך שינויים ברמת נוקלאוטידים וחומצות אמינו.
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומיםBMKGene צברה ניסיון רב בפרויקטים של גנטיקה אבולוציונית ואוכלוסיות במשך למעלה מ-15 שנה, הכולל אלפי מינים וכו', ותרמה ליותר מ-1000 פרויקטים ברמה גבוהה שפורסמו ב-Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal וכו'.
● צוות ביואינפורמטיקה מיומן ביותר ומחזור ניתוח קצרעם ניסיון רב בניתוח גנומי מתקדם, צוות BMKGene מספק ניתוחים מקיפים עם זמן אספקה מהיר.
● תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
מפרט ודרישות שירות
| סוג הריצוף | קנה מידה מומלץ של אוכלוסייה | אסטרטגיית ריצוף | דרישות נוקלאוטידים |
| ריצוף גנום שלם | ≥ 30 פרטים, עם ≥ 10 פרטים מכל תת-קבוצה
| פי 10 | ריכוז: ≥ 1 ננוגרם/µL סכום כולל ≥ 30 ננוגרם פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל |
| מקטע מוגבר של לוקוס ספציפי (SLAF) | עומק תג: פי 10 מספר תגיות: <400 מגה-בייט: מומלץ WGS <1 ג'יגה-בייט: 100 אלף תגים 1 ג'יגה-בייט >2 ג'יגה-בייט: 300 אלף תגים מקסימום 500 אלף תגים | ריכוז ≥ 5 ננוגרם/µL כמות כוללת ≥ 80 ננוגרם ג'ל אגרוז: ללא פירוק או זיהום מוגבלים
|
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
השירות כולל ניתוח מבנה האוכלוסייה (עץ פילוגנטי, PCA, תרשים ריבוד אוכלוסייה), גיוון אוכלוסייה ובחירת אוכלוסייה (חוסר שיווי משקל בקישוריות, בחירת סריקה סלקטיבית של אתרים מועילים). השירות יכול לכלול גם ניתוח מותאם אישית (למשל, זמן סטייה, זרימת גנים).
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו באמצעות BMKGENE
1. ניתוח אבולוציוני כולל בניית עץ פילוגנטי, מבנה אוכלוסייה ו-PCA המבוססים על וריאציות גנטיות.
עץ פילוגנטי מייצג קשרים טקסונומיים ואבולוציוניים בין מינים בעלי אב קדמון משותף.
PCA שואפת לדמיין קרבה בין תת-אוכלוסיות.
מבנה האוכלוסייה מראה את נוכחותה של תת-אוכלוסייה מובחנת גנטית מבחינת תדרי אללים.
צ'ן ואחרים,PNAS, 2020
2. סריקה סלקטיבית
סריקה סלקטיבית מתייחסת לתהליך שבו נבחר אתר יתרון ותדירות האתרים הניטרליים המקושרים מוגברת ותדירות האתרים הלא מקושרים יורדת, וכתוצאה מכך מופחתת האזור.
זיהוי כלל-גנומי על אזורי סריקה סלקטיביים מעובד על ידי חישוב האינדקס הגנטי של האוכלוסייה (π, Fst, D של טאג'ימה) של כל ה-SNPs בחלון הזזה (100 קילו-בייט) בשלב מסוים (10 קילו-בייט).
גיוון נוקלאוטידים (π)
טאג'ימה'ס די
מדד קיבוע (Fst)
וו ואחרים,צמח מולקולרי, 2018
3. זרימת גנים
וו ואחרים,צמח מולקולרי, 2018
4. היסטוריה דמוגרפית
ג'אנג ואחרים,אקולוגיה ואבולוציה של הטבע, 2021
5. זמן סטייה
ג'אנג ואחרים,אקולוגיה ואבולוציה של הטבע, 2021
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי הגנטיקה האבולוציונית של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה:
Hassanyar, AK ואחרים (2023) 'גילוי סמנים מולקולריים של SNP וגנים מועמדים הקשורים לעמידות לנגיף Sacbrood בזחלי Apis cerana cerana על ידי ריצוף מחדש של הגנום כולו',כתב עת בינלאומי למדעים מולקולריים, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
צ'אי, ג'. ואחרים (2022) 'גילוי סלמנדרה ענקית סינית פראית, טהורה גנטית, יוצר הזדמנויות חדשות לשימור',מחקר זואולוגי, 2022, כרך 43, גיליון 3, עמודים: 469-480, 43(3), עמ' 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
האן, מ. ואחרים (2022) 'דפוס פילוגיאוגרפי והיסטוריה של התפתחות אוכלוסייה של Elymus sibiricus L. הילידי ברמת צ'ינגהאי-טיבט',גבולות במדעי הצמח, 13, עמ' 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
וואנג, ג'. ואחרים (2022) 'תובנות גנומיות על התפתחות לונגן מהרכבת גנום ברמת הכרומוזום וגנומיקה של אוכלוסיות של לונגן',מחקר גננות, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
