תמיסת mRNA באורך מלא של PacBio 2+3
תכונות
● תכנון המחקר:
דגימה מקובצת ורוצפה באמצעות PacBio לזיהוי איזופורמים של תעתיק
דגימות נפרדות (חזרות ותנאים לבדיקה) עברו ריצוף עםNGS לכמת את ביטוי התעתיק
● ריצוף PacBio במצב CCS, יצירת קריאות HiFi
● ריצוף התמלילים באורך מלא
● ניתוח אינו מצריך גנום ייחוס; עם זאת, ניתן להשתמש בו
● ניתוח ביואינפורמטי כולל לא רק ביטוי ברמת הגן והאיזופורם, אלא גם ניתוח של lncRNA, איחוי גנים, פולי-אדנילציה ומבנה גנים
יתרונות
● דיוק גבוהקריאות HiFi בדיוק של >99.9% (Q30), בהשוואה ל-NGS
● ניתוח שחבור חלופיריצוף כל התעתיקים מאפשר זיהוי ואפיון איזופורמים.
● שילוב של נקודות החוזק של PacBio ו-NGSזה מאפשר כימות של ביטוי ברמת האיזופורם, וחושף שינוי שעשוי להיות מוסווה בעת ניתוח ביטוי הגן כולו.
● מומחיות נרחבתעיבדנו מעל 2300 דגימות, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט.
● תמיכה לאחר המכירההמחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| ספריית CCS של mRNA מועשרת בפוליא | PacBio המשך II PacBio Revio | 20/40 ג'יגה-בייט 5/10 מיליון CCS | Q30≥85% |
| מועשר בפולי A | אילומינה PE150 | 6-10 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
נוקלאוטידים
|
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ספריית אילומינה | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | עבור צמחים: RIN≥4.0; עבור בעלי חיים: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
| ספריית PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | צמחים: RIN≥7.5 בעלי חיים: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש:יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
כולל את הניתוח הבא:
- נתונים גולמיים
- בקרת איכות
- ניתוח פוליאדנילציה חלופי (APA)
- ניתוח תמליל היתוך
- ניתוח שחבור חלופי
- ניתוח BUSCO (Universal Single-Copy Orthologs) בהשוואה
- ניתוח תמלילים חדשני: ניבוי רצפי קידוד (CDS) וביאור פונקציונלי
- ניתוח lncRNA: ניבוי lncRNA ומטרות
- זיהוי מיקרו-לוויינים (SSR)
- ניתוח תמלילים מבוטאים באופן דיפרנציאלי (DETs)
- ניתוח גנים מבוטאים באופן דיפרנציאלי (DEGs)
- ביאור פונקציונלי של DEGs ו-DETs
ניתוח BUSCO
ניתוח שחבור חלופי
ניתוח פוליאדנילציה חלופי (APA)
גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי (DEGs) ותעתיקים (ניתוח DETs9)
רשתות אינטראקציה בין חלבונים של DETs ו-DEGs
גלו את ההתקדמות שאפשרה ריצוף mRNA באורך מלא PacBio 2+3 של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחר.
צ'או, ק. ואחרים (2019) 'הדינמיקה ההתפתחותית של הטרנסקריפטום של גזע הפופולוס',כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח, 17(1), עמ' 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
דנג, ה. ואחרים (2022) 'שינויים דינמיים בתכולת חומצה אסקורבית במהלך התפתחות והבשלת פרי של אקטינידיה לטיפוליה (יבול פרי עשיר באסקורבט) והמנגנונים המולקולריים הנלווים',כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 23(10), עמ'. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
הואה, ש. ואחרים (2022) 'ניבוי יעיל של גנים של מסלול ביוסינתטי המעורבים בפוליפילינים ביו-אקטיביים בפוליפילה של פריז',ביולוגיה של תקשורת2022 5:1, 5(1), עמ' 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ליו, מ. ואחרים (2023) 'ניתוח משולב של PacBio Iso-Seq ו-Illumina RNA-Seq של גנים של Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome ו-Cytochrome P450',חרקים, 14(4), עמ' 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
וואנג, ליג'ון ואחרים (2019) 'סקר של מורכבות טרנסקריפטום באמצעות ניתוח בזמן אמת של מולקולה בודדת של PacBio בשילוב עם ריצוף RNA של Illumina להבנה טובה יותר של ביוסינתזה של חומצה ריצינולאית ב-Ricinus communis',גנומיקה של BMC, 20(1), עמ' 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
