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Small RNA シーケンス - イルミナ

Small RNA とは、マイクロ RNA (miRNA)、低分子干渉 RNA (siRNA)、piwi 相互作用 RNA (piRNA) など、通常長さが 200 nt 未満の非コード RNA 分子のクラスを指します。

マイクロRNA (miRNA) は、長さ約20～24ntの内因性低分子RNAの一種であり、細胞内でさまざまな重要な制御役割を果たします。miRNA は多くの生命プロセスに関与しており、組織特異的および段階特異的な発現が明らかになり、さまざまな種で高度に保存されています。

お問い合わせ

サービス内容

バイオインフォマティクス

デモの結果

ケーススタディ

サービスのメリット

● 5' 末端の最初の塩基は、特定の RNA を取得するために U を強く好みます。

● miRNA 標的遺伝子予測

● データはmRNAとの共同解析に使用されます。

● miRNA の発現差

● miRNA 標的遺伝子予測

● BMKCloud ベースの結果配信: プラットフォーム上でカスタマイズされたデータマイニングが利用可能

● プロジェクト完了後 3 か月間有効なアフターサービス

サンプルの要件と納品

図書館	プラットホーム	推奨データ	データQC
sRNA	イルミナ SE50	10M/20M 読み取り	Q30≧85%

サンプル要件:

ヌクレオチド:

濃度(ng/μl)

量（μg）

純度

誠実さ

≥ 80

≧ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5～2.5

ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。

植物の場合: RIN≥7.5;

動物の場合：RIN≧8.0。

5.0≧28S/18S≧1.0;

基準高度が限られているか、基準高度がない

※5 mg未満の組織については、急速冷凍（液体窒素）した組織サンプルをお送りいただくことをお勧めします。

細胞懸濁液: 細胞数 = 3×10⁷
※細胞ライセートは凍結して発送することをお勧めします。セル数が5×10未満の場合⁵、液体窒素で急速冷凍することをお勧めします。

血液サンプル：
PA×geneBloodRNATube;
6mLLTRIzolと2mLの血液(TRIzol:血液=3:1)

推奨されるサンプル配信

容器：
2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。B1、B2、B3……

出荷:
1.ドライアイス：サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2.RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥し、室温で出荷できます。

サービスのワークフロー

実験計画

サンプル納品

RNA抽出

図書館の建設

シーケンス

データ分析

アフターサービス

前の： circRNA シーケンス - イルミナ

次：ロングノンコーディングシーケンシング - イルミナ

バイオインフォマティクス

1.miRNAの同定

miRDeep2 によって予測される新規 miRNA の各候補前駆体には、その構造と配列決定の深さを示す pdf 図が含まれています。

miRNA 前駆体の構造と配列決定の深さ

2.DE-miRNA 標的遺伝子の KEGG 濃縮

このセッションでは、Biomarker は最初に、経路に DE-miRNA 標的遺伝子が過剰提示されているかどうかを検査しました。濃縮度および経路の重要性の決定には、濃縮係数とフィッシャーテストが適用されました。濃縮度の計算式を以下に示します。

DE-miRNA 標的遺伝子上の KEGG 経路強化

DE-miRNA 標的遺伝子の KEGG 経路濃縮

3.DE-miRNA 標的遺伝子の GO エンリッチメント解析

clusterProfiler は、DE-miRNA 標的遺伝子の GO 濃縮分析に使用されました。用語の階層構造を示すために、強化された用語の有向非循環グラフが生成されました。図では、矢印の方向は用語間の包含関係を表します。つまり、ノードは上位ノードよりも具体的です。DE-miRNA 標的遺伝子の有向非環式グラフを以下の図に示します。

DE-miRNA 標的遺伝子の TopGO 指向非環状グラフ