ריצוף טרנסקריפטום שלם – אילומינה
תכונות
● יצירת ספרייה כפולה לריצוף הטרנסקריפטום המלא: ספריית דלדול rRNA והכנת ספריית RNA קטנה.
● ניתוח ביואינפורמטי מלא של mRNA, lncRNA, circRNA ו-miRNA בדוחות ביואינפורמטיים נפרדים, בנוסף לניתוח משותף של כל ביטויי ה-RNA יחד, כולל ניתוח רשתות ceRNA.
יתרונות השירות
●מומחיות נרחבתעיבדנו למעלה מ-2100 פרויקטים שלמים של טרנסקריפטומים, המשתרעים על פני סוגי דגימות מגוונים. אנו מביאים את עושר המומחיות שלנו לכל פרויקט.
●בקרת איכות קפדניתאנו מיישמים נקודות בקרה מרכזיות בכל השלבים, החל מהכנת דגימות ועד להכנת ספרייה, ריצוף וביואינפורמטיקה. הניטור הקפדני שלנו מבטיח אספקת תוצאות באיכות גבוהה באופן עקבי.
●ביאור מקיףאנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי לסמן פונקציונלית את הגנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי (DEGs) ולבצע ניתוחי העשרה תואמים. גישה מקיפה זו מספקת תובנות לגבי התהליכים התאיים והמולקולריים העומדים בבסיס תגובת הטרנסקריפטום, ומבטיחה שתקבלו את כל המידע האפשרי על נתוני הניסוי שלכם.
●ניתוח מעמיק של רשתות רגולטוריותניתוח רשת ceRNA מתאפשר על ידי ריצוף משותף של mRNA, lncRNA, circRNA ו-miRNA ועל ידי זרימת עבודה ביואינפורמטית מקיפה.
●תמיכה לאחר המכירהאנו מבינים עד כמה חשוב להיות נוכחים, ולכן המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט, עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ופגישות שאלות ותשובות כדי לענות על כל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמה ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית ריצוף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| rRNA מדולדל | אילומינה PE150 | 16 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
| גודל שנבחר | אילומינה SE50 | 10-20 מיליון קריאות |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום חלבון או DNA מוגבל או ללא זיהום כלל על גבי הג'ל. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא גובה בסיס |
משלוח דוגמיות מומלץ
מיכל: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ להשתמש בנייר אלומיניום)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפול לדוגמה A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. מבחנות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA במבחנות ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח אותן בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה של שירות
תכנון הניסוי
משלוח לדוגמה
מיצוי RNA
בניית ספרייה
ריצוף
ניתוח נתונים
שירותי לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
בנוסף לכל הניתוחים על כל אחד מהשניים, ארבעת סוגי ה-RNA משולבים בניתוח המשותף שלנו:
- ניתוח ביטוי משותף בין כל סוגי נתוני ה-RNA השונים
- סקירת ביטוי RNA
- סקירה כללית של ביטוי דיפרנציאלי
- רשת CeRNA
- גנים מרכזיים המשולבים במסלול
- ניתוח שימור
- מיקוד יחסים
סקירת ביטוי RNA
גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי
ניתוח ceRNA
miRNAs המתבטאים באופן דיפרנציאלי ו-RNA קשורים
גלו את התקדמויות המחקריות שמאפשרות שירותי ריצוף הטרנסקריפטומים המלאים של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים שנבחרו בקפידה.
דאי, י. ואחרים (2022) 'פרופילי ביטוי מקיפים של mRNAs, lncRNAs ו-miRNAs במחלת קאשין-בק שזוהו על ידי ריצוף RNA',אומיקס מולקולרי, יח(2), עמ' 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
ליו, נ. נאן ואחרים (2022) 'ניתוח טרנסקריפטומים באורך מלא של עמידות לקור של Apis cerana בהר צ'אנגבאי במהלך תקופת החורף.'גֵן, 830, עמ' 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ ואחרים (2022) 'קביעת סדרי עדיפויות של רשתות בקרה מתחרות של RNA אנדוגני בסרטן ריאות של תאים קטנים, המבוססות על אינטגרציה של מולטי-אומיקס: מאפיינים מולקולריים ומועמדים לתרופות',גבולות באונקולוגיה, 12, עמ'. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'ניתוח משולב של פרופילי ביטוי lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA חושף תובנות חדשות לגבי מנגנונים פוטנציאליים בתגובה לנמטודות קשר שורש בבוטנים',גנומיקה של BMC, 23(1), עמ' 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
יאן, ז. ואחרים (2022) 'ריצוף RNA של טרנסקריפטום שלם מדגיש את המנגנונים המולקולריים הקשורים לשמירה על איכות לאחר הקטיף בברוקולי על ידי קרינת LED אדומה',ביולוגיה וטכנולוגיה לאחר קציר, 188, עמ' 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
