植物/動物の全ゲノム解読
1.サービスのメリット
1000種以上のゲノム解読における豊富な経験。
800 件を超える公開事例があり、累積インパクトファクターは 4000 を超えています。
変異呼び出しと機能解析に関する包括的なバイオインフォマティクス解析。
2. サービス仕様
| プラットホーム | 図書館 | 推奨されるシーケンスの深さ | |
| イルミナ | PE150 | SNP の場合、InDel 通話 ≥ 10x SV、CNY 通話 ≥ 30x
| |
| ナノポア
| 8kb | SV、CNY 通話 ≥ 20x | |
| パクビオ | CCS | 15kb | SNP、InDel、SV、CNY 通話の場合 ≥ 10x |
3. サンプル要件
| プラットホーム | 濃度(ng/μL)
| 量（ng）
| 純度
| アガロースゲル
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1.メインバンドをクリア、または制限なしゲル上で分解が観察されました。 2. RNA またはタンパク質の汚染がないか、または限定されている
| ||||
| イルミナ | ≥1 | 30以上
| - | - | ||
| ナノポア
| 30以上 | データ収量に依存 10μg/細胞 | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| パクビオ | CCS | 50以上 | 1.7-2.2 | 1.8～2.5 | ||
4. 生体情報解析
5. サービスのワークフロー
サンプル納品
DNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
データ納品
1) ゲノムマッピングの統計
表 1 マッピング結果の統計
図 1 インサート サイズとリード カバレッジの分布。
2) 変量検出
図 2 サンプル間の SNP/INDEL/SV の統計とアノテーション
図 3 ゲノム全体にわたる変異の分布
3) バリエーションの機能アノテーション
| 2019年 | 自然コミュニケーション | 全ゲノム再配列によりセイヨウアブラナの起源とその改良に関与する遺伝子座が明らかに |
| 2020年 | PNAS | 金魚（Carassius auratus）の進化の起源と家畜化の歴史 |
| 2021年 | 植物バイオテクノロジージャーナル | 2 つの栽培されたジュート種の参照ゲノム |
| 2021年 | 植物バイオテクノロジージャーナル | 野菜および油糧種子の異質倍数体アブラナ属のゲノム特徴とグルコシノレートの蓄積を制御する遺伝子座 |
| 2019年 | 分子植物 | 菜種系統の世界的なコレクションの全ゲノム再配列により、その生態型分岐の遺伝的基盤が明らかになった |
| 2022年 | 園芸研究 | ゲノムワイド関連解析により、スイカの種子サイズの自然変動に対する分子的洞察が得られます。 |
| 2021年 | 実験植物学ジャーナル | ゲノムワイド関連研究により、ワタに耐寒性を与える GhSAD1 の変異体が特定される |
| 2021年 | 実験植物学ジャーナル | ゲノムワイド関連研究とトランスクリプトーム比較により、菜種の花弁サイズを制御する新規 QTL と候補遺伝子が明らかに |
