全長mRNAシーケンシング - ナノポア
特徴
●ポリA mRNAの捕捉、それに続くcDNA合成およびライブラリー調製
● 全長転写産物の配列決定
●参照ゲノムとのアライメントに基づくバイオインフォマティクス解析
● バイオインフォマティクス解析には、遺伝子およびアイソフォームレベルでの発現だけでなく、lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の解析も含まれます。
サービスの利点
●アイソフォームレベルでの発現量の定量化詳細かつ正確な発現解析を可能にし、全遺伝子発現解析では隠蔽される可能性のある変化を明らかにする。
●データ要求量の削減：次世代シーケンシング（NGS）と比較して、ナノポアシーケンシングはデータ要件が少なく、より少ないデータ量で同等の遺伝子発現定量化飽和度を実現できる。
●発現量定量化の精度向上遺伝子レベルとアイソフォームレベルの両方において
●追加のトランスクリプトーム情報の特定：代替ポリアデニル化、融合遺伝子、lcnRNAおよびそれらの標的遺伝子
●豊富な専門知識私たちのチームは、850件以上のナノポア全長トランスクリプトーム解析プロジェクトを完了し、8,000件以上のサンプルを処理してきた豊富な経験を、あらゆるプロジェクトに活かしています。
●販売後のサポート当社の取り組みはプロジェクト完了後も続き、3ヶ月間のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、結果に関するあらゆるご質問にお答えする質疑応答セッションを提供いたします。
サンプル要件と配送
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨データ | 品質管理 |
| ポリAエンリッチ | ナノポアプロメチオニン48 | 6/12 GB | 平均品質スコア：Q10 |
サンプル要件：
ヌクレオチド：
| 濃度（ng/μl） | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| 100以上 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ゲル電気泳動において、タンパク質またはDNAの汚染はほとんど、あるいは全く認められない。 | 植物の場合：RIN≧7.0 動物の場合：RIN≧7.5 5.0≥28S/18S≥1.0; ベースラインの上昇が限定的または全くない |
● 植物：
根、茎、または花弁：450mg
葉または種子：300mg
果実：1.2g
● 動物:
心臓または腸：300mg
内臓または脳：240mg
筋肉：450mg
骨、毛髪、または皮膚：1g
● 節足動物：
昆虫：6g
甲殻類：300mg
●全血: 1チューブ
● 細胞: 106 細胞
推奨サンプル配送
容器：2ml遠心分離管（アルミホイルは推奨しません）
サンプルラベル：グループ＋反復例（例：A1、A2、A3、B1、B2、B3）。
発送:
1. ドライアイス：サンプルは袋に入れてドライアイスの中に埋める必要があります。
2. RNA安定チューブ：RNAサンプルはRNA安定化チューブ（例：RNAstable®）で乾燥させ、室温で輸送できます。
サービスワークフロー
ヌクレオチド：
サンプル配送
図書館建設
シーケンス解析
データ分析
アフターサービス
サービスワークフロー
組織：
実験計画
サンプル配送
RNA抽出
図書館建設
シーケンス解析
データ分析
アフターサービス
● 生データの処理
● 成績証明書の識別
● 代替スプライシング
● 遺伝子レベルおよびアイソフォームレベルでの発現量定量
● 差次的発現解析
● 機能の注釈付けと強化（DEGおよびDET）
代替スプライシング解析
代替ポリアデニル化分析（APA）
lncRNA予測
新規遺伝子の注釈付け
DETのクラスタリング
差次的発現遺伝子におけるタンパク質間ネットワーク
BMKGeneのナノポア全長mRNAシーケンスサービスによってもたらされた進歩を、厳選された出版物コレクションを通してご覧ください。
Gong, B. et al. (2023)「グリオーマにおける癌遺伝子としての分泌キナーゼFAM20Cのエピジェネティックおよび転写活性化」、Journal of Genetics and Genomics、50(6)、pp. 422–433。doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008。
He, Z. et al. (2023)「IFN-γに反応するリンパ球の全長トランスクリプトームシーケンスにより、ヒラメ（Paralichthys olivaceus）におけるTh1偏向免疫応答が明らかになった」、Fish & Shellfish Immunology、134、p. 108636。doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636。
Ma, Y. et al. (2023) 'Nemopilema Nomurai 毒液の同定のための PacBio および ONT RNA シーケンス法の比較分析', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'ナノシーケンス解析により、hUMSC由来のエクソソームとマイクロベシクル間の機能的傾向の違いが明らかになった', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
