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クロマチン免疫沈降シーケンス (ChIP-seq)
ChIP-Seq は、ヒストン修飾、転写因子、その他の DNA 関連タンパク質の DNA ターゲットのゲノムワイドなプロファイリングを提供します。これは、特定のタンパク質-DNA 複合体を回収するクロマチン免疫沈降 (ChIP) の選択性と、回収された DNA のハイスループットシーケンシングのための次世代シーケンシング (NGS) の能力を組み合わせています。さらに、タンパク質-DNA 複合体は生きた細胞から回収されるため、異なる種類の細胞や組織、または異なる条件下で結合部位を比較することができます。応用範囲は、転写制御から発生経路、疾患メカニズムなどに及びます。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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メタゲノムシーケンシング -NGS
メタゲノムは、環境メタゲノム、ヒトメタゲノムなど、生物の混合コミュニティの全遺伝物質のコレクションを指します。これには、培養可能な微生物と培養不可能な微生物の両方のゲノムが含まれています。メタゲノムシークエンシングは、環境サンプルから抽出された混合ゲノム物質を分析するために使用される分子ツールであり、種の多様性と豊富さ、個体群構造、系統発生関係、機能遺伝子、および環境要因との相関ネットワークに関する詳細な情報が得られます。
プラットホーム：イルミナ NovaSeq プラットフォーム
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メタゲノムシーケンシング - ナノポア
メタゲノミクスは、環境サンプルから抽出された混合ゲノム物質を分析するために使用される分子ツールであり、種の多様性と豊富さ、個体群構造、系統発生関係、機能遺伝子、環境要因との相関ネットワークなどに関する詳細な情報が得られます。ナノポアシークエンシングプラットフォームは最近導入されました。メタゲノム研究へ。リード長における優れたパフォーマンスにより、下流のメタゲノム解析、特にメタゲノムアセンブリが大幅に強化されました。リード長の利点を利用して、ナノポアベースのメタゲノム研究は、ショットガン メタゲノミクスと比較して、より連続的なアセンブリを達成できます。ナノポアベースのメタゲノミクスがマイクロバイオームから完全で閉じた細菌ゲノムを生成することに成功したことが発表されています (Moss, EL, et. al.ネイチャーバイオテック、2020）
プラットホーム：ナノポア プロメチオン P48
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全ゲノム重亜硫酸塩シーケンス
シトシンの 5 番目の位置 (5-mC) での DNA メチル化は、遺伝子発現と細胞活性に基本的な影響を与えます。異常なメチル化パターンは、がんなどのいくつかの状態や疾患に関連しています。WGBS は、単一塩基解像度でゲノム全体のメチル化を研究するためのゴールドスタンダードとなっています。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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ハイスループットシークエンシングによるトランスポザーゼアクセス可能なクロマチンのアッセイ (ATAC-seq)
ATAC-seq は、遺伝子発現の全体的なエピジェネティックな制御にとって重要である、ゲノム全体のクロマチンのアクセス可能性を分析するためのハイスループット シークエンシング手法です。シーケンシングアダプターは、高活性な Tn5 トランスポザーゼによって開いたクロマチン領域に挿入されます。PCR増幅後、配列決定ライブラリが構築されます。転写因子の結合部位や特定のヒストン修飾領域に限定されず、特定の時空条件下ですべてのオープンクロマチン領域を取得できます。
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16S/18S/ITS アンプリコン シーケンシング-PacBio
高度に保存された領域と超可変領域の両方を含む 16S および 18S rRNA のサブユニットは、原核生物と真核生物の同定に最適な分子フィンガープリントです。シーケンシングを利用することで、保存された部分に基づいてこれらのアンプリコンをターゲットにすることができ、微生物の同定のために超可変領域を完全に特徴付けることができ、微生物の多様性分析、分類学、系統学などをカバーする研究に貢献できます。 単一分子リアルタイム(SMRT) ) PacBio プラットフォームのシーケンスにより、完全長アンプリコン (約 1.5 Kb) をカバーできる高精度のロングリードの取得が可能になります。遺伝分野の視野が広がることにより、細菌または真菌群集における種の注釈の解像度が大幅に向上しました。
プラットホーム：PacBio シークエル II
