אינטראקציה של כרומטין מבוססת Hi-C
תכונות השירות
● ריצוף על גבי Illumina NovaSeq עם PE150.
● השירות דורש דגימות רקמה, במקום חומצות גרעין שחולצו, כדי ליצור קשר צולב עם פורמלדהיד ולשמר את האינטראקציות בין DNA לחלבון.
● ניסוי ה-Hi-C כולל ריסטריקציה ותיקון קצוות של הקצוות הדביקים באמצעות ביוטין, ולאחר מכן מעגליזציה של הקצוות הקהים המתקבלים תוך שמירה על האינטראקציות. לאחר מכן, ה-DNA נמשך למטה באמצעות חרוזי סטרפטבידין ומטוהר להכנת ספרייה לאחר מכן.
יתרונות השירות
●תכנון אופטימלי של אנזימי הגבלה: כדי להבטיח יעילות Hi-C גבוהה על מינים שונים עם עד 93% זוגות אינטראקציה תקפים.
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומים:ל-BMKGene ניסיון רב עם מעל 2000 פרויקטים של ריצוף Hi-C מ-800 מינים שונים ופטנטים שונים. מעל 100 מקרים שפורסמו עם גורם השפעה מצטבר של מעל 900.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומן ביותר:עם פטנטים פנימיים וזכויות יוצרים על תוכנה עבור ניסויי Hi-C וניתוח נתונים ותוכנת ויזואליזציה של נתונים שפותחה בעצמה.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו חורגת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
●ביאור מקיףאנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי לסמן פונקציונלית את הגנים עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, המספק תובנות על פרויקטים מחקריים מרובים.
מפרט השירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | פלט נתונים מומלץ | רזולוציית אות Hi-C |
| ספריית Hi-C | אילומינה PE150 | לולאת כרומטין: 150x TAD: פי 50 | לולאת כרומטין: 10Kb TAD: 40Kb |
דרישות שירות
| סוג הדגימה | סכום נדרש |
| רקמת בעלי חיים | ≥2 גרם |
| דם מלא | ≥2 מ"ל |
| פטריות | ≥1 גרם |
| רקמה צעירה של צמח | 1 גרם/חלקיק, מומלץ 2-4 חלקיקים |
| תאים בתרבית | ≥1x107 |
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים;
● מיפוי ובקרת איכות של ספריית Hi-C: זוגות אינטראקציה תקפים ומעריכי דעיכת אינטראקציה (IDEs);
● פרופיל אינטראקציה כלל-גנומי: ניתוח ציס/טרנס ומפת אינטראקציה Hi-C;
● ניתוח של התפלגות מדורי A/B;
● זיהוי של TADs ולולאות כרומטין;
● ניתוח דיפרנציאלי של אלמנטים תלת-ממדיים של כרומטין בין דגימות וביאור פונקציונלי מתאים של גנים קשורים.
התפלגות פרופורציות ציס וטרנס
מפת חום של אינטראקציות כרומוזומליות בין דגימות
התפלגות כלל-גנומית של מדורי A/B
התפלגות כלל-גנומית של לולאות כרומטין
ויזואליזציה של TADs
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף Hi-C של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
Meng, T. et al. (2021) 'ניתוח משולב השוואתי של מולטי-אומיקס מזהה CA2 כמטרה חדשה לכורדומה',נוירו-אונקולוגיה, 23(10), עמ' 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'אי-ארגון תלת-ממדי וסידור מחדש של הגנום מספקים תובנות לגבי הפתוגנזה של NAFLD על ידי ריצוף משולב של Hi-C, Nanopore ו-RNA',אקטה פארמצ'וטיקה סיניקה B, 11(10), עמ' 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
