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PacBio-全長16S/18S/ITSアンプリコンシーケンス
Amplicon (16S/18S/ITS) プラットフォームは、微生物多様性プロジェクト分析における長年の経験に基づいて開発されており、標準化された基本分析と個別分析が含まれています。基本分析は、現在の微生物研究の主流の分析内容を網羅しており、分析内容は豊富で包括的であり、分析結果はプロジェクトレポートの形式で提示されます。個別分析の内容は多様です。基本分析レポートと研究目的に応じてサンプルを選択したり、パラメータを柔軟に設定したりすることで、個別の要件を実現できます。Windows オペレーティングシステムを採用しており、シンプルで高速です。
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PacBio-全長トランスクリプトーム（非参照）
Pacific Biosciences (PacBio)のアイソフォームシーケンスデータを入力として、このアプリは（アセンブリなしで）全長転写産物配列を識別できます。全長配列をリファレンスゲノムにマッピングすることで、既知の遺伝子、転写産物、コード領域などに基づいて転写産物を最適化できます。これにより、代替スプライシングなどのmRNA構造をより正確に識別することが可能になります。NGSトランスクリプトームシーケンスデータとの共同解析により、転写産物レベルでの発現に関するより包括的なアノテーションとより正確な定量化が可能になり、下流の差次的発現解析や機能解析に大きなメリットをもたらします。
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ツールキット
BMKCloudは、ゲノムプログラムのためのワンストップソリューションを提供する主要なバイオインフォマティクスプラットフォームであり、医療、農業、環境などさまざまな分野の研究者から広く信頼されています。BMKCloudは、バイオインフォマティクス解析プラットフォームとツール、コンピューティングリソース、公開データベース、バイオインフォマティクスオンラインコースなど、統合的で信頼性が高く効率的なサービスを提供することに尽力しています。BMKCloudには、遺伝子アノテーション、進化遺伝学ツール、ncRNA、データ品質管理、アセンブリ、アライメント、データ抽出、変異、統計、図生成、配列解析など、頻繁に使用されるさまざまなバイオインフォマティクスツールがあります。
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小型RNA
小型RNAは、miRNA、siRNA、piRNAなど、平均長18～30ヌクレオチドの短い非コードRNAの一種です。これらの小型RNAは、mRNA分解、翻訳阻害、ヘテロクロマチン形成など、さまざまな生物学的プロセスに関与していることが多数報告されています。小型RNAシーケンス解析は、動物/植物の発生、疾患、ウイルスなどの研究に広く応用されています。小型RNAシーケンス解析プラットフォームは、標準解析と高度なデータマイニングで構成されています。RNA-seqデータに基づいて、標準解析では、miRNAの同定と予測、miRNA標的遺伝子の予測、アノテーション、発現解析が可能です。高度な解析では、カスタマイズされたmiRNAの検索と抽出、ベン図の生成、miRNAと標的遺伝子のネットワーク構築が可能です。
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NGS-WGS（イルミナ/BGI）
NGS-WGSは、バイオマーカー技術における豊富な経験に基づいて開発された、全ゲノム再シーケンス解析プラットフォームです。この使いやすいプラットフォームは、いくつかの基本パラメータを設定するだけで、統合解析ワークフローを迅速に実行できます。IlluminaプラットフォームとBGIシーケンスプラットフォームの両方で生成されたDNAシーケンスデータに対応しています。このプラットフォームは高性能コンピューティングサーバー上に構築されており、非常に短時間で効率的なデータ解析を実現します。変異遺伝子クエリ、PCRプライマー設計など、標準的な解析に基づいたパーソナライズされたデータマイニングも可能です。
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mRNA（参照）
トランスクリプトームは、ゲノム遺伝情報と生物学的機能のプロテオームを結びつけるものです。転写レベルの調節は、生物の調節様式の中で最も重要かつ最も広く研究されているものです。トランスクリプトームシーケンスは、任意の時点または任意の条件下で、単一ヌクレオチドの精度でトランスクリプトームをシーケンスできます。これにより、遺伝子転写レベルを動的に反映し、希少な転写産物と通常の転写産物を同時に同定および定量化し、サンプル特異的な転写産物の構造情報を提供することができます。
現在、トランスクリプトームシーケンス技術は、農学、医学、その他の研究分野で広く利用されており、動物や植物の発生調節、環境適応、免疫相互作用、遺伝子局在、種の遺伝的進化、腫瘍や遺伝性疾患の検出などが含まれる。
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メタゲノミクス（NGS）
