Small RNAシーケンシング - イルミナ
特徴
● サイズ選択ライブラリの準備。
● miRNA の予測とターゲットを中心としたバイオインフォマティクス解析。
サービスの利点
●豊富な専門知識: 300件以上の多様なサンプルを処理してきました。豊富な専門知識をあらゆるプロジェクトに活かします。
●厳格な品質管理: サンプル調製からライブラリー調製、シーケンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階においてコアコントロールポイントを実施しています。綿密なモニタリングにより、一貫して高品質な結果をご提供いたします。
●包括的なバイオインフォマティクス分析：これにより、既知および新規の miRNA の識別、miRNA ターゲットの識別、および複数のデータベース (KEGG、GO) による対応する機能注釈とエンリッチメントが可能になります。
●アフターセールスサポート: 私たちは、常に現場に寄り添うことの重要性を理解しています。だからこそ、プロジェクト完了後も3ヶ月間のアフターサービス期間を設け、お客様へのサポートに尽力しています。この期間中は、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングのサポート、そして結果に関するご質問へのQ&Aセッションをご提供いたします。
サンプルの要件と配送
| 図書館 | プラットフォーム | 推奨データ | データ品質管理 |
| 選択したサイズ | イルミナ SE50 | 1,000万～2,000万件の読み取り | Q30≥85% |
サンプルの要件:
ヌクレオチド:
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ゲル上にタンパク質または DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ベースライン標高が限られているか、または全くない |
● 植物:
根、茎、または花弁：450mg
葉または種子: 300 mg
果実：1.2g
● 動物:
心臓または腸：450mg
内臓または脳：240mg
筋肉: 600 mg
骨、毛髪、または皮膚: 1.5g
● 節足動物:
昆虫：9g
甲殻類：450mg
● 全血: 2本
● セル: 106 細胞
● 血清と血漿:6mL
推奨サンプル配送
容器: 2ml遠心管（アルミホイルは推奨されません）
サンプルのラベル付け: グループ + 複製 (例: A1、A2、A3、B1、B2、B3)。
発送:
1. ドライアイス: サンプルは袋に入れてドライアイスの中に埋めておく必要があります。
2. RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥させ、室温で出荷できます。
サービスワークフロー
実験設計
サンプル配送
RNA抽出
図書館建設
シーケンシング
データ分析
アフターサービス
バイオインフォマティクス
● 生データの品質管理
● 低分子RNAの分類
● miRNA発現と差次的発現解析
● miRNA標的遺伝子と発現差のあるmiRNA標的遺伝子のアノテーション
● 標的遺伝子のアノテーションと発現差のあるmiRNA遺伝子の機能エンリッチメント
miRNAの同定：構造と深度
miRNAの差次的発現 – 階層的クラスタリング
発現差のあるmiRNAの標的の機能的注釈
厳選された出版物のコレクションを通じて、BMKGene の sRNA シーケンス サービスによって促進された研究の進歩を探ります。
Chen, H. et al. (2023)「ウイルス感染はオタネニンジンにおけるサポニン生合成と光合成を阻害する」植物生理学と生化学, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023)「植物FYVEドメイン含有タンパク質FREE1はマイクロプロセッサコンポーネントと会合してmiRNAの生合成を抑制する」EMBOレポート、24(1)。土井: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF。
Yu, J. et al. (2023)「マイクロRNA Ame-Bantam-3pはミツバチApis melliferaの多重上皮成長因子様ドメイン8遺伝子（megf8）を標的として幼虫蛹の発育を制御する」国際分子科学ジャーナル, 24(6), p. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018)「肉質に関連するmiRNAと遺伝子の統合解析により、Gga-MiR-140-5pが鶏の筋肉内脂肪沈着に影響を与えることが明らかになった」細胞生理学と生化学、46(6)、2421–2433ページ。土井：10.1159/000489649。
