ריצוף מקטעים מוגברים של לוקוס ספציפי (SLAF-Seq)
זרימת עבודה
לשירות יש תכנון מוקדם מסוים in silico כדי להבטיח את בחירת האנזימים האופטימלית בעת הכנת הספרייה.
תוכנית טכנית
תכונות השירות
● ריצוף ב-NovaSeq עם PE150.
● הכנת ספרייה עם ברקוד כפול, המאפשרת איגום של למעלה מ-1000 דגימות.
● ללא תלות בגנום הייחוס:
עם גנום ייחוס: גילוי SNP ו-InDel
ללא גנום ייחוס: קיבוץ דגימות וגילוי SNP
● בתוך הבסיליקובשלב טרום-תכנון, נבדקים מספר שילובים של אנזימי הגבלה כדי למצוא את אלה שמייצרים פיזור אחיד של תגי SLAF לאורך הגנום.
● במהלך הניסוי המקדים, נבדקים שלושה צירופי אנזימים ב-3 דגימות כדי ליצור 9 ספריות SLAF, ומידע זה משמש לבחירת צירוף אנזימי ההגבלה האופטימלי עבור הפרויקט.
יתרונות השירות
●גילוי סמנים גנטיים גבוהיםאנו משלבים מערכת ברקוד כפולה בעלת תפוקה גבוהה המאפשרת ריצוף סימולטני של אוכלוסיות גדולות, והגברה ספציפית ללוקוסים המשפרת את היעילות, ומבטיחים שמספרי התגים יעמדו בדרישות המגוונות של שאלות מחקר שונות.
● תלות נמוכה בגנוםניתן ליישם זאת על מינים עם או בלי גנום ייחוס.
●עיצוב תוכנית גמישניתן לבחור עיכול אנזים יחיד, כפול אנזים, רב-אנזים, וסוגים שונים של אנזימים כדי להתאים למטרות מחקר או מינים שונים.
● יעילות גבוהה בעיכול אנזימטי: הולכתו שלבסיליקותכנון מקדים וניסוי מקדים מבטיחים תכנון אופטימלי עם פיזור שווה של תגי SLAF על הכרומוזום (תג SLAF אחד/4Kb) ורצף חוזר מופחת (<5%).
●מומחיות נרחבתאנו מביאים שפע של ניסיון לכל פרויקט, עם רקורד של סגירת למעלה מ-5000 פרויקטים של SLAF-Seq על מאות מינים, כולל צמחים, יונקים, ציפורים, חרקים ואורגניזמים ימיים.
● זרימת עבודה ביואינפורמטית שפותחה באופן עצמאיפיתחנו זרימת עבודה ביואינפורמטית משולבת עבור SLAF-Seq כדי להבטיח את האמינות והדיוק של הפלט הסופי.
מפרט השירות
| סוג הניתוח | קנה מידה מומלץ של אוכלוסייה | אסטרטגיית ריצוף | |
| עומק ריצוף התגים | מספר תג | ||
| מפות גנטיות | 2 הורים ו-150 צאצאים | הורים: 20x WGS יציאה: פי 10 | גודל הגנום: <400 מגה-בייט: מומלץ WGS <1 ג'יגה-בייט: 100 אלף תגים 1-2 ג'יגה-בייט: 200 אלף תגים >2 ג'יגה-בייט: 300 אלף תגים מקסימום 500 אלף תגים |
| מחקרים על אסוציאציות כלל-גנומיות (GWAS) | ≥200 דגימות | פי 10 | |
| אבולוציה גנטית | ≥30 דגימות, עם >10 דגימות מכל תת-קבוצה | פי 10 | |
דרישות השירות
ריכוז ≥ 5 ננוגרם/µL
כמות כוללת ≥ 80 ננוגרם
ננו-טרופ OD260/280=1.6-2.5
ג'ל אגרוז: ללא פירוק או זיהום מוגבלים
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל
(אנו ממליצים לא לשמר את רוב הדגימות באתנול)
תיוג דגימות: יש לתייג את הדגימות בבירור וזהות לטופס מידע הדגימה שהוגש.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז דגימות תחילה בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
זרימת עבודה של שירות
בקרת איכות לדוגמה
ניסוי פיילוט
ניסוי SLAF
הכנת הספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
הניתוח הביואינפורמטי שלנו כולל:
בקרת איכות נתונים וקיזוז נתונים להסרת קריאות עשירות ב-N, קריאות מתאם או קריאות באיכות נמוכה.
