-
רצף הגנום של צמח/חיה De novo
דה נובוריצוף מתייחס לבניית הגנום המלא של המין באמצעות טכנולוגיות ריצוף, למשל PacBio, Nanopore, NGS וכו', בהיעדר גנום ייחוס.השיפור המדהים באורך הקריאה של טכנולוגיות הדור השלישי של רצף הביא הזדמנויות חדשות בהרכבת גנומים מורכבים, כגון אלה עם הטרוזיגוטיות גבוהה, יחס גבוה של אזורים חוזרים, פוליפלואידים וכו'. עם אורך קריאה ברמת עשרות קילו-בסיסים, קריאות רצף אלו מאפשרות פתרון של אלמנטים חוזרים, אזורים עם תוכן GC חריג ואזורים מורכבים אחרים.
פלטפורמה: PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
מכלול גנום מבוסס Hi-C
Hi-C היא שיטה המיועדת ללכוד תצורת כרומוזומים על ידי שילוב של אינטראקציות מבוססות קרבה גישושים ורצף תפוקה גבוהה.מאמינים כי עוצמת האינטראקציות הללו נמצאת בקורלציה שלילית עם המרחק הפיזי בכרומוזומים.לכן, נתוני Hi-C יכולים להנחות את הקיבוץ, הסדר והכיוון של רצפים מורכבים בגנום טיוטה ועיגון אלה על מספר מסוים של כרומוזומים.טכנולוגיה זו מעצימה מכלול גנום ברמת הכרומוזום בהיעדר מפה גנטית מבוססת אוכלוסייה.כל גנום בודד צריך Hi-C.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
גנטיקה אבולוציונית
גנטיקה אבולוציונית היא שירות רצף ארוז המיועד לספק פרשנות מקיפה על מידע אבולוציוני של חומרים נתונים בהתבסס על וריאציות גנטיות, כולל SNPs, InDels, SVs ו-CNVs.הוא מספק את כל הניתוחים הבסיסיים הנדרשים לתיאור שינויים אבולוציוניים ומאפיינים גנטיים של אוכלוסיות, כגון מבנה אוכלוסיה, מגוון גנטי, קשרי פילוגניה וכו'. הוא מכיל גם מחקרים על זרימת גנים, מה שמאפשר הערכה של גודל אוכלוסיה יעיל, זמן סטייה.
-
גנומיקה השוואתית
גנומיקה השוואתית פירושה, פשוטו כמשמעו, השוואת רצפי הגנום המלאים והמבנים של מינים שונים.דיסציפלינה זו שואפת לחשוף את התפתחות המינים, תפקוד גנים, מנגנון ויסות גנים ברמת הגנום על ידי זיהוי מבני הרצף והאלמנטים ששמרו או התמיינו בין מינים שונים.מחקר גנומי השוואתי טיפוסי כולל ניתוחים במשפחת הגנים, התפתחות אבולוציונית, שכפול גנום שלם, לחץ סלקטיבי וכו'.
-
ניתוח של Segregant בכמות גדולה
אנליזה מבודדת בתפזורת (BSA) היא טכניקה המשמשת לזיהוי מהיר של סמנים גנטיים הקשורים לפנוטיפ.זרימת העבודה העיקרית של BSA מכילה בחירת שתי קבוצות של פרטים עם פנוטיפים מנוגדים ביותר, איחוד ה-DNA של כל הפרטים ליצירת שני חלקים של DNA, זיהוי רצפים דיפרנציאליים בין שני מאגרים.טכניקה זו הופעלה רבות בזיהוי סמנים גנטיים הקשורים חזק על ידי גנים ממוקדים בגנום צמחי/חי.
