-
אינטראקציה של כרומטין מבוססת Hi-C
Hi-C היא שיטה שנועדה ללכוד תצורה גנומית על ידי שילוב של אינטראקציות מבוססות קרבה וריצוף תפוקה גבוהה. השיטה מבוססת על קישור צולב של כרומטין עם פורמלדהיד, ולאחר מכן עיכול וחיבור מחדש באופן שרק מקטעים המקושרים קוולנטית ייצרו תוצרי חיבור. על ידי ריצוף תוצרי חיבור אלה, ניתן לחקור את הארגון התלת-ממדי של הגנום. Hi-C מאפשר לחקור את התפלגות החלקים בגנום הארוזים קלות (מדורים A, אאוכרומטין) וסביר יותר שהם פעילים מבחינה תעתוקית, ואת האזורים הארוזים בצורה הדוקה יותר (מדורים B, הטרוכרומטין). ניתן להשתמש ב-Hi-C גם כדי לאתר דומיינים קשורים טופולוגית (TADs), אזורים בגנום בעלי מבנים מקופלים וסביר להניח שיש להם דפוסי ביטוי דומים, ולזהות לולאות כרומטין, אזורי DNA המעוגנים יחד על ידי חלבונים ולעתים קרובות מועשרים באלמנטים רגולטוריים. שירות ריצוף Hi-C של BMKGene מעצים חוקרים לחקור את הממדים המרחביים של הגנומיקה, ופותח דרכים חדשות להבנת ויסות הגנום והשלכותיו על בריאות ומחלות.
-
ריצוף אימונופרסיפיטיישן של כרומטין (ChIP-seq)
כרומטין אימונופרסיפיטציה (CHIP) היא טכניקה הממנפת נוגדנים כדי להעשיר באופן סלקטיבי חלבונים קושרים DNA ואת מטרות הגנומיות המתאימות להם. שילובה עם NGS מאפשר יצירת פרופיל כלל-גנומי של מטרות DNA הקשורות לשינוי היסטון, גורמי שעתוק וחלבונים קושרים DNA אחרים. גישה דינמית זו מאפשרת השוואה של אתרי קישור בין סוגי תאים, רקמות או מצבים שונים. היישומים של ChIP-Seq נעים בין לימוד בקרה שעתוקית ומסלולי התפתחות ועד להבהרת מנגנוני מחלה, מה שהופך אותה לכלי הכרחי להבנת נופי בקרה גנומית ולקידום תובנות טיפוליות.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq
-
ריצוף ביסולפיטים של הגנום המלא (WGBS)
טכניקה זו, המבוססת על טיפול ביסולפיט ב-DNA כדי לגרום להמרה של ציטוזינים לא מתילטים לאורציל (C ל-U), תוך השארת ציטוזינים מתילטים ללא שינוי, עומדת כמתודולוגיה הסטנדרטית לחקירה מעמיקה של מתילציה של DNA, ובמיוחד את המיקום החמישי בציטוזין (5-mC), מווסת מרכזי של ביטוי גנים ופעילות תאית.
טכניקה זו מציעה רזולוציה של בסיס יחיד, המאפשרת לחוקרים לחקור באופן מקיף את המתילום ולחשוף דפוסי מתילציה חריגים בתוך הדגימות. באמצעות שימוש ב-WGBS, מדענים יכולים לקבל תובנות חסרות תקדים לגבי נופי מתילציה כלל-גנומיים, ולספק הבנה מעמיקה של המנגנונים האפיגנטיים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים ומחלות מגוונות.
-
מבחן לכרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ריצוף תפוקה גבוהה (ATAC-seq)
ATAC-seq היא טכניקת ריצוף תפוקה גבוהה המשמשת לניתוח נגישות כרומטין כלל-גנומי. השימוש בה מספק הבנה מעמיקה יותר של המנגנונים המורכבים של בקרה אפיגנטית גלובלית על ביטוי גנים. השיטה משתמשת בטרנספוזאז Tn5 היפר-אקטיבי כדי לפצל ולסמן בו זמנית אזורי כרומטין פתוחים על ידי החדרת מתאמי ריצוף. הגברת PCR לאחר מכן מביאה ליצירת ספריית ריצוף, המאפשרת זיהוי מקיף של אזורי כרומטין פתוחים בתנאי מרחב-זמן ספציפיים. ATAC-seq מספק מבט הוליסטי על נופי כרומטין נגישים, בניגוד לשיטות המתמקדות אך ורק באתרי קישור לגורמי שעתוק או אזורים ספציפיים שעברו שינוי היסטון. על ידי ריצוף אזורי כרומטין פתוחים אלה, ATAC-seq חושף אזורים בעלי סבירות גבוהה יותר לרצפים רגולטוריים פעילים ואתרי קישור פוטנציאליים לגורמי שעתוק, ומציע תובנות חשובות לגבי הוויסות הדינמי של ביטוי גנים ברחבי הגנום.
-
ריצוף ביסולפיטים ייצוגי מופחת (RRBS)
ריצוף ביסולפיטים בייצוג מופחת (RRBS) מסתמך על העשרת אזורים עשירים באיים של CpG על ידי ביקוע MspI ולאחר מכן בחירת גודל של מקטעים של 200-500/600 bps. כתוצאה מכך, רק אזורים קרובים לאיי CpG מרוצפים, בעוד שאלו עם איי CpG מרוחקים אינם נכללים בניתוח. תהליך זה, בשילוב עם ריצוף ביסולפיטים, מאפשר זיהוי ברזולוציה גבוהה של מתילציה של DNA, וגישת הריצוף, PE150, מתמקדת ספציפית בקצוות של התוספות ולא במרכז, מה שמגביר את יעילות פרופיל המתילציה.
טכניקה זו התפתחה כחלופה חסכונית ויעילה לריצוף ביסולפיטים של הגנום השלם (WGBS) במחקר מתילציה של DNA. בעוד ש-WGBS מספק תובנות מקיפות על ידי בחינת הגנום כולו ברזולוציית בסיס יחיד, העלות הגבוהה שלה יכולה להיות גורם מגביל, ו-RRBS ממתן אסטרטגית אתגר זה על ידי ניתוח סלקטיבי של חלק מייצג של הגנום. מתודולוגיה זו היא כלי רב ערך המאפשר מחקר מתילציה של DNA חסכוני ומקדם את הידע על מנגנונים אפיגנטיים.