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16S/18S/ITS アンプリコンシーケンス - NGS
16S/18S/ITS アンプリコン配列決定は、高度に変換された部分と超可変部分の両方を含むハウスキーピング遺伝子マーカーの PCR 産物を調査することにより、微生物群集における系統発生、分類学、および種の存在量を明らかにすることを目的としています。Woeses et al,(1977) によるこれらの完全な分子フィンガープリントの導入により、分離を必要としないマイクロバイオームのプロファイリングが可能になりました。16S (細菌)、18S (真菌) および内部転写スペーサー (ITS、真菌) の配列決定により、豊富な種だけでなく希少な未確認種の両方の同定が可能になります。この技術は、人間の口、腸、糞便など、さまざまな環境における異なる微生物組成を特定する上で広く応用され、主要なツールとなっています。
プラットホーム：イルミナ NovaSeq プラットフォーム
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細菌および真菌の全ゲノム再配列決定
細菌および真菌の全ゲノム再配列決定は、既知の細菌および真菌のゲノムを完全にするだけでなく、複数のゲノムを比較したり、新しい生物のゲノムをマッピングしたりするための重要なツールです。正確な参照ゲノムを生成し、微生物の同定やその他の比較ゲノム研究を行うために、細菌や真菌の全ゲノムの配列を決定することは非常に重要です。
プラットフォーム:Illumina NovaSeq プラットフォーム
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PacBio-全長 16S/18S/ITS アンプリコン シーケンシング
アンプリコン（16S/18S/ITS）プラットフォームは、微生物多様性プロジェクト分析における長年の経験をもとに開発されており、標準化された基本分析と個別分析が含まれています。基本分析は現在の微生物研究の主流の分析内容をカバーしており、分析内容は豊富で包括的です。分析結果はプロジェクトレポートの形で提示されます。パーソナライズ分析の内容は多岐にわたります。基本的な分析レポートや研究目的に応じて、サンプルの選択やパラメータの設定を柔軟に行うことができ、お客様のニーズに合わせたカスタマイズを実現します。Windows オペレーティング システム、シンプルかつ高速。
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PacBio-全長トランスクリプトーム (非参考)
Pacific Biosciences (PacBio) のアイソフォーム シーケンス データを入力として使用すると、このアプリは全長転写配列 (アセンブリなし) を識別できます。全長配列を参照ゲノムに対してマッピングすることにより、既知の遺伝子、転写物、コード領域などによって転写物を最適化できます。この場合、選択的スプライシングなどのmRNA構造のより正確な同定が達成できます。NGS トランスクリプトーム シークエンシング データとの共同解析により、より包括的なアノテーションと転写レベルでの発現のより正確な定量化が可能になり、下流の差次的発現と機能解析に大きな利益をもたらします。
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Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA メチル化の研究は疾患研究において常にホットなテーマであり、遺伝子発現および表現型形質と密接に関連しています。RRBS は、DNA メチル化研究のための正確、効率的かつ経済的な方法です。酵素的切断 (Msp I) によるプロモーターおよび CpG アイランド領域の濃縮と亜硫酸水素塩シークエンシングを組み合わせることで、高解像度の DNA メチル化検出が可能になります。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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原核生物のmRNA配列決定
mRNA シーケンスにより、特定の条件下で細胞内のすべての mRNA 転写物の包括的なプロファイリングが可能になります。この最先端技術は強力なツールとして機能し、複雑な遺伝子発現プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子機構を明らかにします。基礎研究、臨床診断、医薬品開発で広く採用されている mRNA シーケンスは、細胞動態と遺伝子制御の複雑さについての洞察を提供します。当社の原核生物 mRNA サンプル処理は、rRNA の枯渇と方向性のあるライブラリーの調製を含む、原核生物のトランスクリプトームに合わせて調整されています。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq X
