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ロングノンコーディングシーケンシング - イルミナ

長い非コーディング RNA (lncRNA) は、200 nt を超える長さの RNA 分子の一種であり、コーディング能力が非常に低いことが特徴です。LncRNA は、ノンコーディング RNA の主要メンバーとして、主に核と血漿に存在します。配列決定技術とバイオインフォマティクスの発展により、多数の新規 lncRNA の同定が可能になり、それらを生物学的機能と関連付けることができます。蓄積された証拠は、lncRNA がエピジェネティックな制御、転写制御、および転写後制御に広く関与していることを示唆しています。

お問い合わせ

サービス内容

バイオインフォマティクス

デモの結果

ケーススタディ

サービスのメリット

● サービスのメリット

● 細胞および組織に特有の

● 特定のステージでダイナミックな表情変化を表現・演出

● 時間と空間の表現の正確なパターン

● mRNAデータとの共同解析。

● BMKCloud ベースの結果配信: プラットフォーム上でカスタマイズされたデータマイニングが利用可能です。

● プロジェクト完了後 3 か月間有効なアフターサービス

サンプルの要件と納品

図書館	プラットホーム	推奨データ	データQC
rRNAの枯渇	イルミナPE150	10GB	Q30≧85%

濃度(ng/μl)

量（μg）

純度

誠実さ

≥ 100

≧ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5～2.5

ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。

植物の場合: RIN≥6.5。

動物の場合：RIN≧7.0。

5.0≧28S/18S≧1.0;

基準高度が限られているか、基準高度がない

ヌクレオチド:

ティッシュ: 重量 (乾燥): ≥1 g

※5 mg未満の組織については、急速冷凍（液体窒素）した組織サンプルをお送りいただくことをお勧めします。

細胞懸濁液: 細胞数 = 3×10⁷
※細胞ライセートは凍結して発送することをお勧めします。セル数が5×10未満の場合⁵、液体窒素で急速冷凍することをお勧めします。

血液サンプル：
PA×geneBloodRNATube;
6mLLTRIzolと2mLの血液(TRIzol:血液=3:1)

推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。B1、B2、B3……

出荷:
1.ドライアイス：サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2.RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥し、室温で出荷できます。

サービスのワークフロー

実験計画

サンプル納品

RNA抽出

図書館の建設

シーケンス

データ分析

アフターサービス

前の： Small RNA シーケンス - イルミナ

次：非参照ベースの mRNA シーケンシング - イルミナ

バイオインフォマティクス

1.LncRNAの分類

上記 4 つのソフトウェアで予測された LncRNA は、lincRNA、アンチセンス LncRNA、イントロン LncRNA の 4 つのカテゴリに分類されました。センス-LncRNA。LncRNA の分類を以下のヒストグラムに示します。

LncRNAの分類

2.DE-lncRNAのCis標的遺伝子濃縮解析

ClusterProfiler は、生物学的プロセス、分子機能、細胞成分の観点から、示差的に発現する lncRNA (DE-lncRNA) のシス標的遺伝子の GO 濃縮分析に使用されました。GO 濃縮分析は、全ゲノムと比較して、DEG によって著しく濃縮された GO 用語を特定するプロセスです。強化された用語は、以下に示すようにヒストグラム、バブルチャートなどで表示されます。

DE-lncRNA のシス標的遺伝子濃縮分析 - バブルチャート DE-lncRNA のシス標的遺伝子濃縮解析 - バブルチャート

3. mRNAとlncRNAの長さ、エクソン数、ORF、発現量を比較することで、両者の構造、配列等の違いを把握することができ、また、当社が予測した新規lncRNAが一般的な特徴に適合するかどうかを検証することができます。

BMKケース

KRAS-G12D 変異および P53 ノックアウトを伴うマウス肺腺癌における調節解除された lncRNA 発現プロファイル

公開日:細胞分子医学ジャーナル，2019年

シーケンス戦略

イルミナ

サンプル収集

NONMMUT015812 ノックダウン KP (shRNA-2) 細胞とネガティブコントロール (sh-Scr) 細胞は、特定のウイルス感染の 6 日目に取得されました。

主な結果

この研究では、P53 ノックアウトおよび KrasG12D 変異を持つマウス肺腺癌における異常発現された lncRNA を調査します。
1.6424 個の lncRNA が差次的に発現されました (≧ 2 倍の変化、P < 0.05)。
2.初代KP細胞では、全210個のlncRNA(FC≧8)のうち、11個のlncRNAはP53によって、33個のlncRNAはKRASによって、そして13個のlncRNAは低酸素によって発現が調節された。
3.マウス肺腺癌で顕著に上方制御され、P53の再発現によって負に制御されるNONMMUT015812を検出し、その細胞機能を解析した。
4.shRNAによるNONMMUT015812のノックダウンは、KP細胞の増殖および遊走能力を低下させた。NONMMUT015812 は潜在的な癌遺伝子でした。