-
ריצוף אמפליקונים באורך מלא של PacBio 16S/18S/ITS
פלטפורמת Amplicon (16S/18S/ITS) פותחה עם ניסיון של שנים בניתוח פרויקטים של מגוון מיקרוביאלי, הכוללת ניתוח בסיסי סטנדרטי וניתוח מותאם אישית: ניתוח בסיסי מכסה את תוכן הניתוח המרכזי של מחקר מיקרוביאלי עכשווי, תוכן הניתוח עשיר ומקיף, ותוצאות הניתוח מוצגות בצורת דוחות פרויקט; תוכן הניתוח המותאם אישית מגוון. ניתן לבחור דגימות ולקבוע פרמטרים באופן גמיש בהתאם לדוח הניתוח הבסיסי ולמטרת המחקר, כדי לממש דרישות מותאמות אישית. מערכת הפעלה Windows, פשוטה ומהירה.
-
PacBio-Transcriptome באורך מלא (ללא הפניה)
אפליקציה זו, המקבלת נתוני ריצוף איזופורמים של Pacific Biosciences (PacBio) כקלט, מסוגלת לזהות רצפי תמלול באורך מלא (ללא הרכבה). על ידי מיפוי רצפים באורך מלא כנגד גנום ייחוס, ניתן למטב תמלולים על ידי גנים ידועים, תמלולים, אזורי קידוד וכו'. במקרה זה, ניתן להשיג זיהוי מדויק יותר של מבני mRNA, כגון שחבור חלופי וכו'. ניתוח משותף עם נתוני ריצוף תמלולים של NGS מאפשר ביאור מקיף יותר וכימות מדויק יותר של הביטוי ברמת התמליל, דבר המועיל במידה רבה לביטוי דיפרנציאלי במורד הזרם ולניתוח פונקציונלי.
-
ערכות כלים
BMKCloud היא פלטפורמה ביואינפורמטית מובילה המספקת פתרון מקיף לתוכניות גנומיות, הזוכה לאמון נרחב מצד חוקרים בתחומים שונים, כולל רפואה, חקלאות, סביבה ועוד. BMKCloud מחויבת לספק שירותים משולבים, אמינים ויעילים, כולל פלטפורמות וכלים לניתוח ביואינפורמטי, משאבי מחשוב, מסדי נתונים ציבוריים, קורסים מקוונים לביואינפורמטיקה ועוד. ל-BMKCloud מגוון כלים ביואינפורמטיים נפוצים, כולל ביאור גנים, כלים גנטיים אבולוציוניים, ncRNA, בקרת איכות נתונים, הרכבה, יישור, חילוץ נתונים, מוטציות, סטטיסטיקה, מחולל נתונים, ניתוח רצפים ועוד.
-
RNA קטן
RNA קטן הוא סוג של RNA קצר שאינו מקודד באורך ממוצע של 18-30 ננו-טווח, כולל miRNA, siRNA ו-piRNA. RNA קטן זה דווח באופן נרחב כמעורב בתהליכים ביולוגיים שונים כגון פירוק mRNA, עיכוב תרגום, היווצרות הטרוכרומטין ועוד. ניתוח ריצוף RNA קטן יושם באופן נרחב במחקרים על התפתחות בעלי חיים/צמחים, מחלות, וירוסים ועוד. פלטפורמת ניתוח ריצוף RNA קטן מורכבת מניתוח סטנדרטי וכריית נתונים מתקדמת. על סמך נתוני RNA-seq, ניתוח סטנדרטי יכול להשיג זיהוי וחיזוי miRNA, חיזוי גן מטרה של miRNA, ניתוח ביאור וניתוח ביטוי. ניתוח מתקדם מאפשר חיפוש וחילוץ של miRNA מותאמים אישית, יצירת דיאגרמת ון, ובניית רשתות של miRNA וגן מטרה.
