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ONTシーケンシングは、ナノポアを基盤とした単一分子リアルタイム電気信号シーケンシング技術であり、各プラットフォームのシーケンシング原理は同一です。二本鎖DNA/RNAはバイオフィルムに埋め込まれたナノポアタンパク質に結合し、モータータンパク質の誘導下で解けていきます。バイオフィルムの両側の電圧差の作用下で、DNA/RNA鎖は一定の速度でナノポアチャネルタンパク質を通過します。DNA/RNA鎖上の異なる塩基の化学的性質の違いにより、単一の塩基またはDNA分子がナノポアチャネルを通過すると、異なる電気信号の変化を引き起こします。これらの信号を検出して対応付けることで、対応する塩基の種類を計算し、リアルタイムでシーケンスを検出できます。