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de novo菌のゲノムアセンブリ

BMKGENEは、真菌ゲノムのための多用途のソリューションを提供し、多様な研究ニーズと望ましいゲノムの完全性に対応しています。ショートリードイルミナシーケンスのみを使用すると、ドラフトゲノムの生成が可能になります。 NanoporeまたはPacbioを使用した短い読み取りと長い読みのシーケンスを組み合わせて、より洗練された真菌ゲノムを伴うより長いコンティグを備えています。さらに、Hi-Cシーケンスを統合すると、機能がさらに向上し、完全な染色体レベルのゲノムの達成が可能になります。

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サービスの詳細

バイオインフォマティクス

デモの結果

注目の出版物

サービス機能

目的のゲノムの完全性に応じて選択できる3つの可能なオプションがあります。

●ドラフトゲノムオプション：Illumina novaseq PE150を使用したショートリードシーケンス。

●菌類の細かいゲノムオプション：

ゲノム調査：Illumina Novaseq PE150。

ゲノムアセンブリ：Pacbio Revio（Hifi Reads）またはNanopore Promethion 48。

●染色体レベルの真菌ゲノム：

ゲノム調査：Illumina Novaseq PE150。

ゲノムアセンブリ：Pacbio Revio（Hifi Reads）またはNanopore Promethion 48。

Hi-Cアセンブリを使用したコンティグアンカー。

サービスの利点

●利用可能な複数のシーケンス戦略：ゲノムの完全性のさまざまな研究目標と要件について

●完全なバイオインフォマティクスワークフロー：これには、ゲノムアセンブリと複数のゲノム要素の予測、機能性遺伝子注釈、およびコンティグアンカーが含まれます。

●広範な専門知識：12,000を超える微生物ゲノムが組み立てられると、10年以上の経験、高度な熟練分析チーム、包括的なコンテンツ、優れたポストセールスサポートをもたらします。

●販売後のサポート：私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ＆Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。

サービス仕様

サービス	シーケンス戦略	品質管理
ドラフトゲノム	Illumina PE150 100X	Q30≥85％
細かいゲノム	ゲノム調査：Illumina PE150 50 x アセンブリ：Pacbio Hifi 30xまたはNanopore 100x	contig n50≥1mb（ pacbio unicllular） contig n50≥2mb（ ontユニテル） contig n50≥500kb（その他）
染色体レベルのゲノム	ゲノム調査：Illumina PE150 50 x アセンブリ：Pacbio Hifi 30xまたはNanopore 100x Hi-Cアセンブリ100x	Contigアンカー比> 90％

サービス要件

	濃度（ng/µL）	総量（µg）	ボリューム（µL）	OD260/280	OD260/230
Pacbio	20以上	≥2	20以上	1.7-2.2	≥1.6
ナノポア	40以上	≥2	20以上	1.7-2.2	1.0-3.0
イルミナ	≥1	≥0.06	20以上	-	-