16S/18S/ITS アンプリコン シーケンシング-PacBio
サービスのメリット
● 16S/18S/ITS の全長配列を明らかにするロングリード
● PacBio CCS モードシーケンシングによる高精度のベースコール
● OTU/ASV アノテーションでの種レベルの解決
● データベース、アノテーション、OTU/ASV の観点から多様な分析を行う最新の QIIME2 分析フロー。
●多様な微生物群集研究に応用可能
●BMKは、土壌、水、ガス、汚泥、糞便、腸、皮膚、発酵液、昆虫、植物などを対象に、年間10万件以上のサンプルを扱う豊富な経験を持っています。
● BMKCloud は、45 個のパーソナライズされた分析ツールを含むデータ解釈を容易にします。
サービス仕様
| シーケンスプラットホーム | 図書館 | 推奨データ | ターンアラウンドタイム |
| PacBio シークエル II | SMRT ベル | 5K/10K/20K タグ | 44営業日 |
バイオインフォマティクス分析
●生データの品質管理
● OTUクラスタリング/ノイズ除去(ASV)
● OTU アノテーション
● アルファの多様性
● ベータの多様性
● グループ間分析
● 実験要因との関連分析
● 機能遺伝子の予測
サンプルの要件と納品
サンプル要件:
のためにDNA抽出物:
| サンプルの種類 | 額 | 集中 | 純度 |
| DNA抽出物 | ＞1μg | ＞ 20ng/μl | OD260/280=1.6-2.5 |
環境サンプルの場合:
| サンプルの種類 | 推奨されるサンプリング手順 |
| 土壌 | サンプリング量：約5g;残った枯れた物質は表面から取り除く必要があります。大きな断片を粉砕し、2 mm フィルターに通過させます。予約のために滅菌 EP チューブまたはサイロチューブにサンプルをアリコートします。 |
| 糞便 | サンプリング量：約5g;サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 腸内容物 | サンプルは無菌条件下で処理する必要があります。採取した組織をPBSで洗浄します。PBS を遠心分離し、沈殿物を EP チューブに収集します。 |
| 汚泥 | サンプリング量：約5g;汚泥サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 水域 | 水道水、井戸水など、微生物の量が限られたサンプルの場合は、少なくとも 1 L の水を集め、0.22 μm のフィルターを通過させ、膜上の微生物を濃縮します。メンブレンを滅菌チューブに保管します。 |
| 肌 | 滅菌綿棒または手術用ブレードで皮膚の表面を慎重にこすり、滅菌チューブに入れます。 |
推奨されるサンプル配信
サンプルを液体窒素で 3 ～ 4 時間凍結し、液体窒素または -80 度で長期保存します。サンプルの配送にはドライアイスが必要です。
サービスのワークフロー
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
1.V3+V4(Illumina)ベースの微生物群集プロファイリングと全長(PacBio)ベースのプロファイリングのアノテーション率。
（ランダムに抽出した30プロジェクトのデータを統計に適用）
2.さまざまなサンプルタイプにおける種レベルでの全長アンプリコンシーケンスのアノテーション率
3.種の分布
4.系統樹
BMKケース
ヒ素への曝露は腸管バリアの損傷を誘発し、その結果としてアヒルの肝臓の炎症とパイロトーシスを引き起こす腸肝臓軸の活性化を引き起こす
公開日:トータル環境の科学、2021年
シーケンス戦略:
サンプル: 対照群 vs 8 mg/kg ATO 曝露群
シーケンスデータ収量: 合計 102,583 個の生 CCS シーケンス
コントロール: 54,518 ± 747 有効 CCS
ATO 露出 : 45,050 ± 1675 実効 CCS
主な結果
アルファの多様性:ATO への曝露により、アヒルの腸内微生物の豊富さと多様性が大きく変化しました。
転移統計の分析:
門レベル: 対照群でのみ検出された 2 つの細菌門
属レベル: 6 属の相対存在量が大きく異なることが判明
種レベル: 合計 36 種が確認され、そのうち 6 種は相対生物の存在量が大きく異なりました。
参照
シングホルム、LB、他。「2型糖尿病を患っている肥満者とそうでない肥満者では、腸内細菌の機能能力と組成が異なる。」細胞宿主と微生物26.2(2019)。
