הרכבת גנום T2T | ריצוף אולטרה ארוך
תכונות השירות
•מספק מכלולי גנום של טלומרים לטלומר בדיוק גבוה, רציפות גבוהה ושלמות גבוהה.
•מתגבר על אתגרי הרכבה באזורים צנטרומריים וחוזרים על עצמם מאוד.
•מנתח שינויים מבניים באזורים מורכבים כמו צנטרמרים וטלומרים.
•חוקר את מקור הכרומוזומים ואת הביות שלהם, ומזהה גנים מרכזיים הקובעים מין.
יתרונות השירות
•צוות מקצועי אולטרה-ארוך המכסה את החילוץ ועד הריצוף, עם ניסיון מוצלח במינים מרובים.
•גישה לפלטפורמות קריאה ארוכת טווח של PacBio ו-Nanopore עם תפוקה גבוהה ואסטרטגיות ריצוף גמישות.
•צוות מנוסה בהרכבת גנום וניתוח ביואינפורמטיקה מותאם אישית, בקיא בפרויקטים של גנום T2T.
•יותר מ-200 פרויקטים גנומיים מוצלחים ומעל 2000 גורמי השפעה מצטברים.
•פתרונות משולבים ניסיוניים וביואינפורמטיים הנתמכים על ידי זכויות יוצרים ופטנטים.
מפרט השירות
| סקר גנום | הרכבת הגנום | ברמת הכרומוזום | מילוי פערים | ביאור גנום |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X קריאות PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | קריאות ארוכות במיוחד של ONT 40-100X | RNA-seq Illumina PE150 10 ג'יגה-בייט + (אופציונלי) RNA-seq באורך מלא PacBio 40 ג'יגה-בייט או Nanopore 12 ג'יגה-בייט |
דרישות השירות
עבור דגימות ריצוף של Survey, PacBio CCS, Hi-C וטרנסקריפטום (לביאור), אנא עיינו ב-"ברמת הכרומוזוםדרישות מדגם הרכבת הגנום".
עבור ריצוף אולטרה-ארוך של ONT, מומלצות דגימות רקמה, עם סטנדרטים גבוהים יותר לתמיכה בחילוץ של DNA אולטרה-HMW.
לקבלת הוראות ודרישות מפורטות להכנת דגימות, אנא צרו קשר עם צוות המכירות שלנו לקבלת פתרון מותאם אישית המבוסס על המין.
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי DNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
הניתוחים העיקריים כוללים:
1) הרכבת גנום T2T
● גנום T2T מתייחס לגנום עם "0 פערים" שבו לפחות כרומוזום אחד מורכב לחלוטין מטלומר לטלומר.
● שימוש בקריאות CCS מדויקות וקריאות ONT אולטרה-ארוכות:
* יצירת גנום contig v1 באמצעות הרכבה היברידית באמצעות hifiasm (v0.25.0).
* הסרת פלסטידים ורצפים מזוהמים באמצעות BLAST כנגד מסד הנתונים של NT.
* חיבור פיגומים להרכבה בקנה מידה של כרומוזומים באמצעות נתוני Hi-C עם DNA תלת-ממדי.
* מילוי טלומרים חסרים באמצעות הרכבה מקומית עם קריאות ONT כדי לקבל את הגנום הסופי של T2T.
2) הערכת הרכבה
● הערכת BUSCO
BUSCO גרסה 5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) בונה מערכי גנים בעלי עותק יחיד עבור שושלות אבולוציוניות עיקריות בהתבסס על מסד הנתונים OrthoDB 10. הגנום המורכב מוערך על ידי יישור מול מערך גנים זה, בהתבסס על יחס ההתאמה והשלמות.
שיעור גבוה יותר של "BUSCOs שלמים" מצביע על שלמות גבוהה יותר של הרכבת הגנום.
● מיפוי קריאות
יישור קריאות קצרות מריצוף הדור הבא (למשל, Illumina) לגנום המורכב באמצעות bwa. יישור קריאות ארוכות מהדור השלישי לגנום המורכב באמצעות Minimap2.
שלמות הגנום המורכב ואחידות כיסוי הריצוף מוערכות על סמך קצב המיפוי, יחס כיסוי הגנום ופיזור העומק.
