רצף הגנום של צמח/חיה דה נובו
דה נובוריצוף מתייחס לבניית הגנום השלם של מין באמצעות טכנולוגיות ריצוף בהיעדר גנום ייחוס. ההכנסה והאימוץ הנרחב של ריצוף דור שלישי, הכולל קריאות ארוכות יותר, שיפרו משמעותית את הרכבת הגנום על ידי הגדלת החפיפה בין הקריאות. שיפור זה רלוונטי במיוחד כאשר מתמודדים עם גנומים מאתגרים, כגון אלו המציגים הטרוזיגוטיות גבוהה, יחס גבוה של אזורים חוזרים, פוליפלואידים ואזורים עם אלמנטים חוזרים, תוכן GC חריג או מורכבות גבוהה שבדרך כלל מורכבים בצורה גרועה באמצעות ריצוף קצר-קריאה בלבד.
הפתרון המלא שלנו מספק שירותי ריצוף משולבים וניתוח ביואינפורמטי המספקים גנום מורכב דה נובו באיכות גבוהה. סקר גנום ראשוני עם Illumina מספק הערכות של גודל הגנום ומורכבותו, ומידע זה משמש להנחיית השלב הבא של ריצוף קריאה ארוכה עם PacBio HiFi, ולאחר מכן...דה נובוהרכבת קונטיגים. השימוש לאחר מכן בהרכבת HiC מאפשר עיגון הקונטיגים לגנום, תוך קבלת הרכבה ברמת הכרומוזום. לבסוף, הגנום מוסמך על ידי חיזוי גנים ועל ידי ריצוף גנים מבוטאים, תוך שימוש בטרנסקריפטומים עם קריאות קצרות וארוכות.
תכונות השירות
● שילוב של שירותי ריצוף וביואינפורמטיקה מרובים בפתרון מקיף:
סקר גנום באמצעות אילומינה להערכת גודל הגנום ולהנחיית הצעדים הבאים;
רצף קריאה ארוך עבורדה נובוהרכבת קונטיגים;
ריצוף Hi-C לעיגון כרומוזומים;
ריצוף mRNA לצורך ביאור של גנים;
אימות האסיפה.
● שירות המתאים לבניית גנומים חדשים או לשיפור גנומי ייחוס קיימים עבור מינים מעניינים.
יתרונות השירות
פיתוח פלטפורמות ריצוף וביואינפורמטיקה בדה נובוהרכבת הגנום
(אמרסינגה SL ואחרים,ביולוגיה של הגנום, 2020)
●מומחיות נרחבת ורקורד פרסומיםלחברת BMKGene ניסיון רב בהרכבת גנומים איכותית של מינים מגוונים, כולל גנומים דיפלואידיים וגנומים מורכבים ביותר של מינים פוליפלואידיים ואלופוליפלואידיים. מאז 2018, תרמנו ליותר מ...300 פרסומים בעלי השפעה רבה, ו-20+ מהם פורסמו ב-Nature Genetics.
● פתרון מקיףהגישה המשולבת שלנו משלבת טכנולוגיות ריצוף מרובות וניתוחים ביואינפורמטיים לתהליך עבודה מגובש, המספק גנום מורכב באיכות גבוהה.
●מותאם לצרכים שלךתהליך העבודה של השירות שלנו ניתן להתאמה אישית, מה שמאפשר התאמה לגנומים בעלי מאפיינים מגוונים וצרכים מחקריים ספציפיים. זה כולל התאמה לגנומים ענקיים, גנומים פוליפלואידיים, גנומים הטרוזיגוטיים מאוד ועוד.
●צוות ביואינפורמטיקה ומעבדה מיומן ביותרעם ניסיון רב הן בתחומי הניסוי והן בביואינפורמטיקה של מכלולי גנום מורכבים, וסדרה של פטנטים וזכויות יוצרים על תוכנה.
●תמיכה לאחר המכירה:המחויבות שלנו חורגת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
מפרט השירות
| סקר גנום | הרכבת הגנום | ברמת הכרומוזום | ביאור גנום |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X קריאות PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 ג'יגה-בייט + (אופציונלי) RNA-seq באורך מלא PacBio 40 ג'יגה-בייט או ננופור 12 ג'יגה-בייט |
דרישות השירות
עבור סקר גנום, הרכבת גנום והרכבת Hi-C:
| חומצות גרעין מרקמות או חומצות גרעין שחולצו | סקר גנום | הרכבת גנום עם PacBio | הרכבה Hi-C |
| קרביים של בעלי חיים | 0.5-1 גרם
| ≥ 3.5 גרם | ≥2 גרם |
| שרירי בעלי חיים | ≥ 5 גרם | ||
| דם יונקים | 1.5 מ"ל
| ≥ 5 מ"ל | ≥2 מ"ל |
| דם עופות/דגים | ≥ 0.5 מ"ל | ||
| צמח - עלה טרי | 1-2 גרם | ≥ 5 גרם | ≥ 4 גרם |
| תאים בתרבית |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| חֶרֶק | 0.5-1 גרם | ≥ 3 גרם | ≥ 2 גרם |
| DNA שחולץ | ריכוז: ≥1 ננוגרם/µL כמות ≥ 30 ננוגרם פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל | ריכוז: ≥ 50 ננוגרם/µL כמות: 10 מיקרוגרם/תא זרימה/דגימה OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 פירוק או זיהום מוגבלים או ללא פירוק או זיהום כלל |
-
|
עבור ביאור גנום עם טרנסקריפטומיקה:
| חומצות גרעין מרקמות או חומצות גרעין שחולצו | אילומינה טרנסקריפטום | PacBio Transcriptome | טרנסקריפטום ננופור |
| צמח - שורש/גבעול/עלה כותרת | 450 מ"ג | 600 מ"ג | |
| צמח - עלה/זרע | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| צמח - פרי | 1.2 גרם | 1.2 גרם | |
| לב/מעי של בעל חיים | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| מוח/איברים של בעלי חיים | 240 מ"ג | 240 מ"ג | |
| שרירי בעלי חיים | 450 מ"ג | 450 מ"ג | |
| עצמות/שיער/עור של בעלי חיים | 1 גרם | 1 גרם | |
| פרוקי רגליים - חרק | 6 | 6 | |
| פרוקי רגליים - סרטנאים | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| דם מלא | שפופרת אחת | שפופרת אחת | |
| RNA שחולץ | ריכוז: ≥ 20 ננוגרם/µL כמות ≥ 0.3 מיקרוגרם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ריכוז: ≥ 100 ng/ µL כמות ≥ 0.75 מיקרוגרם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ריכוז: ≥ 100 ng/ µL כמות ≥ 0.75 מיקרוגרם OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 רין≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
(אנו ממליצים לא לשמר את רוב הדגימות באתנול.)
