ריצוף mRNA באורך מלא - ננופור
תכונות
● לכידת mRNA של poly-A ולאחר מכן סינתזת cDNA והכנת ספרייה
● ריצוף התמלילים באורך מלא
● ניתוח ביואינפורמטי המבוסס על יישור לגנום ייחוס
● ניתוח ביואינפורמטי כולל לא רק ביטוי ברמת הגן והאיזופורם, אלא גם ניתוח של lncRNA, איחוי גנים, פולי-אדנילציה ומבנה גנים
יתרונות השירות
●כימות הביטוי ברמת האיזופורםמאפשר ניתוח ביטוי מפורט ומדויק, וחשיפת שינוי שעשוי להיות מוסווה בעת ניתוח ביטוי הגן כולו
●דרישות נתונים מופחתות:בהשוואה לריצוף הדור הבא (NGS), ריצוף ננו-פוריות מציג דרישות נתונים נמוכות יותר, מה שמאפשר רמות שוות ערך של רוויה כימותית של ביטוי גנים עם נתונים קטנים יותר.
●דיוק גבוה יותר של כימות ביטויהן ברמת הגן והן ברמת האיזופורם
●זיהוי מידע טרנסקריפטומי נוסףפוליאדנילציה חלופית, גנים של היתוך ו-lcnRNA וגני המטרה שלהם
●מומחיות נרחבתהצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט, לאחר שהשלים למעלה מ-850 פרויקטים של טרנסקריפטום באורך מלא של Nanopore ועיבד למעלה מ-8,000 דגימות.
●תמיכה לאחר המכירההמחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| מועשר בפולי A | ננופור פרומת'יון 48 | 6/12 ג'יגה-בייט | ציון איכות ממוצע: Q10 |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | עבור צמחים: RIN≥7.0; עבור בעלי חיים: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
● צמחים:
שורש, גבעול או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פרי: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעיים: 300 מ"ג
קרביים או מוח: 240 מ"ג
שריר: 450 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 6 גרם
סרטנאים: 300 מ"ג
● דם מלאצינור אחד
● תאים: 106 תאים
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
נוקלאוטידים:
משלוח לדוגמה
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
זרימת עבודה של שירות
רִקמָה:
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי RNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
● עיבוד נתונים גולמיים
● זיהוי תמליל
● שחבור חלופי
● כימות ביטוי ברמת גן וברמת איזופורם
● ניתוח ביטוי דיפרנציאלי
● ביאור והעשרה של פונקציות (DEGs ו-DETs)
ניתוח שחבור חלופי
ניתוח פוליאדנילציה חלופי (APA)
חיזוי lncRNA
ביאור של גנים חדשים
קיבוץ של DETs
רשתות חלבון-חלבון ב-DEGs
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי ריצוף mRNA באורך מלא של Nanopore של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
גונג, ב' ואחרים (2023) 'הפעלה אפיגנטית ותעתוקית של הקינאז הפרשי FAM20C כאונקוגן בגליומה', כתב העת לגנטיקה וגנומיקה, 50(6), עמ' 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'ריצוף טרנסקריפטומים באורך מלא של לימפוציטים המגיבים ל-IFN-γ מגלה תגובה חיסונית מוטה ב-Th1 בדגי פלונדר (Paralichthys olivaceus)', אימונולוגיה של דגים ורכיכות, 134, עמ' 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'ניתוח השוואתי של שיטות ריצוף RNA של PacBio ו-ONT לזיהוי ארס של Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), עמ' 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
יו, ד. ואחרים (2023) 'ניתוח ננו-seq מגלה נטייה תפקודית שונה בין אקסוזומים ומיקרו-וסיקולות שמקורן ב-hUMSC', מחקר ותרפיה של תאי גזע, 14(1), עמ' 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
