Metagenomic Sequencing-Nanopore
יתרונות השירות
● הרכבה איכותית - שיפור הדיוק של זיהוי מינים וחיזוי גנים פונקציונליים
● בידוד גנום חיידקי סגור
● יישום חזק ואמין יותר בתחומים מגוונים, למשל זיהוי של מיקרואורגניזמים פתוגניים או גנים הקשורים לעמידות לאנטיביוטיקה
● ניתוח מטאנום השוואתי
מפרט שירות
| פּלַטפוֹרמָה | רצף | נתונים מומלצים | זמן אספקה |
| ננופור | ONT | 6 G/10 G | 65 ימי עבודה |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● הרכבת מטאנום
● ערכת גנים לא מיותרת וביאור
● ניתוח מגוון המינים
● ניתוח גיוון תפקוד גנטי
● ניתוח בין קבוצות
● ניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לתמציות DNA:
| סוג דגימה | כמות | ריכוז | טוֹהַר |
| תמציות DNA | 1-1.5 מיקרוגרם | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
לדגימות סביבתיות:
| סוג דגימה | הליך דגימה מומלץ |
| אדמה | כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה. |
| צוֹאָה | כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה. |
| תוכן מעיים | יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP. |
| רֶפֶשׁ | כמות דגימה: כ.5 גרם;לאסוף ולחלק דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה |
| גוף מים | עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי. |
| עור | גרד בזהירות את משטח העור עם מקלון צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי. |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. מפת חום: התקבצות עושר המינים
2. גנים פונקציונליים המובאים למסלולים מטבוליים של KEGG
3. רשת מתאם מינים
4. Circos של גנים עמידות לאנטיביוטיקה CARD
תיק BMK
Nanopore metagenomics מאפשרת אבחון קליני מהיר של זיהום חיידקי בדרכי הנשימה התחתונה
יצא לאור:טבע ביוטכנולוגיה, 2019
דגשים טכניים
רצף: Nanopore MinION
ביואינפורמטיקה מטאנומית קלינית: דלדול DNA מארח, ניתוח WIMP ו-ARMA
זיהוי מהיר: 6 שעות
רגישות גבוהה: 96.6%
תוצאות מפתח
בשנת 2006, זיהום בדרכי הנשימה התחתונה (LR) גרם 3 מיליון מוות אנושיים ברחבי העולם.השיטה האופיינית לזיהוי פתוגן LR1 היא טיפוח, שיש לו רגישות ירודה, זמן טיפול ארוך והוא חוסר הדרכה בטיפול אנטיביוטי מוקדם.אבחון מיקרוביאלי מהיר ומדויק הוא כבר זמן רב צורך דחוף.ד"ר ג'סטין מאוניברסיטת מזרח אנגליה ושותפיו פיתחו בהצלחה שיטה מטאגנומית מבוססת ננופור לזיהוי פתוגנים.על פי זרימת העבודה שלהם, 99.99% מה-DNA המארח יכול להתרוקן.ניתן לסיים את איתור פתוגנים וגנים עמידים לאנטיביוטיקה תוך 6 שעות.
התייחסות
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics מאפשרת אבחון קליני מהיר של זיהום חיידקי בדרכי הנשימה התחתונה.טבע ביוטכנולוגיה, 37(7), 1.
