10x Transkriptom Spasial Visium Genomics
Fitur
● Resolusi: 100 µM
● Diameter Titik: 55 µM
● Jumlah titik: 4992
● Area njupuk: 6,5 x 6,5 mm
● Saben titik barcode diisi karo primer sing kasusun saka 4 bagean:
- buntut poli(dT) kanggo priming mRNA lan sintesis cDNA
- Unique Molecular Identifier (UMI) kanggo mbenerake bias amplifikasi
- Barcode spasial
- Urutan ngiket saka maca parsial 1 urutan primer
● H&E pewarnaan saka bagean
Kaluwihan
●Layanan siji-mandeg: nggabungake kabeh pengalaman lan langkah adhedhasar skill, kalebu cryo-sectioning, pewarnaan, Optimization tissue, barcoding spasial, preparation perpustakaan, urutan lan bioinformatika.
● tim teknis Highly trampil: karo pengalaman ing liwat 250 jinis jaringan lan 100+ spesies kalebu manungsa, mouse, mamalia, iwak lan tetanduran.
●Nganyari wektu nyata ing kabeh proyek: kanthi kontrol kebak kemajuan eksperimen.
●Bioinformatika standar komprehensif:paket kalebu 29 nganalisa lan 100+ tokoh kualitas dhuwur.
●Analisis data lan visualisasi sing disesuaikan: kasedhiya kanggo panjalukan riset beda.
●Analisis gabungan opsional kanthi urutan mRNA sel Tunggal
Spesifikasi
| Syarat Sampel | Pustaka | Strategi urutan | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
| Sampel cryo sing dipasang ing OCT, sampel FFPE (Diameter optimal: kira-kira 6x6x6 mm3) 3 blok saben sampel | 10 X Visium cDNA perpustakaan | Illumina PE 150 Kab | 50K PE diwaca saben titik (60Gb) | RIN> 7 |
Kanggo rincian liyane babagan panuntun dhumateng preparation sampel lan alur kerja layanan, please aran gratis kanggo diajak aahli BMKGENE
Alur Kerja Layanan
Ing tahap persiapan sampel, uji coba ekstraksi RNA massal awal ditindakake kanggo mesthekake RNA sing berkualitas tinggi bisa dipikolehi.Ing tahap optimasi jaringan, bagean kasebut diwarnai lan digambarake lan kondisi permeabilisasi kanggo mRNA release saka jaringan dioptimalake.Protokol sing dioptimalake banjur diterapake sajrone konstruksi perpustakaan, banjur diurutake lan analisis data.
Alur kerja layanan lengkap kalebu nganyari wektu nyata lan konfirmasi klien kanggo njaga umpan balik sing responsif, njamin eksekusi proyek sing lancar.
Kalebu analisis ing ngisor iki:
Kontrol Kualitas Data:
o Data output lan distribusi skor kualitas
o Deteksi gen saben titik
o Cakupan jaringan
Analisis sampel internal:
o Kekayaan gen
o Spot clustering, kalebu analisis ukuran suda
o Analisis ekspresi diferensial antarane klompok: identifikasi gen panandha
o Anotasi fungsional lan pengayaan gen panandha
Analisis antarkelompok
o Kombinasi maneh bintik-bintik saka loro conto (contone, lara lan kontrol) lan klompok maneh
o Identifikasi gen panandha kanggo saben kluster
o Anotasi fungsional lan pengayaan gen panandha
o Ekspresi diferensial kluster sing padha antarane klompok
Analisis sampel batin
Pengelompokan titik
Identifikasi gen marker lan distribusi spasial
Analisis antarkelompok
Kombinasi data saka loro klompok lan re-cluster
Gen penanda kluster anyar
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi layanan transkriptomi spasial BMKGene dening 10X Visium Ing publikasi unggulan iki:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, homolog Drosophila potensial saka GPCR adhesi mamalia, melu reaksi antitumor menyang sel onkogenik sing disuntikake ing lalat', Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL mbisakake delineasi resolusi dhuwur saka spatiotemporal transcriptomic data', Briefings ing Bioinformatics, 24 (2), pp. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A atlas spatiotemporal organogenesis ing pangembangan kembang anggrek', Nucleic Acid Research, 50(17), pp. 9724-9737.doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics lan Single-nucleus RNA Sequencing Nuduhake Potensi Strategi Terapi kanggo Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