-
NGS-WGS (אילומינה/BGI)
NGS-WGS היא פלטפורמה לניתוח ריצוף מחדש של גנום שלם, שפותחה על בסיס ניסיון עשיר בטכנולוגיות ביומרקרים. פלטפורמה קלה לשימוש זו מאפשרת הגשה מהירה של תהליך עבודה משולב של ניתוח על ידי הגדרת מספר פרמטרים בסיסיים, המתאימים לנתוני ריצוף DNA שנוצרו הן מפלטפורמת Illumina והן מפלטפורמת ריצוף BGI. פלטפורמה זו פרוסה על שרת מחשוב בעל ביצועים גבוהים, המאפשר ניתוח נתונים יעיל ביותר בזמן מוגבל מאוד. כריית נתונים מותאמת אישית זמינה על בסיס ניתוח סטנדרטי, כולל שאילתות גנים מוטנטיים, תכנון פריימרים של PCR וכו'.
-
mRNA (הפניה)
טרנסקריפטום הוא החוליה המקשרת בין מידע גנטי גנומי לפרוטאום של תפקוד ביולוגי. ויסות ברמת התעתוק הוא אופן הוויסות החשוב והנחקר ביותר של אורגניזמים. ריצוף טרנסקריפטומים יכול לרצף את הטרנסקריפטום בכל נקודת זמן או בכל תנאי, עם רזולוציה מדויקת של נוקלאוטיד בודד. הוא יכול לשקף באופן דינמי את רמת שעתוק הגנים, לזהות ולכמת בו זמנית תמלילים נדירים ונורמליים, ולספק את המידע המבני של תמלילים ספציפיים לדגימה.
כיום, טכנולוגיית ריצוף טרנסקריפטומים נמצאת בשימוש נרחב באגרונומיה, רפואה ותחומי מחקר אחרים, כולל ויסות התפתחות בעלי חיים וצמחים, הסתגלות סביבתית, אינטראקציה חיסונית, לוקליזציה גנטית, אבולוציה גנטית של מינים וגילוי גידולים ומחלות גנטיות.
-
מטאגנומיקה (NGS)
פלטפורמת ניתוח זו מיועדת לניתוח נתונים מטאגנומיים מבוססת על ניסיון של שנים. היא מורכבת מזרימת עבודה משולבת המכילה מגוון ניתוחי מטאגנומיקה נפוצים, כולל עיבוד נתונים, מחקרים ברמת המין, מחקרים ברמת תפקוד הגנים, שילוב מטא-גנומים ועוד. בנוסף, כלי כריית נתונים מותאמים אישית זמינים במסגרת זרימת עבודה סטנדרטית, כולל שאילתות גנים ומינים, הגדרת פרמטרים, יצירת נתונים מותאמים אישית ועוד.
-
LncRNA
RNA ארוך שאינו מקודד (lncRNA) הוא סוג של תמלילים שאורכם עולה על 200 ננו-טון, שאינם מסוגלים לקודד חלבונים. ראיות מצטברות מצביעות על כך שרוב ה-lncRNA נוטים להיות פונקציונליים. טכנולוגיות ריצוף תפוקה גבוהה וכלי ניתוח ביואינפורמטיים מאפשרים לנו לחשוף רצפי lncRNA ומידע מיקום בצורה יעילה יותר ומובילים אותנו לגילוי lncRNA בעלי פונקציות רגולטוריות מכריעות. BMKCloud גאה לספק ללקוחותינו פלטפורמת ניתוח ריצוף lncRNA כדי להשיג ניתוח lncRNA מהיר, אמין וגמיש.
-
GWAS
מחקר אסוציאציה כלל-גנומי (GWAS) שואף לזהות וריאנטים גנטיים (גנוטיפ) הקשורים לתכונות ספציפיות (פנוטיפ). מחקרי GWA חוקרים סמנים גנטיים חוצים את הגנום כולו של מספר רב של פרטים וחוזים אסוציאציות בין גנוטיפ לפנוטיפ באמצעות ניתוח סטטיסטי ברמת האוכלוסייה. ריצוף מחדש של גנום שלם יכול באופן פוטנציאלי לגלות את כל הווריאנטים הגנטיים. בשילוב עם נתונים פנוטיפיים, ניתן לעבד GWAS כדי לזהות SNPs, QTLs וגנים מועמדים הקשורים לפנוטיפ, דבר התומך מאוד בטיפוח מודרני של בעלי חיים/צמחים. SLAF היא אסטרטגיית ריצוף גנום פשוטה שפותחה על ידי החברה, המגלה סמנים מבוזרים כלל-גנומיים, SNPs. ניתן לעבד SNPs אלו, כסמנים גנטיים מולקולריים, לצורך מחקרי אסוציאציה עם תכונות ממוקדות. זוהי אסטרטגיה חסכונית בזיהוי וריאציות גנטיות מורכבות הקשורות לתכונות.