תיוג דגימות: על הדגימות להיות מתויגות בבירור וזהות לטופס מידע הדגימה שהוגש.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז דגימות תחילה בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
זרימת עבודה
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי DNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
ניתוח ביואינפורמטי מלא, מחולק ל-4 שלבים:
1) סקר גנום, המבוסס על ניתוח k-mer עם קריאות NGS:
הערכת גודל הגנום
הערכת הטרוזיגוטיות
אומדן של אזורים חוזרים
2) הרכבת גנום עם PacBio HiFi:
דה נובוהַרכָּבָה
הערכת הרכבה: כולל ניתוח BUSCO לשלמות הגנום ומיפוי חזרה של קריאות NGS ו-PacBio HiFi
3) הרכבה של Hi-C:
בקרת איכות של ספריית Hi-C: הערכת אינטראקציות Hi-C תקפות
הרכבת Hi-C: קיבוץ של קונטיגים בקבוצות, ולאחר מכן סידור קונטיגים בתוך כל קבוצה והקצאת אוריינטציה של קונטיגים
הערכת Hi-C
4) ביאור גנום:
חיזוי RNA לא מקודד
זיהוי רצפים חוזרים (טרנספוזונים וחזרות טנדם)
ניבוי גנים
§דה נובואלגוריתמים של ab initio
§ מבוסס על הומולוגיה
§ בהתבסס על טרנסקריפטום, עם קריאות ארוכות וקצרות: הקריאות הןדה נובומורכב או ממופה לגנום הטיוטה
§ ביאור של גנים חזויים עם מספר מסדי נתונים
1) סקר גנום - ניתוח k-mer
2) הרכבת הגנום
2) הרכבת גנום – PacBio HiFi קורא את המיפוי להרכבת הטיוטה
2) הרכבת Hi-C – הערכה של זוגות אינטראקציה תקפים של Hi-C
3) הערכה לאחר הרכבה של Hi-C
4) ביאור גנום – אינטגרציה של גנים צפויים
4) אנוטציה של גנום – אנוטציה של גנים צפויים
גלו את ההתקדמויות שמאפשרות שירותי הרכבת הגנום דה נובו של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה:
לי, סי. ואחרים (2021) 'רצפי גנום חושפים נתיבי פיזור גלובליים ומרמזים על התאמות גנטיות מתכנסות באבולוציה של סוסי ים', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
לי, י. ואחרים (2023) 'שינויים כרומוזומליים בקנה מידה גדול מובילים לשינויים בביטוי ברמת הגנום, הסתגלות סביבתית והתמיינות אצל הגיאל (Bos frontalis)', ביולוגיה מולקולרית ואבולוציה, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
טיאן, ט. ואחרים (2023) 'הרכבת גנום וניתוח גנטי של נבט תירס עמיד לבצורת', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), עמ' 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ג'אנג, פ. ואחרים (2023) 'חשיפת האבולוציה של ביוסינתזה של אלקלואידים טרופניים על ידי ניתוח שני גנומים במשפחת הסולניים', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), עמ' 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
מקרי בוחן מאתגרים:
הרכבה מטלומרים לטלומרים:Fu, A. et al. (2023) 'הרכבת גנום מטלומרים לטלומרים של מלון מר (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) חושפת את התפתחות הפרי, הרכבו ומאפיינים גנטיים של הבשלתו', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
הרכבת הפלוטיפ:Hu, W. et al. (2021) 'גנום המוגדר על ידי אללים מגלה התמיינות ביאללית במהלך התפתחות הקסאווה', Molecular Plant, 14(6), עמ' 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
הרכבת גנום ענק:יואן, ג'. ואחרים (2022) 'הבסיס הגנומי של הגיגה-כרומוזומים והגיגה-גנום של אדמונית העצים Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), עמ' 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
הרכבת גנום פוליפלואידי:ג'אנג, ק. ואחרים (2022) 'תובנות גנומיות לגבי צמצום הכרומוזומים האחרון של קנה סוכר אוטופוליפלואידי Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), עמ' 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
