ריצוף ביסולפיטים של הגנום המלא (WGBS)
טכניקה זו, המבוססת על טיפול ביסולפיט ב-DNA כדי לגרום להמרה של ציטוזינים לא מתילטים לאורציל (C ל-U), תוך השארת ציטוזינים מתילטים ללא שינוי, עומדת כמתודולוגיה הסטנדרטית לחקירה מעמיקה של מתילציה של DNA, ובמיוחד את המיקום החמישי בציטוזין (5-mC), מווסת מרכזי של ביטוי גנים ופעילות תאית.
טכניקה זו מציעה רזולוציה של בסיס יחיד, המאפשרת לחוקרים לחקור באופן מקיף את המתילום ולחשוף דפוסי מתילציה חריגים בתוך הדגימות. באמצעות שימוש ב-WGBS, מדענים יכולים לקבל תובנות חסרות תקדים לגבי נופי מתילציה כלל-גנומיים, ולספק הבנה מעמיקה של המנגנונים האפיגנטיים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים ומחלות מגוונות.
תכונות השירות
● ריצוף על גבי Illumina NovaSeq.
● דורש גנום ייחוס.
● הוספת DNA למבדה לניטור יעילות המרת ביסולפיט.
יתרונות השירות
●תקן הזהב למחקר מתילציה של DNAטכנולוגיה בוגרת זו בעלת דיוק גבוה ושחזור טוב.
●כיסוי רחב ורזולוציה של בסיס יחיד:גילוי אתרי מתילציה מתבצע ברמה של כלל הגנום.
●פלטפורמה מלאה:אנו מספקים שירות מקיף, החל מעיבוד דגימות, בניית ספרייה, ריצוף ועד לניתוח ביואינפורמטיקה.
●מומחיות נרחבתיש לנו מגוון רחב של פרויקטים שהושלמו על פני מגוון רחב של מינים. BMKGENE מביאה עמה ניסיון של למעלה מעשור, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
●אפשרות להצטרף לניתוח טרנסקריפטומיקה: מאפשר ניתוח משולב של WGBS עם נתוני אומיקס אחרים כגון RNA-seq.
מפרט לדוגמה
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ביסולפיט מטופל | אילומינה PE150 | עומק פי 30 | Q30 ≥ 85% המרה של ביסולפיט > 99% |
דרישות לדוגמה
| ריכוז (נגנוגרם/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | דרישות נוספות | |
| DNA גנומי | ≥ 5 | ≥ 400 ננוגרם | פירוק או זיהום מוגבלים |
זרימת עבודה של שירות
משלוח לדוגמה
מיצוי DNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
אספקת נתונים
השירות כולל את הניתוחים הבאים:
● בקרת איכות ריצוף גולמי;
● מיפוי לגנום ייחוס;
● גילוי בסיסים מתילטים ב-5mC;
● ניתוח של התפלגות מתילציה וביאור;
● ניתוח של אזורים מתילציה דיפרנציאלית (DMRs);
● אנוטציה פונקציונלית של גנים הקשורים ל-DMRs.
גילוי מתילציה של 5mC: סוגי אתרים מתילציה
מפת מתילציה. תפוצה כלל-גנומית של מתילציה של 5mC
ביאור של אזורים מתילטיביים מאוד
אזורים מתילציה דיפרנציאלית: גנים קשורים
אזורים מתילציה דיפרנציאלית: ביאור של גנים קשורים (אונטולוגיה גנטית)
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף ביסולפיטים של גנום מלא של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
Fan, Y. et al. (2020) 'ניתוח פרופילי מתילציה של DNA במהלך התפתחות שרירי שלד בכבשים באמצעות ריצוף ביסולפיט של כל הגנום',גנומיקה של BMC, 21(1), עמ' 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
ז'או, ש. ואחרים (2022) 'הפרעות חדשות במתילציה של חומצה דאוקסיריבונוקלאית בעובדים שנחשפו לויניל כלוריד',טוקסיקולוגיה ובריאות תעשייתית, 38(7), עמ' 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
זואו, ג'. ואחרים (2020) 'קשרים בין מתילציה של גנום, רמות של RNA לא מקודד, mRNA ומטבוליטים בפירות עגבניות מבשילים',כתב העת לצמחים, 103(3), עמ' 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