● הערכת בקרת איכות הגנום
הערך את ההרכבה באמצעות Merqury על ידי השוואת קריאות ריצוף מדויקות של k-mers עם הרכבת הגנום כדי להשיג איכות קונצנזוס (QV).
ערכי איכות גבוהים יותר מצביעים על דיוק גבוה יותר של הגנום המורכב.
● הערכת LAI של הגנום
LAI (מדד הרכבת LTR) מעריך את שלמות הרכבת הגנום כיחס בין רצפי רטרוטרנספוזונים שלמים של LTR לסך רצפי ה-LTR. רצפי LTR-RT מועמדים מזוהים באמצעות LTR_FINDER (גרסה 1.0.7) ו-LTRharvest (גרסה 1.5.9), לאחר מכן מסוננים ומשולבים באמצעות LTR_retriever (גרסה 2.8) כדי להשיג רטרוטרנספוזונים של LTR בעלי ביטחון גבוה ולחשב את LAI.
על פי פרסום מפתח LAI, ערכי LAI מסווגים לשלוש רמות:
טיוטה (0 ≤ LAI < 10), רפרנס (10 ≤ LAI < 20), וזהב (LAI ≥ 20).
● זיהוי טלומרים וצנטרומרים
זיהוי יחידות טלומרים חוזרות פוטנציאליות בגנום באמצעות TIDK. זיהוי רצפי טלומרים וקבלת מידע מיקומי באמצעות FindTelomeres המבוסס על מוטיבים חוזרים.
זהה חזרות צנטרומריות פוטנציאליות באמצעות Centromics עם קריאות ארוכות מדור שלישי, ולאחר מכן מיפוי מחדש לגנום כדי לקבל מיקומי צנטרומרים ורצפים.
1) מפת כרומוזום של הגנום
2)מיקומי הטלומרים בגנום
| כריסטיאן | אורך קרינה (bp) | התחלה_במעלה_הזרם (bp) | סוף_הזרם (bp) | אורך_הזרם_במעלה_הזרם (bp) | התחלה_במורד_הזרם(bp) | סוף_הזרם_בקר (bp) | אורך_הזרם_במטה (bp) |
| כריכים | 55,340,768 | 53 | 2,036 | 1,984 | 55,338,794 | 55,340,768 | 1,975 |
| כרום02 | 56,588,289 | 1 | 2,760 | 2,760 | 56,584,191 | 56,588,289 | 4,099 |
| Chr03 | 46,886,733 | 20 | 3,001 | 2,982 | 46,881,994 | 46,886,733 | 4,740 |
| כרום04 | 49,401,798 | 1 | 2,143 | 2,143 | 49,399,160 | 49,401,798 | 2,639 |
| Chr05 | 45,855,317 | 10 | 3,043 | 3,034 | 45,852,809 | 45,855,317 | 2,509 |
| Chr06 | 45,285,625 | 1 | 3,268 | 3,268 | 45,283,427 | 45,285,625 | 2,199 |
| Chr07 | 48,122,726 | 1 | 2,317 | 2,317 | 48,120,519 | 48,122,726 | 2,208 |
Nאוטה:
Chr: מזהה כרומוזום
אורך כרומוזום (bp): אורך כרומוזום
התחלה_במעלה_הזרם (bp): מיקום התחלתי של הטלומר במעלה הזרם על הכרומוזום
Upstream_End (bp): מיקום הקצה של הטלומר במעלה הזרם על הכרומוזום
אורך_הטלומר במעלה הזרם (bp): אורך הטלומר במעלה הזרם על הכרומוזום
התחלה_בזרם למטה (bp): מיקום התחלתי של הטלומר במורד הזרם על הכרומוזום
קצה_הזרם (bp): מיקום הקצה של הטלומר במורד הזרם על הכרומוזום
אורך_הזרם_בזרם (bp): אורך הטלומר במורד הזרם על הכרומוזום
3)מיקומי צנטרומרים בגנום
| כריסטיאן | אורך_Chr(bp) | Centromics_Start(bp) | סנטרומיקס_סוף(bp) |
| כריכים | 55,340,768 | 18,943,204 | 23,005,555 |
| כרום02 | 56,588,289 | 28,114,720 | 30,677,916 |
| Chr03 | 46,886,733 | 24,487,558 | 24,929,326 |
| כרום04 | 49,401,798 | 20,976,875 | 22,563,388 |
| Chr05 | 45,855,317 | 18,578,095 | 19,715,924 |
| Chr06 | 45,285,625 | 19,398,436 | 19,950,173 |
| Chr07 | 48,122,726 | 26,390,720 | 27,913,284 |
פֶּתֶק:
Chr: מזהה כרומוזום
אורך כרומוזום (bp): אורך כרומוזום
