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バルクセグリガント分析

Bulked segregant Analysis (BSA) は、表現型に関連する遺伝マーカーを迅速に特定するために使用される手法です。BSA の主なワークフローには、極端に反対の表現型を持つ個人の 2 つのグループを選択すること、すべての個人の DNA をプールして 2 つの DNA バルクを形成すること、2 つのプール間で異なる配列を特定することが含まれます。この技術は、植物/動物ゲノム内の標的遺伝子と強く関連する遺伝マーカーを同定する際に広く使用されています。

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サービス内容

デモの結果

ケーススタディ

サービスのメリット

高木ほか、植物誌、2013

● 正確な位置特定: 30 + 30 ～ 200 + 200 個体のバルクを混合して、バックグラウンドノイズを最小限に抑えます。非同義変異体ベースの候補領域予測。

● 包括的な分析: NR、SwissProt、GO、KEGG、COG、KOG などを含む詳細な候補遺伝子機能のアノテーション。

● 所要時間の短縮: 45 営業日以内に遺伝子位置を迅速に特定します。

● 豊富な経験: BMK は、作物、水産物、森林、花、果物などの多様な種をカバーし、何千もの形質の局在化に貢献してきました。

サービス仕様

人口：
反対の表現型を持つ親の子孫を分離する。
例: F2 後代、戻し交配 (BC)、組換え近交系 (RIL)

ミキシングプール
質的形質の場合: 30 ～ 50 個体 (最低 20)/バルク
量的形質の場合: 全集団の中でどちらかの極端な表現型を持つ上位 5% ～ 10% の個人 (最低 30+30)。

推奨されるシーケンスの深さ
少なくとも 20X/親個体および 1X/子孫個体 (例: 30+30 個体の子孫混合プールの場合、配列深度はバルクあたり 30X になります)

バイオインフォマティクス分析

● 全ゲノムの再配列決定

● データ処理

● SNP/Indel 通話

● 候補地域のスクリーニング

● 候補遺伝子機能のアノテーション

サンプルの要件と納品

サンプル要件:

ヌクレオチド:

gDNAサンプル	組織サンプル
濃度: ≥30 ng/μl	植物：1～2g
量: ≥2 μg (容量 ≥15 μl)	動物：0.5～1g
純度: OD260/280= 1.6-2.5	全血：1.5ml

サービスのワークフロー

実験計画

サンプル納品

RNA抽出

図書館の建設

シーケンス

データ分析

アフターサービス

前の： 比較ゲノミクス

次：進化遺伝学

1.ユークリッド距離(ED)に基づく関連性分析により候補領域を特定します。次の図では

X 軸: 染色体番号。各ドットは SNP の ED 値を表します。黒い線は近似された ED 値に対応します。ED 値が高いほど、部位と表現型の間の関連性がより顕著であることを示します。赤い破線は、有意な関連性の閾値を表します。

mRNA-FLNC-リード長分布

2.SNPインデックスを使用しない関連性分析

X 軸: 染色体番号。各ドットは SNP インデックス値を表します。黒い線は、適合した SNP インデックス値を表します。値が大きいほど、関連性が高くなります。

mRNA完全ORF長分布

BMKケース

主要効果量的形質遺伝子座 Fnl7.1 は、キュウリの果実首の長さに関連する後期胚発生に豊富なタンパク質をコードする

公開日: 植物バイオテクノロジージャーナル、2020年

シーケンス戦略:

親 (Jin5-508、YN): 34 倍および 20 倍の全ゲノム再配列決定。

DNA プール (ロングネック 50 個とショートネック 50 個): 61x および 52x のリシーケンス

主な結果

本研究では,長首キュウリ系統Jin5-508と短首キュウリYNを交配することにより分離集団(F2およびF2:3)を生成した。2 つの DNA プールは、首が極端に長い個体 50 名と首が極端に短い個体 50 名によって構築されました。主要効果 QTL は、BSA 分析と従来の QTL マッピングによって Chr07 上で特定されました。候補領域は、詳細マッピング、遺伝子発現定量化、およびトランスジェニック実験によってさらに絞り込まれ、首の長さを制御する鍵となる遺伝子である CsFnl7.1 が明らかになりました。さらに、CsFnl7.1 プロモーター領域の多型が対応する発現に関連していることが判明しました。さらなる系統解析により、Fnl7.1 遺伝子座がインドに由来する可能性が非常に高いことが示唆されました。