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クロマチン免疫沈降シーケンス (ChIP-seq)
ChIP-Seq は、ヒストン修飾、転写因子、その他の DNA 関連タンパク質の DNA ターゲットのゲノムワイドなプロファイリングを提供します。これは、特定のタンパク質-DNA 複合体を回収するクロマチン免疫沈降 (ChIP) の選択性と、回収された DNA のハイスループットシーケンシングのための次世代シーケンシング (NGS) の能力を組み合わせています。さらに、タンパク質-DNA 複合体は生きた細胞から回収されるため、異なる種類の細胞や組織、または異なる条件下で結合部位を比較することができます。応用範囲は、転写制御から発生経路、疾患メカニズムなどに及びます。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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全ゲノム重亜硫酸塩シーケンス
シトシンの 5 番目の位置 (5-mC) での DNA メチル化は、遺伝子発現と細胞活性に基本的な影響を与えます。異常なメチル化パターンは、がんなどのいくつかの状態や疾患に関連しています。WGBS は、単一塩基解像度でゲノム全体のメチル化を研究するためのゴールドスタンダードとなっています。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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ハイスループットシークエンシングによるトランスポザーゼアクセス可能なクロマチンのアッセイ (ATAC-seq)
ATAC-seq は、遺伝子発現の全体的なエピジェネティックな制御にとって重要である、ゲノム全体のクロマチンのアクセス可能性を分析するためのハイスループット シークエンシング手法です。シーケンシングアダプターは、高活性な Tn5 トランスポザーゼによって開いたクロマチン領域に挿入されます。PCR増幅後、配列決定ライブラリが構築されます。転写因子の結合部位や特定のヒストン修飾領域に限定されず、特定の時空条件下ですべてのオープンクロマチン領域を取得できます。
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Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA メチル化の研究は疾患研究において常にホットなテーマであり、遺伝子発現および表現型形質と密接に関連しています。RRBS は、DNA メチル化研究のための正確、効率的かつ経済的な方法です。酵素的切断 (Msp I) によるプロモーターおよび CpG アイランド領域の濃縮と亜硫酸水素塩シークエンシングを組み合わせることで、高解像度の DNA メチル化検出が可能になります。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