נקודת התחלה של הצנטרומר (bp): מיקום התחלה של הצנטרומר על הכרומוזום
קצה_צנטרומר (bp): מיקום הקצה של הצנטרומר על הכרומוזום
4) סטטיסטיקות פער של תוצאות האסיפה
| קְבוּצָה | מספר_פער | לן |
| כריכים | 0 | 55,340,768 |
| כרום02 | 0 | 56,588,289 |
| Chr03 | 0 | 46,886,733 |
| כרום04 | 0 | 49,401,798 |
| Chr05 | 0 | 45,855,317 |
| Chr06 | 0 | 45,285,625 |
| Chr07 | 0 | 48,122,726 |
| סה"כ (יחס %) | 0 | 347,481,256 (100.00) |
Nאוטה:
קבוצה: מזהה כרומוזום
מספר_פערים: מספר הפערים בכרומוזום
אורך (bp): אורך כרומוזום
5) הערכת LAI של הגנום
| כריסטיאן | אורך כוכב (bp) | שָׁלֵם | סַך הַכֹּל | raw_LAI | LAI |
| גנום_שלם | 347,481,256 | 0.046 | 0.36 | 12.94 | 15.18 |
הערה: על פי הפרסום של מפתחי LAI, ערכי LAI מסווגים לשלוש קטגוריות: טיוטה (0 ≤ LAI < 10), ייחוס (10 ≤ LAI < 20), וזהב (LAI ≥ 20).
אורך כרומוזום (bp):
שלם: שיעור LTR-RTs שלמים בגנום
סך הכל: שיעור סך כל ה-LTRs בגנום
raw_LAI = שלם / סה"כ × 100
LAI: ערך LAI מתוקן
גלו את ההתקדמות שמאפשרות שירותי הרכבת הגנום דה נובו של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה:
T2T Gאנום
Liu, Shoucheng et al."הרכבה של גנום מטלומרים לטלומרים בשילוב עם נתונים רב-אומיים מספקת תובנות לגבי האבולוציה של חיטת לחם הקספלואידית."גנטיקה של הטבע כרך. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."הרכבה גנומית מלאה של זן האורז היפני Zhonghua 11."תקשורת צמחית כרך 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
לב, ז'יואן ואחרים."הרכבה גנום קרובה לטלומרים של קמליה פיטארדיי."נתונים מדעיים כרך. 12,1 1422. 14 באוגוסט 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
דו, האייואן ואחרים."מכלול גנום כמעט שלם של Fragaria iinumae."גנומיקה של BMC כרך. 26,1 253. 14 במרץ 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
חן, וייקאי ועוד."מכלול הגנום המלא של Nicotiana benthamiana חושף את הנוף הגנטי והאפיגנטי של הצנטרומרים."צמחי טבע כרך. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
גנום T2T פתור-הפלוטיפ
חאן, פאלאק שר ואחרים. "גנומים נטולי פערים של T2T פתורים בהפלוטיפ של זן ענבי היין קברנה סוביניון."נתונים מדעיים, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 בפברואר 2026, דואי:10.1038/s41597-026-06910-3
גנום T2T + גנום השוואתי
הונג, לין ואחרים. "בנייה וניתוח של גנומים מטלומרים לטלומרים עבור שני תפוזים מתוקים: לונגהוי-הונג וניולהול (Citrus sinensis)."גיגה-סיינסכרך 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
לי, שיאו-ג'יה ואחרים. "ניתוח גנום טלומרים-לטלומרים של גזר אדום TXH4 מבהיר את תפקידם של DcLCYE ו-DcLCYB1 בהצטברות ליקופן בגזר."מחקר גננותכרך. 12,11 אחף192. 29 ביולי 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
גנום T2T + פנגנום
וואנג, שיאוג'ינג ואחרים. "גנום T2T, ניתוח פאן-גנום וגנים של תגובת עקת חום במיני רודודנדרון."iMetaכרך. 4,2 e70010. 5 במרץ 2025, doi:10.1002/imt2.70010
