Metagenomic Sequencing-Nanopore
יתרונות השירות
Øהרכבה איכותית - שיפור הדיוק של זיהוי מינים וחיזוי גנים פונקציונליים
Øבידוד גנום חיידקי סגור
Øיישום חזק ואמין יותר בתחומים מגוונים, למשל זיהוי של מיקרואורגניזמים פתוגניים או גנים הקשורים לעמידות לאנטיביוטיקה
Øניתוח מטאנומים השוואתי
מפרט שירות
| רצףפּלַטפוֹרמָה | סִפְרִיָה | תפוקת נתונים מומלצת | זמן אחזור משוער |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K תגיות | 30 ימים |
ניתוח ביואינפורמטיקה
üבקרת איכות נתונים גולמיים
üהרכבת מטאנום
üערכת גנים לא מיותרת וביאור
üניתוח מגוון המינים
üניתוח גיוון תפקוד גנטי
üניתוח בין קבוצות
üניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לתמציות DNA:
| סוג דגימה | כמות | ריכוז | טוֹהַר |
| תמציות DNA | ＞ 30 ננוגרם | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
לדגימות סביבתיות:
| סוג דגימה | הליך דגימה מומלץ |
| אדמה | כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה. |
| צוֹאָה | כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או קריוטוב להזמנה. |
| תוכן מעיים | יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP. |
| רֶפֶשׁ | כמות דגימה: כ.5 גרם;אספו וחלקו דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או קריוטוב להזמנה |
| גוף מים | עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי. |
| עור | גרד בזהירות את משטח העור עם צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי. |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. מפת חום: התקבצות עושר המינים
2. גנים פונקציונליים המובאים למסלולים מטבוליים של KEGG
3. רשת מתאם מינים
4. Circos של גנים עמידות לאנטיביוטיקה CARD
תיק BMK
Nanopore metagenomics מאפשרת אבחון קליני מהיר של זיהום חיידקי בדרכי הנשימה התחתונה
יצא לאור:טבע ביוטכנולוגיה, 2019
דגשים טכניים
רצף: Nanopore MinION
ביואינפורמטיקה של מטאנומיה קלינית: דלדול DNA מארח, ניתוח WIMP ו-ARMA
זיהוי מהיר: 6 שעות
רגישות גבוהה: 96.6%
תוצאות מפתח
בשנת 2006, זיהום בדרכי הנשימה התחתונה (LR) גרם ל-3 מיליון מוות אנושיים ברחבי העולם.השיטה האופיינית לזיהוי פתוגן LR1 היא טיפוח, שיש לו רגישות ירודה, זמן טיפול ארוך והוא חוסר הדרכה בטיפול אנטיביוטי מוקדם.אבחון מיקרוביאלי מהיר ומדויק הוא כבר זמן רב צורך דחוף.ד"ר ג'סטין מאוניברסיטת מזרח אנגליה ושותפיו פיתחו בהצלחה שיטה מטאגנומית מבוססת ננופור לזיהוי פתוגנים.על פי זרימת העבודה שלהם, 99.99% מה-DNA המארח יכול להתרוקן.ניתן לסיים את איתור פתוגנים וגנים עמידים לאנטיביוטיקה תוך 6 שעות.
התייחסות
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics מאפשרת אבחון קליני מהיר של זיהום חיידקי בדרכי הנשימה התחתונה.טבע ביוטכנולוגיה, 37(7), 1.
