ロングノンコーディングシーケンシング - Illumina
サービスの利点
●mRNAとlncRNAの同時解析mRNA転写産物の定量化とlncRNAおよびその標的の研究を組み合わせることで、細胞応答の根底にある制御メカニズムの詳細な概観を得ることが可能になります。
●豊富な専門知識当社は、多様なサンプルやプロジェクトの目的に対応した23万件以上のサンプルを処理してきました。あらゆるプロジェクトに、豊富な専門知識を提供します。
●mRNAとlncRNAの同時解析私たちは、mRNA転写産物の定量化とlncRNAおよびその標的の研究を組み合わせることで、細胞応答の根底にある制御メカニズムの詳細な概観を得ることを可能にします。
●厳格な品質管理サンプル調製からライブラリー調製、シーケンス解析、バイオインフォマティクス解析に至るまで、すべての段階においてコアとなる管理ポイントを設けています。綿密なモニタリングにより、常に高品質な結果を提供することを保証します。
●包括的な注釈複数のデータベースを用いて、差次的発現遺伝子（DEG）の機能的アノテーションを行い、対応するエンリッチメント解析を実施します。この包括的なアプローチにより、トランスクリプトーム応答の根底にある細胞および分子プロセスに関する知見が得られ、実験データに関するあらゆる情報を確実に把握できます。
●販売後のサポート私たちは、お客様との繋がりがいかに重要であるかを理解しています。そのため、プロジェクト完了後も3ヶ月間のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、結果に関するあらゆるご質問にお答えする質疑応答セッションを提供いたします。
サンプル要件と配送
| 図書館 | プラットフォーム | 推奨データ | データ品質管理 |
| rRNA除去方向性ライブラリー | イルミナPE150 | 10～16GB | Q30≥85% |
ヌクレオチド：
| 濃度（ng/μl） | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| 80以上 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ゲル電気泳動において、タンパク質またはDNAの汚染はほとんど、あるいは全く認められない。 | RIN≧6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ベースラインの上昇が限定的または全くない |
● 植物：
根、茎、または花弁：450mg
葉または種子：300mg
果実：1.2g
● 動物:
心臓または腸：450mg
内臓または脳：240mg
筋肉：600mg
骨、毛髪、または皮膚：1.5g
● 節足動物：
昆虫：9g
甲殻類：450mg
● 全血：チューブ2本
● 細胞: 106 細胞
● 血清および血漿: 6 mL
推奨サンプル配送
容器：2ml遠心分離管（アルミホイルは推奨しません）
サンプルラベル：グループ＋反復例（例：A1、A2、A3、B1、B2、B3）。
発送:
1. ドライアイス：サンプルは袋に入れてドライアイスの中に埋める必要があります。
2. RNA安定チューブ：RNAサンプルはRNA安定化チューブ（例：RNAstable®）で乾燥させ、室温で輸送できます。
サービスワークフロー
実験計画
サンプル配送
RNA抽出
図書館建設
シーケンス解析
データ分析
アフターサービス
バイオインフォマティクス
- 生データ
- データ品質管理
- ゲノムアライメント
- 遺伝子構造（選択的スプライシング、遺伝子構造最適化、新規遺伝子予測）
- 遺伝子発現の定量化
- 差次的発現解析
- DEGの注釈付けと濃縮分析 + 差次的発現lncRNA標的遺伝子
- 転写産物の識別
- lncRNAの同定（lncRNAの保存性と既知のlncRNA）
- lncRNA標的遺伝子の予測
- lncRNA発現量の定量化
- mRNAデータとの共同解析
遺伝子発現差解析（DEGs解析）
lncRNA発現の定量化 – クラスタリング
lncRNA標的遺伝子の濃縮
mRNAとlncRNAの位置解析（Circosプロット）（中央の円はmRNA、内側の円はlncRNA）
BMKGeneのlncRNAシーケンスサービスによってもたらされた進歩を、厳選された出版物コレクションを通してご覧ください。
Ji, H. et al. (2020)「ラット肝臓における寒冷ストレス関連lncRNAの同定、機能予測、および主要lncRNA検証」科学レポート2020 10:1、10(1)、pp. 1–14。doi: 10.1038/s41598-020-57451-7。
Jia, Z. et al. (2021)「統合トランスクリプトーム解析によりCyHV-3耐性コイ株の免疫メカニズムが明らかに」免疫学の最前線、１２、ｐ． 687151.doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022)「小細胞肺癌における競合する内因性RNA制御ネットワークのマルチオミクス統合に基づく優先順位付け：分子特性と薬剤候補」腫瘍学の最前線、１２、ｐ． 904865.doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX。
Xiao, L. et al. (2020)「ポプラにおける光合成を支える遺伝子共発現ネットワークの遺伝学的解析」植物バイオテクノロジージャーナル、18(4)、pp. 1015–1026。doi: 10.1111/PBI.13270。
Zheng, H. et al. (2022)「グレーブス病および橋本病の微小環境における免疫細胞の遺伝子発現異常および代謝シグナル伝達異常のグローバル制御ネットワーク」免疫学の最前線、１３、ｐ． 879824.doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX。
