シードラゴンのゲノム解析により、その表現型と性決定遺伝子座についての洞察が得られます

ゲノム進化

デノボゲノム
アセンブリ|性別決定シーケンス作業全体と部分的なバイオインフォマティクスサービスは、Biomark Techonologies によって提供されました。

抽象的な

「シードラゴンの象徴的な表現型には、葉のような付属物、歯のない管状の口、開いた「繁殖地」での受精卵の孵化を含む雄の妊娠が含まれます。私たちは、シードラゴン (Phyllopteryx taeniolatus) とその近縁種であるアリゲーターヨウジウオ (Syngnathoides biaculeatus) の雄と雌のゲノムを新規配列決定しました。進化上の新規性である葉のような付属器官からの転写プロファイルは、ヒレの発達に典型的に関与する一連の遺伝子が取り込まれているだけでなく、潜在的な組織修復遺伝子や免疫防御遺伝子の転写スクリプトが豊富であることを示している。すべての有顎類で欠失しているscpp5のゼブラフィッシュ変異体では、咽頭歯が欠損しているか、変形していることが判明し、scpp5の欠損が有顎類の歯の喪失に寄与しているという仮説を裏付けている。シードラゴンとアリゲーターヨウジウオが共有する雄特異的なamhr2y遺伝子をコードする推定上の性決定遺伝子座が同定された。」

材料と方法：

材料

F私たちの共通のシードラゴン (P. テニオラトゥス) と 2 匹のアリゲーターパイプフィッシュ (S. ビアキュレアトゥス）標本。全ゲノム配列決定には、シードラゴン 2 個体（雄 1 匹、雌 1 匹）とアリゲーターヨウジウオ 2 個体（雄 1 匹、雌 1 匹）を使用し、他のシードラゴンの雄 2 個体をゲノム再配列決定に使用しました。

ゲノム配列決定戦略

270/350 bp ライブラリー (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) または Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) のシーケンス、および他の 2 頭のオスのシードラゴン個体をゲノム再シーケンスに使用しました。