בקרת איכות שנייה של הקריאות הנקיות כדי לבדוק את התפלגות הבסיסים, איכות הרצף והערכת הנתונים, אך גם כדי לבדוק את יעילות העיכול ואת התוספות שהתקבלו.
לאחר בדיקת הקריאות, ישנן שתי אפשרויות:
- מיפוי לגנום ייחוס
- ללא גנום ייחוס: אשכול
לאחר מכן, ניתוח תגי SLAF משמש לביצוע קריאות שונות כדי לסייע בגילוי סמנים: SNP, InDel, SNV, קריאות CV וביאורים.
פיזור תגי SLAF על כרומוזומים:
פיזור SNPs על כרומוזומים:
ביאור SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X and Shi C (2023) מיפוי QTL וניתוח טרנסקריפטום של תכולת סוכר במהלך הבשלת פירות שלפירוס פיריפוליה.חזית. מדעי הצמח.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
לי, ג'., ג'אנג, י'., מא, ר'., הואנג, וו., הו, ג'., פאנג, ק., וסאן, ל'. (2022). זיהוי של st1 חושף סלקציה הכוללת טרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך ביות פולי סויה.כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
שו, פ., ג'אנג, X., וואנג, X.ואחריםרצף גנום וגיוון גנטי של קרפיון מצוי,ציפרינוס קרפיו.נאט ג'נט 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ואחריםהגנום של בוטנים מתורבתים מספק תובנות לגבי קריוטיפים של קטניות, אבולוציה של פוליפלואידים וביות גידולים.נאט ג'נט 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| שָׁנָה | כְּתַב הָעֵת | IF | כּוֹתֶרֶת | יישומים |
| 2022 | תקשורת טבע | 17.694 | הבסיס הגנומי של הגיגה-כרומוזומים והגיגה-גנום של אדמונית עץ פאוניה אוסטיי | SLAF-GWAS |
| 2015 | פיטולוג חדש | 7.433 | עקבות ביות מעגנות אזורים גנומיים בעלי חשיבות אגרונומית ב פולי סויה | SLAF-GWAS |
| 2022 | כתב העת למחקר מתקדם | 12.822 | הכנסות מלאכותיות כלל-גנומיות של Gossypium barbadense לתוך G. hirsutum חושפים לוקוסים מעולים לשיפור סימולטני של איכות ותפוקת סיבי הכותנה תכונות | SLAF - גנטיקה אבולוציונית |
| 2019 | צמח מולקולרי | 10.81 | ניתוח גנומי אוכלוסייה והרכבת דה נובו חושפים את מקורו של וידי אורז כמשחק אבולוציוני | SLAF - גנטיקה אבולוציונית |
| 2019 | גנטיקה של הטבע | 31.616 | רצף גנום וגיוון גנטי של הקרפיון המצוי, Cyprinus carpio | מפת SLAF-Linkage |
| 2014 | גנטיקה של הטבע | 25.455 | הגנום של בוטנים מתורבתים מספק תובנות לגבי קריוטיפים של קטניות, פוליפלואידים אבולוציה וביות גידולים. | מפת SLAF-Linkage |
| 2022 | כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח | 9.803 | זיהוי ST1 חושף סלקציה הכוללת טרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך גידול סויה | פיתוח סמן SLAF |
| 2022 | כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים | 6.208 | זיהוי ופיתוח סמני DNA עבור 2Ns של חיטה-ליימוס מוליס (2D) החלפת כרומוזום דיסומי | פיתוח סמן SLAF |
| שָׁנָה | כְּתַב הָעֵת | IF | כּוֹתֶרֶת | יישומים |
| 2023 | חזיתות במדעי הצמח | 6.735 | מיפוי QTL וניתוח טרנסקריפטום של תכולת סוכר במהלך הבשלת פירות של Pyrus pyrifolia | מפה גנטית |
| 2022 | כתב העת לביוטכנולוגיה של הצמח | 8.154 | זיהוי ST1 חושף סלקציה הכוללת טרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך ביות סויה
| שיחות SNP |
| 2022 | חזיתות במדעי הצמח | 6.623 | מיפוי אסוציאציה כלל-גנומי של פנוטיפים של Hulless Barely בסביבת בצורת.
| GWAS |
