mRNA-seq (NGS) – デノボ

mRNAシーケンシングは、特定の条件下で細胞内​​のすべてのmRNA転写産物のプロファイリングを可能にし、様々な研究分野で広く利用されている技術です。BMKCloud De novo mRNA-seqパイプラインは、リファレンスゲノムが利用できない場合に、ポリAエンリッチドシーケンシングライブラリを解析するために設計されています。パイプラインは品質管理から始まり、その後、新規転写産物アセンブリとユニジーンセットの選択。ユニジーン構造解析では、コーディング配列（CDS）と単純配列反復（SSR）を予測します。続いて、差次的発現解析により、試験した条件間で差次的に発現する遺伝子（DEG）を特定し、DEGの機能アノテーションとエンリッチメントを実施することで、生物学的知見を抽出します。