この解析プラットフォームは、長年の経験に基づき、ショットガンメタゲノムデータ解析用に設計されています。データ処理、種レベルの研究、遺伝子機能レベルの研究、メタゲノムビニングなど、メタゲノム解析で一般的に必要とされる様々な機能を統合したワークフローで構成されています。さらに、遺伝子や種のクエリ、パラメータ設定、個別図の作成など、標準的な解析ワークフロー上でカスタマイズ可能なデータマイニングツールも利用できます。
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長鎖ノンコーディングRNA
長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）は、200ヌクレオチド以上の長さを持つ転写産物の一種で、タンパク質をコードすることはできません。蓄積された証拠は、ほとんどのlncRNAが機能を持つ可能性が高いことを示唆しています。ハイスループットシーケンス技術とバイオインフォマティクス解析ツールにより、lncRNAの配列と位置情報をより効率的に明らかにし、重要な調節機能を持つlncRNAの発見に繋げることができます。BMKCloudは、お客様に迅速、確実、かつ柔軟なlncRNA解析を実現するlncRNAシーケンス解析プラットフォームを提供できることを誇りに思っています。
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GWAS
ゲノムワイド関連解析（GWAS）は、特定の形質（表現型）に関連する遺伝子変異（遺伝子型）を特定することを目的としています。GWAS研究では、多数の個体の全ゲノムにわたる遺伝子マーカーを調査し、集団レベルでの統計解析によって遺伝子型と表現型の関連性を予測します。全ゲノム再シーケンスにより、潜在的にすべての遺伝子変異を発見することができます。表現型データと組み合わせることで、GWASは表現型に関連するSNP、QTL、および候補遺伝子を特定するために処理でき、これは現代の動物/植物育種を強力にサポートします。SLAFは、ゲノムワイドに分布するマーカーであるSNPを発見する、独自開発の簡略化されたゲノムシーケンス戦略です。これらのSNPは、分子遺伝学的マーカーとして、対象形質との関連研究に利用できます。これは、複雑な形質に関連する遺伝子変異を特定するための費用対効果の高い戦略です。
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ナノポア全長トランスクリプトミクス
生物における複雑で多様な代替アイソフォームは、遺伝子発現とタンパク質多様性を制御する重要な遺伝的メカニズムです。転写産物構造の正確な同定は、遺伝子発現制御パターンの詳細な研究の基礎となります。ナノポアシーケンスプラットフォームは、トランスクリプトーム研究をアイソフォームレベルまで高めることに成功しました。この解析プラットフォームは、参照ゲノムに基づいてナノポアプラットフォームで生成されたRNA-Seqデータを解析するように設計されており、遺伝子レベルと転写産物レベルの両方で定性的および定量的な解析を実現します。
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circRNA
環状RNA（circRNA）は、非コードRNAの一種であり、近年、発生、環境耐性などに関わる制御ネットワークにおいて重要な役割を果たすことが明らかになっています。mRNAやlncRNAなどの線状RNA分子とは異なり、circRNAの3'末端と5'末端は結合して環状構造を形成しており、エキソヌクレアーゼによる分解を回避し、ほとんどの線状RNAよりも安定しています。circRNAは、遺伝子発現の制御において多様な機能を持つことが分かっています。circRNAは、miRNAと競合的に結合するceRNAとして機能し、miRNAスポンジとして知られています。circRNAシーケンス解析プラットフォームは、circRNAの構造と発現解析、標的予測、および他の種類のRNA分子との共同解析を可能にします。
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BSA
バルク分離分析プラットフォームは、ワンステップ標準分析と、パラメータ設定をカスタマイズできる高度な分析で構成されています。BSAは、表現型に関連する遺伝子マーカーを迅速に特定するために用いられる技術です。BSAの主なワークフローは次のとおりです。1. 極端に異なる表現型を持つ2つのグループの個体を選択する。2. すべての個体のDNA、RNA、またはSLAF-seq（バイオマーカー社開発）をプールして、2つのバルクDNAを形成する。3. 参照ゲノムまたはその中間における差分配列を特定する。4. EDおよびSNPインデックスアルゴリズムによって候補となる関連領域を予測する。5. 候補領域内の遺伝子の機能分析と濃縮など。遺伝子マーカースクリーニングやプライマー設計など、より高度なデータマイニングも可能です。
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アンプリコン（16S/18S/ITS）
Amplicon (16S/18S/ITS) プラットフォームは、微生物多様性プロジェクト分析における長年の経験に基づいて開発されており、標準化された基本分析と個別分析が含まれています。基本分析は、現在の微生物研究の主流の分析内容を網羅しており、分析内容は豊富で包括的であり、分析結果はプロジェクトレポートの形式で提示されます。個別分析の内容は多様です。基本分析レポートと研究目的に応じてサンプルを選択したり、パラメータを柔軟に設定したりすることで、個別の要件を実現できます。Windows オペレーティングシステムを採用しており、シンプルで高速です。
