רצף תעתיק שלם - Illumina
יתרונות השירות
Øהערכה על כל סוגי ה-RNA במונחים של ספירות, ביטוי וביטוי יחסי מבוסס כרומוזומים
Øזיהוי של RNAs המבוטא דיפרנציאלי וביטוי מתאים
Øניתוח ביטוי משותף של גנים
Øניתוח רשת ceRNA
Øגנים מרכזיים היו מעורבים בניתוח מסלולים
Øאספקת תוצאות מבוססת BMKCloud: כריית נתונים מותאמת אישית זמינה בפלטפורמה.
Øשירות לאחר המכירה תקף ל-3 חודשים עם סיום הפרויקט
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| טוֹהַר | יושרה | נְגִיעוּת | כמות |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | לצמחים: RIN≥6.5;לבעלי חיים: RIN≥7;28S/18S≥1.0;הגבהה מוגבלת או ללא בסיס | זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | קונצרן≥100 ng/μl;נפח ≥ 10 μl;סך הכל ≥ 2 מיקרוגרם |
רקמה: משקל (יבש): ≥1 גרם
*עבור רקמה קטנה מ-5 מ"ג, אנו ממליצים לשלוח דגימת רקמה קפואה (בחנקן נוזלי).
תרחיף תאים: ספירת תאים = 3×107
*אנו ממליצים לשלוח lysate תאים קפואים.במקרה שהתא הזה קטן מ-5×105, מומלץ להקפיא בחנקן נוזלי.
דגימות דם:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ו-2mL דם (TRIzol:Blood=3:1)
משלוח לדוגמא מומלץ
מְכוֹלָה:
שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל למשל A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
 |
1. הערכה על כל סוגי ה-RNA המבוססים על ביטוי יחסי
סירקוס על המשמעות של ההבדלים בביטוי RNA
2. רשת מסלולי KEGG משולבת
רשת מסלולי KEGG משולבת
ניתוח רשת 3.ceRNA
אינטראקציות DE-circRNA-miRNA-mRNA מבוססות רשת ceRNA
תיק BMK
דפוס ביטוי CircRNA ורשתות ceRNA ו-miRNA–mRNA המעורבות בפיתוח אנתר בקו ה-CMS של Brassica campestris
יצא לאור:כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים,2019
ה-NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) תאי הבקרה השליליים (sh-Scr) התקבלו ביום 6 של זיהום ויראלי ספציפי.
תוצאות מפתח
מחקר זה קבע את קו הסטריליות הזכר (CMS) של Polima cytoplasm "Bcpol97-05A", ואת הקו הפורה, "Bcajh97-01B", ב- Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, syn.B. rapa ssp.chinensis, וביצע השוואות פרופיל ביטוי RNA בין ניצני הפרחים של הקו הסטרילי והקו הפורה על ידי רצף שלם של תעתיק.
1. סה"כ זוהו 31 circRNAs (DE) בביטוי דיפרנציאלי, 47 DE miRNAs ו-4779 DE mRNAs.
2. ניתוח האונטולוגיה של הגנים (GO) הוכיח שרוב הגנים של DE היו מעורבים בהתפתחות דופן האבקה
3. ניתוח העשרה של מסלולי KEGG של ה-mRNAs של DE (כולל ה-mRNA המווסתים למעלה ולמטה בקו הסטרילי בהשוואה לקו הפורה) הראתה ש"עמילן וסוכרוזמטבוליזם", "ביוסינתזה של פניל פרופנואיד" ו"המרות הדדיות של פנטוז וגלוקורונאט "היו המסלולים המטבוליים המועשרים ביותר.
 ניתוח העשרה של מסלולי KEGG של ה-mRNA המבוטא בצורה דיפרנציאלית |  סיווג אונטולוגיה גנטית (GO) של ה-mRNA המבוטא בצורה דיפרנציאלית |  מבט על הרשת המשולשת DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA |
התייחסות
Liang Y, Zhang Y, Xu L, et al.דפוס ביטוי CircRNA ורשתות ceRNA ו-miRNA–mRNA המעורבות בפיתוח אנתר בקו ה-CMS של Brassica campestris[J].כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