-
טרנסקריפטומיקה באורך מלא של ננופור
איזופורמים אלטרנטיביים מורכבים ומשתנים באורגניזמים הם מנגנונים גנטיים חשובים לוויסות ביטוי גנים ומגוון חלבונים. זיהוי מדויק של מבני תעתיק הוא הבסיס למחקר מעמיק של דפוסי ויסות ביטוי גנים. פלטפורמת ריצוף Nanopore הביאה בהצלחה את המחקר התעתיק לרמת האיזופורם. פלטפורמת ניתוח זו נועדה לנתח נתוני RNA-Seq שנוצרו בפלטפורמת Nanopore על בסיס גנום הייחוס, מה שמשיג ניתוחים איכותיים וכמותיים הן ברמת הגן והן ברמת התעתיקים.
-
circ-RNA
RNA מעגלי (circRNA) הוא סוג של RNA לא מקודד, אשר נמצא לאחרונה כבעל תפקיד חיוני ברשתות רגולטוריות המעורבות בהתפתחות, עמידות סביבתית וכו'. בניגוד למולקולות RNA ליניארי, למשל mRNA ו-lncRNA, קצוות 3' ו-5' של circRNA מחוברים יחד ליצירת מבנה מעגלי, המונע מהם עיכול של אקסונוקלאז והם יציבים יותר מרוב ה-RNA הליניארי. נמצא כי ל-CircRNA תפקידים מגוונים בוויסות ביטוי גנים. CircRNA יכול לתפקד כ-ceRNA, אשר נקשר ל-miRNA באופן תחרותי, המכונה ספוג miRNA. פלטפורמת ניתוח ריצוף CircRNA מאפשרת ניתוח מבנה וביטוי של circRNA, חיזוי מטרות וניתוח משותף עם סוגים אחרים של מולקולות RNA.
-
BSA
פלטפורמת ניתוח הפרדה גנטית (Bulked Segregant Analysis) מורכבת מניתוח סטנדרטי בשלב אחד וניתוח מתקדם עם הגדרת פרמטרים מותאמים אישית. BSA היא טכניקה המשמשת לזיהוי מהיר של סמנים גנטיים הקשורים לפנוטיפ. תהליך העבודה העיקרי של BSA כולל: 1. בחירת שתי קבוצות של פרטים עם פנוטיפים מנוגדים ביותר; 2. איגום ה-DNA, ה-RNA או SLAF-seq (שפותח על ידי Biomarker) של כל הפרטים ליצירת שני קבוצות DNA; 3. זיהוי רצפים דיפרנציאליים כנגד גנום הייחוס או ביניהם, 4. ניבוי אזורים מקושרים מועמדים באמצעות אלגוריתם ED ואינדקס SNP; 5. ניתוח פונקציונלי והעשרה של גנים באזורים מועמדים וכו'. כריית נתונים מתקדמת יותר זמינה גם כן, כולל סינון סמנים גנטיים ועיצוב פריימרים.
-
אמפליקון (16S/18S/ITS)
פלטפורמת Amplicon (16S/18S/ITS) פותחה עם ניסיון של שנים בניתוח פרויקטים של מגוון מיקרוביאלי, הכוללת ניתוח בסיסי סטנדרטי וניתוח מותאם אישית: ניתוח בסיסי מכסה את תוכן הניתוח המרכזי של מחקר מיקרוביאלי עכשווי, תוכן הניתוח עשיר ומקיף, ותוצאות הניתוח מוצגות בצורת דוחות פרויקט; תוכן הניתוח המותאם אישית מגוון. ניתן לבחור דגימות ולקבוע פרמטרים באופן גמיש בהתאם לדוח הניתוח הבסיסי ולמטרת המחקר, כדי לממש דרישות מותאמות אישית. מערכת הפעלה Windows, פשוטה ומהירה.
